PDB-7aov: Crystal Structure of a TRPM2 Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aov

タイトル

Crystal Structure of a TRPM2 Domain

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TRPM2

機能・相同性

機能・相同性情報

TRP channels / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / monoatomic ion channel activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / protein homotetramerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.00001625778 Å

データ登録者

Sander, S. / Tidow, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of TRPM2 MHR1/2 domain reveals a conserved Zn 2+ -binding domain essential for structural integrity and channel activity.
著者: Sander, S. / Pick, J. / Gattkowski, E. / Fliegert, R. / Tidow, H.

履歴

登録	2020年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7aov_full_validation.pdf.gz	745.9 KB	表示
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CIF形式データ	7aov_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/7aov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/7aov	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7aov-2 5f1q-2 6gnh-d 3wvr-6 4ohx-d 3oet-8 3e3q-7 7cqz-d 6i5k-2 6s3e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

ヘテロ分子

96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.760, 188.128, 47.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.659, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 分子量: 47997.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trpm2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0A0R4IMY7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Tris, BICINE, Diethylene glycol, Triethylene glycol, Tetraethylene glycol, Pentaethylene glycol, glycerol, PEG4000, Jeffamine M-600

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.62 Å / Num. obs: 53708 / % possible obs: 97.15 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.4560992986 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.28
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 5374 / CC_1/2: 0.552 / % possible all: 96.91

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.00001625778→46.6117154188 Å / SU ML: 0.242429295894 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34245382405 / 位相誤差: 25.4548106828
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231176397768	2739	5.10350481656 %
R_work	0.188124451293	50930	-
obs	0.190409700336	53669	97.1472531451 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.5160232049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.00001625778→46.6117154188 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5956	0	2	412	6370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00805175151355	6074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927023338974	8200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0530808292072	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00558747518511	1040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.70073991729	3638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.00001625778-2.0345	0.286062895404	149	0.253239903329	2468	X-RAY DIFFRACTION	97.0697329377
2.0345-2.0715	0.330586779985	136	0.26377596347	2614	X-RAY DIFFRACTION	96.7969024991
2.0715-2.1113	0.315815074522	123	0.241724707777	2522	X-RAY DIFFRACTION	97.4217311234
2.1113-2.1544	0.342074870394	142	0.240354459687	2501	X-RAY DIFFRACTION	95.4496208017
2.1544-2.2013	0.275869114088	131	0.218923617814	2546	X-RAY DIFFRACTION	97.0982952485
2.2013-2.2525	0.293348733173	125	0.218647048881	2555	X-RAY DIFFRACTION	97.7745348413
2.2525-2.3088	0.270357568005	137	0.207163196369	2548	X-RAY DIFFRACTION	96.8265416516
2.3088-2.3712	0.2101677204	141	0.203597180077	2506	X-RAY DIFFRACTION	95.559566787
2.3712-2.441	0.257022669218	125	0.205659260246	2497	X-RAY DIFFRACTION	97.1830985915
2.441-2.5198	0.323602095834	139	0.203234913998	2624	X-RAY DIFFRACTION	97.8746014878
2.5198-2.6098	0.251127051539	119	0.204027882172	2555	X-RAY DIFFRACTION	98.344979772
2.6098-2.7143	0.249204272827	164	0.213305313888	2524	X-RAY DIFFRACTION	97.6034858388
2.7143-2.8378	0.255123505753	111	0.201961473988	2601	X-RAY DIFFRACTION	97.2391538186
2.8378-2.9874	0.296220536794	122	0.196311336298	2598	X-RAY DIFFRACTION	97.0388869069
2.9874-3.1746	0.227889706816	157	0.206053668956	2512	X-RAY DIFFRACTION	98.0889378905
3.1746-3.4196	0.250987958731	149	0.189641599164	2551	X-RAY DIFFRACTION	96.9827586207
3.4196-3.7636	0.218274562227	145	0.169053617614	2532	X-RAY DIFFRACTION	97.700729927
3.7636-4.3079	0.195862624592	138	0.151825655606	2584	X-RAY DIFFRACTION	97.7027997128
4.3079-5.4262	0.179424354556	175	0.152072440269	2527	X-RAY DIFFRACTION	97.5451263538
5.4262-46.6117154188	0.195703527161	111	0.187539097503	2565	X-RAY DIFFRACTION	95.8109559613

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.55864765083	0.892113064498	-0.50636615124	4.67573497737	0.072345096801	1.28481635227	0.226609590047	-0.141691501183	-0.0185282674346	0.0979719439314	-0.0952831752124	-0.587931543378	-0.021540339546	0.0981927279511	-0.112008101719	0.313852750731	0.0121414655279	-0.0332822532475	0.277526022894	-0.0102743443285	0.284174266976	30.2994391963	-23.3611991698	10.0146450054
2	3.01270432693	0.758219261565	1.21312747106	1.97400927133	0.449634940111	1.08993930031	0.127586017747	-0.20742472368	-0.0684808502095	0.324630824468	-0.046188947641	0.0299145972114	0.0760683108843	-0.136352995941	-0.0708985752275	0.289395249248	0.00305877259171	0.014394807559	0.233352002705	0.0261350172861	0.1443004	11.1165938314	-34.5036396025	6.46581070027
3	1.52043161899	0.221299013119	0.0307104064934	3.4162045206	-0.2352883091	1.48960577303	0.0851715553703	0.126494407635	0.108132392639	-0.459685524909	-0.0388411986174	-0.0588081135296	-0.0132759587632	0.0906687981994	-0.0717224578875	0.354580454059	0.0172149302031	0.0134522131429	0.354293388123	0.0380938120466	0.221245025975	3.72211618681	-26.2398685906	-13.519988096
4	3.6433166072	-1.34602654906	-0.273974925164	6.3034422382	-1.48199512462	4.84092981478	-0.201831073505	0.868689640766	-0.347564471985	-0.836112438443	0.0115864503335	0.704676440666	0.244680870588	-0.833563356701	0.267904045794	0.451968840441	-0.0338341572933	-0.13062797368	0.401056554128	-0.0691015019593	0.309456319118	-3.17047211202	-39.4783499158	-14.1396953227
5	1.36779323386	-0.0939613032924	-0.737794820249	5.09132584205	1.08169019309	1.51392148277	-0.0361498495039	0.127113216586	-0.163075757738	-0.575333307774	-0.201546505635	0.0514208750598	-0.115726151648	-0.0973262526582	0.215362842175	0.301504081304	0.000196092306525	-0.0430579551856	0.317047223668	0.00244998519077	0.291788114548	15.5256517572	-81.2805758139	-8.45012804325
6	0.600123833802	0.238110425256	0.73730480671	2.02809832501	0.683370930603	2.53603703771	-0.0970104756704	-0.0402175645208	0.111369604589	-0.0808044086828	-0.063023233774	0.385510458629	-0.251827291644	-0.330344156405	0.142927232277	0.210779518965	0.0212036231203	-0.0113403020012	0.270665587566	-0.00824117561883	0.299185690793	14.1964914364	-67.8807755655	12.2328544918
7	1.6020592661	-0.825426732141	0.968611289565	2.52193730373	1.0176057044	3.13304422322	-0.0775131723693	-0.12367481522	-0.0162396073781	0.0183784257673	0.046308648597	-0.0883657378073	-0.0257653041148	0.148653011145	0.00395330453067	0.159106634611	-0.0174848648771	-0.00431678205567	0.215142471458	0.0284822896201	0.187272976097	22.2515938078	-72.2820725163	10.652932118
8	1.85198809657	-0.440356055008	0.121189463849	4.69455120384	-0.523947417243	1.61868880182	-0.0528084296124	-0.113878295869	-0.00998786799839	0.41782149286	-0.0176867440224	-0.469375540296	0.0325274057359	0.247396926618	0.0784678795872	0.217517523026	0.00705405244964	-0.0521928821455	0.286935492984	0.00202190173786	0.244764584896	32.6690372519	-77.5337410287	27.4587586438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	112 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	293 - 391
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	392 - 423
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	38 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	112 - 244
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	245 - 326
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	327 - 423

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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