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- PDB-7alj: Structure of Drosophila Notch EGF domains 11-13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7alj
タイトルStructure of Drosophila Notch EGF domains 11-13
要素Neurogenic locus Notch protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Notch Notch LIgand EGF domains
機能・相同性
機能・相同性情報


response to symbiont / neuroblast fate specification / epithelial cell type specification, open tracheal system / lamellocyte differentiation / regulation of cardioblast cell fate specification / positive regulation of crystal cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor development / R1/R6 cell differentiation / formation of a compartment boundary / compartment boundary maintenance ...response to symbiont / neuroblast fate specification / epithelial cell type specification, open tracheal system / lamellocyte differentiation / regulation of cardioblast cell fate specification / positive regulation of crystal cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor development / R1/R6 cell differentiation / formation of a compartment boundary / compartment boundary maintenance / follicle cell of egg chamber migration / muscle cell fate determination / imaginal disc-derived leg joint morphogenesis / eye-antennal disc development / crystal cell differentiation / R7 cell differentiation / R3/R4 cell differentiation / oocyte localization involved in germarium-derived egg chamber formation / hemocyte proliferation / negative regulation of lamellocyte differentiation / myoblast development / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / germarium-derived egg chamber formation / leg disc morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in Malpighian tubule morphogenesis / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / lateral inhibition / Malpighian tubule tip cell differentiation / eye-antennal disc morphogenesis / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / imaginal disc-derived leg segmentation / sensory organ precursor cell fate determination / female germ-line stem cell population maintenance / ommatidial rotation / wing disc dorsal/ventral pattern formation / wing disc pattern formation / germ-line stem-cell niche homeostasis / defense response to insect / follicle cell of egg chamber stalk formation / compound eye retinal cell programmed cell death / imaginal disc-derived leg morphogenesis / dorsal closure / chaeta morphogenesis / compound eye morphogenesis / neuroblast development / follicle cell of egg chamber development / lymph gland development / larval lymph gland hemopoiesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / cell dedifferentiation / dorsal appendage formation / border follicle cell migration / compound eye development / foregut morphogenesis / asymmetric cell division / chaeta development / regulation of stem cell division / imaginal disc-derived wing morphogenesis / glial cell fate determination / neuron fate specification / regulation of neuroblast proliferation / glial cell migration / intestinal stem cell homeostasis / retinal cell programmed cell death / neuron fate determination / sensory organ development / germ-line stem cell population maintenance / dorsal/ventral axis specification / neuronal stem cell population maintenance / regulation of filopodium assembly / glial cell differentiation / peripheral nervous system development / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / motor neuron axon guidance / regulation of growth / nervous system process / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / WW domain binding / oogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / histone acetyltransferase binding / mesoderm development / regulation of cell differentiation / endocytic vesicle / cell fate commitment / neuroblast proliferation / regulation of neurogenesis / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / long-term memory / Notch signaling pathway / multivesicular body / axon guidance / regulation of mitotic cell cycle / actin filament organization / determination of adult lifespan
類似検索 - 分子機能
: / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / Teneurin EGF domain / NOD ...: / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / Teneurin EGF domain / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Neurogenic locus Notch protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Suckling, R. / Johnson, S. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L001187/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR-R009317/1 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: The conserved C2 phospholipid-binding domain in Delta contributes to robust Notch signalling.
著者: Martins, T. / Meng, Y. / Korona, B. / Suckling, R. / Johnson, S. / Handford, P.A. / Lea, S.M. / Bray, S.J.
履歴
登録2020年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_entity_branch_descriptor
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus Notch protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6768
ポリマ－12,4971
非ポリマー1,1797
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.820, 31.286, 21.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.769, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neurogenic locus Notch protein / Notch


分子量: 12496.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: N, CG3936 / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P07207

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糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 312.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DXylpb1-3DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 99分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES 6.5, 1.8M Ammonium sulphate, 0.01M Cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→45.2 Å / Num. obs: 18808 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.54 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.75
反射 シェル解像度: 1.523→1.577 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1771 / CC1/2: 0.701

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
PHENIXdev_3965精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vj3

2vj3


解像度: 1.52→45.2 Å / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9919
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 962 5.16 %
Rwork0.2014 17692 -
obs0.2034 18654 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数845 0 71 97 1013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44631278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0869146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5598145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.60.4011310.36182373X-RAY DIFFRACTION94.03
1.6-1.70.29611400.27632524X-RAY DIFFRACTION98.89
1.7-1.840.27741360.23282534X-RAY DIFFRACTION98.52
1.84-2.020.2611370.21742519X-RAY DIFFRACTION99.33
2.02-2.310.24741290.19362554X-RAY DIFFRACTION99.85
2.31-2.910.25651410.20352575X-RAY DIFFRACTION99.41
2.91-45.20.2051480.17522613X-RAY DIFFRACTION98.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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