PDB-7apg: Crystal structure of JAK3 in complex with FM587 (compound 9a)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7apg

タイトル

Crystal structure of JAK3 in complex with FM587 (compound 9a)

要素

Tyrosine-protein kinase JAK3

キーワード

TRANSFERASE / kinase / JAK3 / inhibitor / covalent inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of dendritic cell cytokine production / negative regulation of FasL production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell activation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Forster, M. / Gehringer, M. / Laufer, S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Novel Class of Covalent Dual Inhibitors Targeting the Protein Kinases BMX and BTK.
著者: Forster, M. / Liang, X.J. / Schroder, M. / Gerstenecker, S. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Laufer, S. / Gehringer, M.

履歴

登録	2020年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7apg.cif.gz	462.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7apg.ent.gz	382.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7apg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7apg_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7apg_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7apg_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	7apg_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/7apg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/7apg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7apfC 5lwmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fkg-d 5ttv-d 1pxk-d 4i94-1 6x8e-1 3gu6-d 4gdn-3 4mx6-d 2nv5-3 3zep-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein kinase JAK3

B: Tyrosine-protein kinase JAK3

C: Tyrosine-protein kinase JAK3

D: Tyrosine-protein kinase JAK3

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tyrosine-protein kinase JAK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tyrosine-protein kinase JAK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tyrosine-protein kinase JAK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tyrosine-protein kinase JAK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.469, 112.883, 102.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	SER	SER	A	A	814 - 1102	5 - 293
2	1	PRO	PRO	SER	SER	B	B	814 - 1102	5 - 293
1	2	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	813 - 1103	4 - 294
2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	813 - 1103	4 - 294
1	3	THR	THR	SER	SER	A	A	815 - 1102	6 - 293
2	3	THR	THR	SER	SER	D	D	815 - 1102	6 - 293
1	4	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	814 - 1103	5 - 294
2	4	PRO	PRO	ARG	ARG	C	C	814 - 1103	5 - 294
1	5	THR	THR	SER	SER	B	B	815 - 1102	6 - 293
2	5	THR	THR	SER	SER	D	D	815 - 1102	6 - 293
1	6	THR	THR	ARG	ARG	C	C	815 - 1103	6 - 294
2	6	THR	THR	ARG	ARG	D	D	815 - 1103	6 - 294

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK 分子量: 33417.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-RQT / ~{N}-[3-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)phenyl]propanamide 分子量: 265.310 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PHU / 1-phenylurea / Phenylurea / フェニル尿素分子量: 136.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂O
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1-0.2 M MgCl2 and 0.1 M MES, pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99986 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→49.39 Å / Num. obs: 50511 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.53	4.3	0.629	1.8	7245	0.791	0.398	0.837	98.1
7.59-49.39	4.7	0.056		1662	0.995	0.029	0.063	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
REFMAC	5.8.0222	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5lwm

5lwm

解像度: 2.4→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 18.548 / SU ML: 0.214 / SU R Cruickshank DPI: 0.5067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2557	2497	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2122	-	-	-
obs	0.2143	47992	99.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.58 Å² / B_iso mean: 39.666 Å² / B_iso min: 11.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	-0 Å²	0.33 Å²
2-	-	-0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8919	0	212	337	9468
B_iso mean	-	-	34.04	33.55	-
残基数	-	-	-	-	1123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.014	9379
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.082	1.646	12644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	1.655	19599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	19.524	5.411	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.727	20.539	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.663	15	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.092	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1794

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	9014
1	2	B	9014
2	1	A	9068
2	2	C	9068
3	1	A	9023
3	2	D	9023
4	1	B	9040
4	2	C	9040
5	1	B	8968
5	2	D	8968
6	1	C	8976
6	2	D	8976

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	162	-
R_work	0.299	3484	-
all	-	3646	-
obs	-	-	98.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9462	-0.5954	0.8469	6.5255	-0.5083	6.3344	-0.0008	0.0514	-0.4641	-0.4394	0.0024	0.3336	0.3182	-0.03	-0.0016	0.1049	-0.0296	-0.0124	0.0467	-0.061	0.2759	-48.9958	-19.4217	-55.5215
2	2.1936	-0.2181	0.9133	2.2962	-0.2017	0.4581	-0.0175	-0.0194	-0.1073	0.0278	0.0453	-0.0081	-0.0338	-0.0036	-0.0278	0.2061	0.0174	-0.0229	0.0047	0.0029	0.2578	-40.9374	-5.8165	-47.8737
3	2.9012	-0.8847	0.6771	2.5864	-0.7713	1.4809	-0.2572	-0.6057	0.3309	0.5433	0.1693	-0.3698	-0.1578	-0.2145	0.0879	0.3054	0.0335	-0.1248	0.1407	-0.0919	0.2075	-33.8826	2.007	-31.7961
4	4.591	-0.192	-1.9714	3.9262	-1.3983	3.9354	0.1551	-0.1269	0.2542	0.4514	0.156	0.4075	-0.4534	-0.1798	-0.3112	0.2628	0.0321	0.0184	0.0243	0.0324	0.2797	-25.1545	-2.9501	4.1049
5	3.1229	-0.619	-1.0002	1.837	-0.5059	0.6101	0.055	0.1033	0.1139	-0.1191	0.0149	0.0566	0.0263	-0.0441	-0.0698	0.2157	-0.0232	-0.0618	0.0275	0.0133	0.233	-18.9078	-18.7104	-3.8459
6	1.9698	-0.7039	0.2993	1.7004	-0.4109	0.8386	0.2042	0.2505	-0.0291	-0.4957	-0.2311	0.0006	0.1111	-0.0046	0.0269	0.3317	0.0819	-0.0738	0.0793	-0.021	0.1697	-11.0194	-26.9239	-18.2159
7	1.1438	-0.5469	-0.9169	2.8779	-2.2422	5.3923	0.0273	-0.1047	0.0939	0.1007	0.178	0.1826	-0.1572	-0.3143	-0.2053	0.156	0.0056	-0.0542	0.0757	0.0023	0.2297	-19.2196	30.6322	-44.3319
8	2.8281	-0.5053	-0.9373	2.3461	-0.5161	0.5194	0.0535	-0.003	-0.0116	-0.2267	0.0044	0.1479	0.0431	0.0002	-0.0578	0.2461	-0.0163	-0.089	0.0012	0.0029	0.2704	-12.2536	16.5989	-53.9274
9	1.2133	-0.6142	0.3854	2.5287	-0.1545	0.8393	0.2471	0.045	-0.1524	-0.8491	-0.3141	0.016	-0.009	-0.0452	0.067	0.5362	0.1171	-0.0733	0.0579	-0.0553	0.2137	-5.8022	9.1371	-70.3237
10	1.1366	0.106	0.6349	1.4624	0.4668	0.7305	-0.017	-0.0316	-0.0524	0.1344	0.0432	-0.0494	0.0164	-0.0351	-0.0262	0.2006	-0.0261	-0.0315	0.0116	-0.0031	0.2507	-8.6033	13.1221	-2.1706
11	2.2448	1.1414	0.7199	1.9884	0.643	1.7493	-0.0959	0.2485	0.0628	-0.214	0.0898	0.0366	0.026	0.1197	0.0061	0.2117	-0.0185	-0.0387	0.061	-0.0021	0.2172	-12.0123	21.7438	-20.6135
12	2.3308	-0.1657	-0.8593	1.5035	0.5458	2.4448	-0.0956	0.293	0.2081	-0.0892	0.0158	0.2467	-0.0989	-0.2059	0.0798	0.1936	-0.0127	-0.0785	0.0634	0.013	0.2246	-23.4823	26.8866	-17.438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	813 - 846
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	847 - 983
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	984 - 1103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	814 - 854
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	855 - 990
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	991 - 1103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	810 - 852
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	853 - 984
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	985 - 1103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	815 - 984
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	985 - 1051
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	1052 - 1103

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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