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- PDB-7akm: Crystal structure of CHK1 kinase domain in complex with ATPyS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7akm
タイトルCrystal structure of CHK1 kinase domain in complex with ATPyS
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / negative regulation of DNA biosynthetic process / regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / negative regulation of DNA biosynthetic process / regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / cellular response to caffeine / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / positive regulation of cell cycle / peptidyl-threonine phosphorylation / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / regulation of signal transduction by p53 class mediator / replication fork / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / CITRIC ACID / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Day, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A24386 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural basis for recruitment of the CHK1 DNA damage kinase by the CLASPIN scaffold protein.
著者: Day, M. / Parry-Morris, S. / Houghton-Gisby, J. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
B: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,77316
ポリマ－68,4262
非ポリマー1,34714
水7,819434
1
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0338
ポリマ－34,2131
非ポリマー8207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7408
ポリマ－34,2131
非ポリマー5277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.620, 89.270, 112.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1 / CHK1 checkpoint homolog / Cell cycle checkpoint kinase / Checkpoint kinase-1


分子量: 34213.219 Da / 分子数: 2 / 変異: D10R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHEK1, CHK1 / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 448分子

#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5 and 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→44.63 Å / Num. obs: 49422 / % possible obs: 98.35 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1555 / Rpim(I) all: 0.08786 / Rrim(I) all: 0.1795 / Net I/σ(I): 5.57
反射 シェル解像度: 1.93→1.999 Å / Rmerge(I) obs: 1.313 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 4447 / CC1/2: 0.336 / Rpim(I) all: 0.7813 / Rsym value: 1.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IA8

1ia8


解像度: 1.93→44.63 Å / SU ML: 0.2459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2472
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 2410 4.88 %
Rwork0.1967 --
obs0.199 49385 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→44.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 0 83 434 4891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00394564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72146174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8577618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.970.34981310.33112406X-RAY DIFFRACTION86.85
1.97-2.010.38731410.30912612X-RAY DIFFRACTION94.96
2.01-2.060.31011310.28642700X-RAY DIFFRACTION97.55
2.06-2.110.31451240.26552769X-RAY DIFFRACTION99.38
2.11-2.170.32811410.25372772X-RAY DIFFRACTION99.62
2.17-2.230.26321400.2322771X-RAY DIFFRACTION99.62
2.23-2.30.27271280.20722775X-RAY DIFFRACTION99.73
2.3-2.390.24891430.20512774X-RAY DIFFRACTION99.59
2.39-2.480.26051460.19872786X-RAY DIFFRACTION99.73
2.48-2.590.29461200.20292812X-RAY DIFFRACTION99.73
2.59-2.730.21761410.18792783X-RAY DIFFRACTION99.39
2.73-2.90.26491540.18682779X-RAY DIFFRACTION99.56
2.9-3.130.20841560.18262801X-RAY DIFFRACTION99.66
3.13-3.440.22581530.17852798X-RAY DIFFRACTION99.29
3.44-3.940.20481520.15132824X-RAY DIFFRACTION99.7
3.94-4.960.20221360.15312881X-RAY DIFFRACTION99.6
4.96-44.630.23451730.2262932X-RAY DIFFRACTION98.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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