PDB-5kyo: Crystal Structure of CYP101J2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kyo

タイトル

Crystal Structure of CYP101J2

要素

CYP101J2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 monooxygenase / 1 / 8-cineole hydroxylation

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium yanoikuyae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Unterweger, B. / Drinkwater, N. / Dumsday, G.J. / McGowan, S.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: X-ray crystal structure of cytochrome P450 monooxygenase CYP101J2 from Sphingobium yanoikuyae strain B2.
著者: Unterweger, B. / Drinkwater, N. / Johanesen, P. / Lyras, D. / Dumsday, G.J. / McGowan, S.

履歴

登録	2016年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kyo.cif.gz	983 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kyo.ent.gz	814.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kyo_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kyo_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5kyo_validation.xml.gz	108.7 KB	表示
CIF形式データ	5kyo_validation.cif.gz	158.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/5kyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/5kyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t85S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6onh-d 5o4l-d 6one-d 4dvx-1 4dvs-1 5gnm-3 4iq7-d 6usw-d 6hqg-3 6utd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYP101J2

B: CYP101J2

C: CYP101J2

D: CYP101J2

E: CYP101J2

F: CYP101J2

ヘテロ分子

296 kDa, 6 ポリマー
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1

A: CYP101J2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYP101J2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CYP101J2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CYP101J2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: CYP101J2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: CYP101J2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.426, 100.031, 99.963
Angle α, β, γ (deg.)	63.46, 63.66, 63.67
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	CYP101J2 分子量: 48757.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium yanoikuyae (バクテリア) 株: B2 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A1C9CIU0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M LiCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→72.57 Å / Num. obs: 261465 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T85

1t85

解像度: 1.8→42.601 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2763	11749	4.53 %
R_work	0.2234	-	-
obs	0.2258	259482	95.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.601 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18232	0	258	2120	20610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19287
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	26373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.283	7126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2880
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3648	425	0.3404	8109	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8205-1.8419	0.3738	449	0.3273	8105	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8419-1.8643	0.3694	365	0.3238	7988	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8643-1.8879	0.4212	352	0.3237	8255	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8879-1.9128	0.3541	343	0.3032	8211	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9128-1.939	0.3405	367	0.2778	8132	X-RAY DIFFRACTION	94
1.939-1.9667	0.3142	353	0.2747	8215	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9667-1.996	0.3131	378	0.2594	8343	X-RAY DIFFRACTION	95
1.996-2.0272	0.2863	356	0.2438	8289	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0272-2.0605	0.2954	406	0.2409	8261	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0605-2.096	0.2927	408	0.2346	8250	X-RAY DIFFRACTION	95
2.096-2.1341	0.2874	409	0.241	8249	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1341-2.1751	0.2895	301	0.2256	8354	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1751-2.2195	0.2873	301	0.2386	8421	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2195-2.2678	0.3175	403	0.238	8280	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2678-2.3206	0.3038	397	0.2271	8336	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3206-2.3786	0.2964	303	0.233	8407	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3786-2.4429	0.2865	486	0.2232	8246	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4429-2.5148	0.2699	514	0.2156	8145	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5148-2.5959	0.2788	478	0.2203	8205	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5959-2.6887	0.2845	487	0.2254	8323	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6887-2.7963	0.3039	303	0.2363	8360	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7963-2.9236	0.3009	466	0.2314	8280	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9236-3.0776	0.2616	436	0.2147	8245	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0776-3.2704	0.2758	359	0.2105	8300	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2704-3.5228	0.2722	400	0.2104	8291	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5228-3.8771	0.262	393	0.2	8179	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8771-4.4376	0.2203	498	0.1802	7873	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4376-5.589	0.2237	328	0.1872	8440	X-RAY DIFFRACTION	96
5.589-42.613	0.2286	285	0.2087	8641	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -66.3091 Å / Origin y: -150.6374 Å / Origin z: 158.2347 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2031 Å²	0.0165 Å²	0.0107 Å²	-	0.1855 Å²	0.0047 Å²	-	-	0.1717 Å²
L	0.0187 °²	-0.0087 °²	-0.0032 °²	-	0.0233 °²	-0.0084 °²	-	-	0.0246 °²
S	0.0122 Å °	0.0252 Å °	-0.0011 Å °	0.0049 Å °	-0.0042 Å °	0.0257 Å °	0.0251 Å °	-0.0146 Å °	-0.0078 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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