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- PDB-5lwm: Crystal structure of JAK3 in complex with Compound 4 (FM381) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lwm
タイトルCrystal structure of JAK3 in complex with Compound 4 (FM381)
要素Tyrosine-protein kinase JAK3
キーワードTRANSFERASE / Kinase / JAK3 / covalent inhibitor / reversible covalent inhibitor / induced pocket / arginine pocket / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / : / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / : / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-12 production / interleukin-15-mediated signaling pathway / growth hormone receptor binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Interleukin-15 signaling / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Signaling by ALK / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / endosome / intracellular signal transduction / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-79T / 1-phenylurea / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Forster, M. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Ellis, K. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. ...Chaikuad, A. / Forster, M. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Ellis, K. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Laufer, S.A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Selective JAK3 Inhibitors with a Covalent Reversible Binding Mode Targeting a New Induced Fit Binding Pocket.
著者: Forster, M. / Chaikuad, A. / Bauer, S.M. / Holstein, J. / Robers, M.B. / Corona, C.R. / Gehringer, M. / Pfaffenrot, E. / Ghoreschi, K. / Knapp, S. / Laufer, S.A.
履歴
登録2016年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3549
ポリマ－33,4171
非ポリマー9378
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.029, 62.450, 51.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK


分子量: 33417.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-79T / 2-cyano-3-[5-(3-cyclohexyl-3,5,8,10-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-1,4,6,8,11-pentaen-4-yl)furan-2-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-prop-2-enamide


分子量: 428.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N6O2
#3: 化合物 ChemComp-PHU / 1-phenylurea / Phenylurea / フェニル尿素


分子量: 136.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18-25% PEG 3350, 0.1-0.2 M MgCl2 and 0.1 M MES, pH 5.5-6.1
PH範囲: 5.5-6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→39.6 Å / Num. obs: 38357 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.773 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.414 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20443 1930 5 %RANDOM
Rwork0.16341 ---
obs0.16557 36379 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å2-0 Å20.32 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---2.31 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 66 213 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.9813320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95635388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0075297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32722.655113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99215414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6181524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3781.7061169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3761.7051166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3282.5531461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3282.5531461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9251.9881289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9161.9881289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0432.8651856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.40814.8172879
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.40714.8252880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 124 -
Rwork0.267 2634 -
obs--98.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.29731.1299-0.6360.4917-0.25082.76670.1553-0.15420.34260.0866-0.00510.0893-0.17360.2121-0.15020.03870.00520.00510.1504-0.08140.066938.66726.16265.606
20.879-0.02410.10620.2854-0.03450.75740.0293-0.03410.08060.05160.0297-0.01770.06840.0501-0.0590.06020.0166-0.01020.1275-0.00970.015230.7818.152.419
30.355-0.38980.18450.7877-0.09760.60020.01990.06710.0272-0.089-0.0417-0.02210.0179-0.02090.02170.07120.017-0.00540.1510.01030.003421.50222.09837.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A814 - 868
2X-RAY DIFFRACTION2A869 - 990
3X-RAY DIFFRACTION3A991 - 1103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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