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- PDB-7ape: Crystal structure of LpqY from Mycobacterium thermoresistible in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ape
タイトルCrystal structure of LpqY from Mycobacterium thermoresistible in complex with trehalose
要素Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LpqY / ABC-transporter / trehalose complex / tuberculosis
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / trehalose / Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Furze, C.M. / Guy, C.M. / Angula, J. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust104193/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust104193/Z/14/B 英国
Royal Society104193/Z/14/Z 英国
Royal Society104193/Z/14/B 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of trehalose recognition by the mycobacterial LpqY-SugABC transporter.
著者: Furze, C.M. / Delso, I. / Casal, E. / Guy, C.S. / Seddon, C. / Brown, C.M. / Parker, H.L. / Radhakrishnan, A. / Pacheco-Gomez, R. / Stansfeld, P.J. / Angulo, J. / Cameron, A.D. / Fullam, E.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY
B: Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2554
ポリマ－97,5712
非ポリマー6852
水10,034557
1
A: Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1282
ポリマ－48,7851
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1282
ポリマ－48,7851
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.361, 92.361, 216.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-771-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lipoprotein (Sugar-binding) lpqY


分子量: 48785.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
遺伝子: RMCT_2827 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A100XFZ4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Hepes pH 6.0, 50 % w/v polypropylene glycol 400, 5 % DMSO, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→54.1 Å / Num. obs: 102435 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 23 % / Biso Wilson estimate: 26.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.16
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 9278 / Rpim(I) all: 0.57

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.15.2精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LpqY iodide soak

解像度: 1.7→48.4 Å / SU ML: 0.2054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5685
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 5141 5.02 %
Rwork0.1687 97271 -
obs0.17 102412 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6659 0 46 557 7262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05959361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571071
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00871247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.45234889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.32781540.31512861X-RAY DIFFRACTION87.7
1.74-1.760.31091660.2822999X-RAY DIFFRACTION93.39
1.76-1.780.29541440.2613139X-RAY DIFFRACTION95.77
1.78-1.810.29231760.24733109X-RAY DIFFRACTION97.02
1.81-1.830.28461930.23923157X-RAY DIFFRACTION98.27
1.83-1.860.26481800.22223183X-RAY DIFFRACTION99
1.86-1.880.26021620.21683289X-RAY DIFFRACTION99.6
1.88-1.910.22441720.20693223X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.23641820.19733210X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.980.23151800.19033252X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.010.24931500.19163254X-RAY DIFFRACTION99.94
2.01-2.050.23991940.17833236X-RAY DIFFRACTION99.94
2.05-2.10.20871690.17463250X-RAY DIFFRACTION99.85
2.1-2.140.20571670.17343270X-RAY DIFFRACTION99.94
2.14-2.190.22641820.16713243X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.250.19911600.16623272X-RAY DIFFRACTION99.97
2.25-2.310.17531640.1623268X-RAY DIFFRACTION99.94
2.31-2.370.21991750.16623282X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.450.19511780.15813245X-RAY DIFFRACTION99.97
2.45-2.540.19771720.16243276X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.640.20781950.16183290X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.760.21311630.16083296X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.910.18641920.16423298X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.17561610.16723329X-RAY DIFFRACTION99.97
3.09-3.330.17221840.16033304X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.18691670.1533351X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.16911570.14453390X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.15651840.13793415X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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