PDB-7alx: Sav-SOD: Chimeric Streptavidin-cSOD as Host for Artificial Metall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7alx

タイトル

Sav-SOD: Chimeric Streptavidin-cSOD as Host for Artificial Metalloenzymes

要素

Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / biotin-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

Mycobacterium bovis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Igareta, N.V. / Christoffel, F. / Peterson, R.L. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: Design and evolution of chimeric streptavidin for protein-enabled dual gold catalysis
著者: Christoffel, F. / Igareta, N.V. / Pellizzoni, M.M. / Tiessler-Sala, L. / Lozhkin, B. / Spiess, D.C. / Lledos, A. / Marechal, J.D. / Peterson, R.L. / Ward, T.R.

履歴

登録	2020年10月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年11月17日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _atom_site.calc_flag / _citation.country ..._atom_site.calc_flag / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7alx.cif.gz	109 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7alx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7alx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7alx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7alx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4irwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s50-d 2rtc-1 1kl5-d 2izh-1 3wyp-d 5vcq-d 4bx5-d 6vjk-3 1i9h-1 5b5f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (7) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (7)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

BBB: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

ヘテロ分子

41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

BBB: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

BBB: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.525, 102.525, 59.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-323- HOH
2	1	BBB-318- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin 分子量: 20069.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア), (組換発現) Mycobacterium bovis (strain ATCC BAA-935 / AF2122/97) (結核菌) 株: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / 遺伝子: sodC, BQ2027_MB0440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22629, UniProt: P0A609, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-UFW / ((4S)-1,3-dimesityl-4-((5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)methyl)imidazolidin-2-yl)gold / [(4~{S})-4-[[5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]methyl]-1,3-bis(2,4,6-trimethylphenyl)imidazolidin-2-ylidene]gold / [(4S)-4-[[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxidanylidene-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]methyl]-1,3-bis(2,4,6-trimethylphenyl)imidazolidin-2-ylidene]gold 分子量: 758.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₃AuN₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 %w/v PEG 3350 (Precipitant) 0.2 M Na K Phos (Salt) 0.1 M BIS-TRIS prop 7.5 pH (Buffer)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.893 Å / Num. obs: 29784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 1719 / CC_1/2: 0.958 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Aimless	0.7.4	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IRW

4irw

解像度: 1.8→45.893 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 2.197 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	1445	4.858 %
R_work	0.1794	28298	-
all	0.181	-	-
obs	-	29743	99.97 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.668 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.195 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.195 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1839	0	82	156	2077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.973	1.708	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.546	1.577	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.921	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.538	22.558	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.408	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.674	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.199	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.648	2.79	997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.645	2.786	996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.97	4.15	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.968	4.155	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.098	3.055	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.071	3.018	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.66	4.481	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.667	4.415	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.619	32.859	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.519	32.139	2190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.251	97	0.198	2060	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
1.847-1.897	0.236	99	0.202	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.952	0.269	101	0.214	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.012	0.219	101	0.183	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.224	90	0.181	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.222	100	0.181	1784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.234	88	0.19	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.324	0.254	78	0.195	1669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.324-2.427	0.172	83	0.177	1583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.211	93	0.178	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.246	83	0.183	1459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.845	0.225	70	0.178	1394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.042	0.194	69	0.172	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.042-3.285	0.229	44	0.178	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.598	0.218	65	0.194	1113	X-RAY DIFFRACTION	100
3.598-4.022	0.212	52	0.174	1043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.022-4.643	0.169	52	0.147	906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.643-5.684	0.226	38	0.15	795	X-RAY DIFFRACTION	100
5.684-8.026	0.224	27	0.196	639	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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