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- PDB-6gpx: CRYSTAL STRUCTURE OF CCR2A IN COMPLEX WITH MK-0812 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gpx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CCR2A IN COMPLEX WITH MK-0812
要素C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Signalling / Drug-design
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration ...T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / monocyte extravasation / CCR2 chemokine receptor binding / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of type 2 immune response / Beta defensins / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of macrophage migration / macrophage migration / neutrophil clearance / regulation of T cell cytokine production / alkane catabolic process / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / chemokine receptor activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / inflammatory response to wounding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / cellular homeostasis / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / regulation of T cell differentiation / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / hemopoiesis / humoral immune response / blood vessel remodeling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular defense response / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of angiogenesis / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / cytokine-mediated signaling pathway / response to wounding / positive regulation of T cell activation / positive regulation of type II interferon production / fibrillar center / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (i) signalling events / perikaryon / electron transfer activity / immune response / inflammatory response / iron ion binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 2 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. ...CC chemokine receptor 2 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F7N / OLEIC ACID / Rubredoxin / C-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pautsch, A. / Schnapp, G. / Cheng, R. / Apel, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of CC Chemokine Receptor 2A in Complex with an Orthosteric Antagonist Provides Insights for the Design of Selective Antagonists.
著者: Apel, A.K. / Cheng, R.K.Y. / Tautermann, C.S. / Brauchle, M. / Huang, C.Y. / Pautsch, A. / Hennig, M. / Nar, H. / Schnapp, G.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
B: C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,27019
ポリマ－79,3092
非ポリマー4,96117
水1,15364
1
A: C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,29814
ポリマ－39,6551
非ポリマー3,64313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9735
ポリマ－39,6551
非ポリマー1,3184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.570, 64.550, 131.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2 / CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R / Rd / CCR2 / Monocyte chemoattractant ...CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R / Rd / CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R


分子量: 39654.602 Da / 分子数: 2
断片: RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: CCR2, CMKBR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41597, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-F7N / [(3~{S},4~{S})-3-methoxyoxan-4-yl]-[(1~{R},3~{S})-3-propan-2-yl-3-[[3-(trifluoromethyl)-7,8-dihydro-5~{H}-1,6-naphthyridin-6-yl]carbonyl]cyclopentyl]azanium


分子量: 470.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35F3N3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: protein was concentrated to 20-25 mg/ml and reconstituted into LCP by mixing with 90% monoolein/10% cholesterol at a 40:60 (w:w) protein:lipid ratio. LCP crystallization were set up using the ...詳細: protein was concentrated to 20-25 mg/ml and reconstituted into LCP by mixing with 90% monoolein/10% cholesterol at a 40:60 (w:w) protein:lipid ratio. LCP crystallization were set up using the IMISX in-situ crystallization plate. 40nl of LCP bolus were dispensed using the Mosquito LCP robot (TTP Labtech) and overlaid with 800 nl of precipitant solution. Crystals were obtained in 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 0.2 M potassium nitrate, 39% (v/v) PEG400, 3% (v/v) 1,2-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 25298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 57.64 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.55 / Net I/σ(I): 6.93
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 14.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / CC1/2: 0.656 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.555 / SU Rfree Blow DPI: 0.282
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1266 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 25329 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9364 Å20 Å2-3.4602 Å2
2---14.9287 Å20 Å2
3---15.865 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4695 0 276 64 5035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00810264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8518636HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2294SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1484HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10264HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion659SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10589SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.72 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 -4.93 %
Rwork0.2263 482 -
all0.2289 507 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2256-0.22470.22560.4235-0.31732.1827-0.02020.0775-0.041-0.00980.0917-0.09220.09770.0158-0.0715-0.0612-0.05880.03150.03960.0023-0.197859.73296.701433.1882
20.55690.3767-0.1920.65280.20322.71090.01680.02620.0044-0.0307-0.0219-0.0174-0.2417-0.22280.0051-0.0650.02130.00810.03480.0367-0.196236.292924.221339.1113
30.7688-0.1621-0.5130.8585-0.5727-0.02160.00460.00450.00210.0060.00340.0033-0.02210.0383-0.0081-0.05970.0217-0.0112-0.0248-0.0010.020153.905510.97247.7594
40-0.8785-0.00940-0.21990.89450.0004-0.0081-0.00610.0024-0.0111-0.0058-0.0079-0.02620.0107-0.00250.0045-0.0080.00110.0073-0.01345.097610.358752.6619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ X|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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