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- PDB-6gl9: Crystal structure of JAK3 in complex with Compound 10 (FM475) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gl9
タイトルCrystal structure of JAK3 in complex with Compound 10 (FM475)
要素Tyrosine-protein kinase JAK3
キーワードTRANSFERASE / KINASE / JAK3 / COVALENT INHIBITOR / REVERSIBLE COVALENT INHIBITOR / INDUCED POCKET / ARGININE POCKET / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / : / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / : / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-12 production / interleukin-15-mediated signaling pathway / growth hormone receptor binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Interleukin-15 signaling / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Signaling by ALK / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / endosome / intracellular signal transduction / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F3W / 1-phenylurea / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Forster, M. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Laufer, S.A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Development, Optimization, and Structure-Activity Relationships of Covalent-Reversible JAK3 Inhibitors Based on a Tricyclic Imidazo[5,4- d]pyrrolo[2,3- b]pyridine Scaffold.
著者: Forster, M. / Chaikuad, A. / Dimitrov, T. / Doring, E. / Holstein, J. / Berger, B.T. / Gehringer, M. / Ghoreschi, K. / Muller, S. / Knapp, S. / Laufer, S.A.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,83321
ポリマ－66,8352
非ポリマー1,99819
水5,783321
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,44711
ポリマ－33,4171
非ポリマー1,03010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,38510
ポリマ－33,4171
非ポリマー9689
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.020, 50.424, 61.588
Angle α, β, γ (deg.)91.93, 90.03, 92.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 813 - 1102 / Label seq-ID: 4 - 293

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK


分子量: 33417.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 340分子

#2: 化合物 ChemComp-F3W / (~{E})-3-[3-(3-cyclohexyl-3,5,8,10-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-1(9),2(6),4,7,11-pentaen-4-yl)phenyl]prop-2-enenitrile


分子量: 367.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N5
#3: 化合物 ChemComp-PHU / 1-phenylurea / Phenylurea / フェニル尿素


分子量: 136.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.89 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24-30% PEG 3350, 0.1 M MES, pH 5.5-6.0 and 0.1-0.2 M MgCl2
PH範囲: 5.5-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.81 Å / Num. obs: 54150 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7825 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lwm

5lwm


解像度: 1.7→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.503 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 2503 4.6 %RANDOM
Rwork0.20688 ---
obs0.20863 51642 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20.17 Å2-0.09 Å2
2--1.42 Å20.4 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4634 0 140 321 5095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.9836731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.197310970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56122.719228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39915844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9271548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.081.42368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0811.3992363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9192.0932965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9192.0932964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1271.5562614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1271.5562614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8472.2563755
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.3411.765708
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.3411.7665709
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 35248 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 183 -
Rwork0.276 3782 -
obs--95.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42770.2861-0.38371.4892-0.02270.64280.03650.10090.15740.0055-0.0507-0.0435-0.0774-0.02060.01410.01930.0074-0.02240.04890.02180.079336.64432.255770.5167
22.7561-0.08780.3861.50840.46421.99210.01090.0842-0.1365-0.0505-0.00990.03760.153-0.0467-0.0010.0266-0.0154-0.00130.017-0.00890.100724.4349-16.730167.3005
31.2630.35570.43231.31770.05080.86990.06080.0829-0.15870.0031-0.04370.03280.10820.0174-0.01710.03140.01550.00080.024-0.01640.0836.0251-7.565539.3113
42.29170.1163-0.14431.3393-0.6151.96160.01580.00660.0935-0.0353-0.0186-0.0473-0.16170.03440.00290.0344-0.0074-0.0120.0049-0.00660.093818.273911.413637.4834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A812 - 984
2X-RAY DIFFRACTION2A985 - 1103
3X-RAY DIFFRACTION3B813 - 984
4X-RAY DIFFRACTION4B985 - 1103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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