PDB-7ai3: Crystal structure of MCE domain of Mce4A from Mycobacterium tuber...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ai3

タイトル

Crystal structure of MCE domain of Mce4A from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

要素

Mce-family protein Mce4A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein / MCE / Mce4A

機能・相同性

Virulence factor Mce protein / Mammalian cell entry, C-terminal / Cholesterol uptake porter CUP1 of Mce4, putative / Mce/MlaD / MlaD protein / membrane / Mce-family protein Mce4A

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Asthana, P. / Venkatesan, R.

資金援助

フィンランド, 6件

組織	認可番号	国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission	713606	フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation		フィンランド
Sigrid Juselius Foundation		フィンランド
European Union (EU)	653706	フィンランド
Academy of Finland	319194	フィンランド
European Commission	730872	フィンランド

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the substrate-binding proteins Mce1A and Mce4A from Mycobacterium tuberculosis .
著者: Asthana, P. / Singh, D. / Pedersen, J.S. / Hynonen, M.J. / Sulu, R. / Murthy, A.V. / Laitaoja, M. / Janis, J. / Riley, L.W. / Venkatesan, R.

履歴

登録	2020年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ai3.cif.gz	217.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ai3.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ai3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ai3_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ai3_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	7ai3_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7ai3_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7ai3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7ai3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ai2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ai2-1 3l81-d 1gn1-2 4xrn-1 6axv-d 6ult-3 5jpa-d 6sqp-d 2ql1-d 5vh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mce-family protein Mce4A

B: Mce-family protein Mce4A

C: Mce-family protein Mce4A

D: Mce-family protein Mce4A

60.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mce-family protein Mce4A

B: Mce-family protein Mce4A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, mass spectrometry, Native mass spectrometry, SAXS
30.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mce-family protein Mce4A

D: Mce-family protein Mce4A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.202, 131.202, 105.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Mce-family protein Mce4A 分子量: 15102.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: mce4A, Rv3499c / プラスミド: pETM 11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I6YC99
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.74 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Sodium HEPES, 100 mM LiCl2, 20% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→47.8 Å / Num. obs: 23016 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.43 % / B_iso Wilson estimate: 66.3 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 15.57 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3714 / CC_1/2: 0.43 / R_pim(I) all: 0.79 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet labelled Mce4A

解像度: 2.9→42.95 Å / SU ML: 0.4652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 28.4659
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	1128	4.91 %
R_work	0.1947	21840	-
obs	0.1966	22968	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3271	0	0	14	3285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0014	3342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4137	4530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0459	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7913	1244

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.03	0.3675	159	0.3231	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.19	0.3772	138	0.3019	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.39	0.3445	131	0.2775	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.39-3.65	0.2776	133	0.2332	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.65-4.02	0.2419	104	0.2102	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.02-4.6	0.1849	136	0.163	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.6-5.79	0.1961	168	0.1601	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.8-42.95	0.2082	159	0.1578	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.67678225216	-3.76902558755	0.107506422195	3.35536477081	1.15967847363	5.76725153299	0.382389571459	0.937943221433	0.727555089856	-0.675553527711	-0.112233593789	0.393122751178	0.242540834044	-1.03351598883	-0.383858046455	0.501434315186	-0.125635074019	-0.0238630908604	0.866493698711	0.225695697937	0.605074772292	-0.547816245486	69.9230577365	61.6052383838
2	5.06644376445	-4.17585716851	-4.26020994743	4.61928383561	1.28989941222	7.75463999364	-0.951700481607	-1.40500780628	0.0824252970055	0.1963267618	0.32279086334	-0.534748843715	0.746551460253	0.881710248699	0.85788190341	0.68501458976	0.193123439247	0.0508410492474	0.618851646209	0.0927586148037	0.406127224811	26.4206427034	56.3542736046	64.1058715192
3	5.79528477394	0.920430540633	-4.94751191531	0.19582733175	-0.733896267783	4.27591083767	1.87300558692	2.30841549279	-1.86153892101	-1.68367296921	0.17012397297	-0.331300860638	2.17562143187	2.83219415539	-1.66723165983	1.3480449786	0.531835114727	-0.331086180955	1.99046421919	-0.0370787036298	1.26433843574	48.8497639783	45.2568300108	63.4363870586
4	1.99765547926	3.00286812392	0.72680045446	1.99558601373	3.93159715189	1.48237268635	0.574887514493	0.424905292113	-0.901927605452	-0.40360420161	1.34489265659	-2.0031909053	1.33154186946	3.10215404504	1.04263858395	1.76266738774	1.11711451327	0.339473468633	2.354847989	-0.0220633703977	0.978429083137	47.4811803606	42.7493659854	52.5654395687
5	9.12574152197	4.33366250009	-5.09591376824	5.26134180546	-2.67520149467	3.78968395056	-0.864382063085	-0.207568268746	-2.3725011875	-0.22681309007	0.652088867064	-0.906675584895	3.48759678246	-0.219197920275	0.34119239116	1.45453176299	0.328259756558	0.323779861767	1.16186473485	0.127638645916	0.863815390101	35.7097455464	43.3033223155	55.0391393342
6	5.70559419046	6.19809167712	5.8133033342	6.87782954765	6.42763591854	5.9999332325	-1.33489915766	0.194160628664	1.45781710823	-1.61679932951	0.167218766675	-0.0100691665097	-1.58623667665	0.990310647274	1.08401161566	0.933872326216	0.272017423316	-0.153215818015	1.02707692635	0.208800794053	0.991700935103	33.0684811073	57.3800953308	69.7525412591
7	4.59866998167	0.240549385792	-1.39249048421	6.37387664245	-0.651684911949	7.14506118864	-0.39462160486	-1.03808923564	-0.892942539764	0.625234597668	-0.0254811547477	-0.104094994996	0.907615416175	0.465565942086	0.464735692752	0.807383914295	0.124653521889	0.138894142487	0.730389794336	0.0609625843698	0.591369827329	5.87970161825	53.267433836	89.7316180937
8	4.95794335884	-3.34151034285	-0.153872383201	3.13594008131	0.629491080618	3.63830308493	-0.314474234676	0.356184127329	0.604342839203	-0.104848952232	0.13645527624	-0.462162556391	-0.0702577926644	0.371980637958	0.154596869486	0.601035898402	0.12120521496	0.03211601923	0.757158069583	0.0845860730425	0.525631983939	38.9103053555	53.4556628114	79.4387109682
9	3.32359991109	3.8778631456	2.52256426733	8.75598675866	6.1819361922	4.37511571092	1.46202478695	-0.121796922931	1.32845509824	-0.0818973321989	-1.61672578385	2.72571472747	3.08933164177	-2.35422547178	-0.323795242899	1.37782553962	-0.137779092777	-0.207559258612	1.93019779696	0.0671552490567	1.26207929075	47.4082721188	50.5671422069	106.023668415
10	6.03643302072	-0.920233153246	-4.46586714388	7.14102999374	1.78573584294	8.42186921448	-0.451992137625	-1.53565774864	0.0774471289064	0.374925837333	0.673135307785	-0.181184935818	0.352087771653	-0.229093651591	-0.00223442370646	0.739725490255	0.230160414801	-0.0773289750454	0.783125919347	-0.0175990816722	0.530788451744	35.9154908431	52.2640452157	85.6693895035
11	5.57520049466	-1.74761543017	-1.43090136424	1.01598601529	2.02145212312	5.81608729344	-0.179204057458	-1.21100422974	1.50457278869	0.137314099913	-0.109761662813	-0.952318219688	-0.609973520395	-0.17144902113	0.352010688587	0.725458724931	0.305883230576	-0.0432098373603	1.0695467382	-0.163529992495	0.758187891471	33.9116737724	54.4927899121	89.6104117536
12	4.67775977383	1.34682587687	-0.932223472628	6.52637464514	-1.53210416816	8.66888729447	-0.6231436271	-0.817652814919	0.651040177335	0.350673756756	0.162406863369	-0.798388068614	-0.129708004363	0.677068448745	0.542993308729	0.762333043509	0.361963952074	-0.156145338656	1.00565547344	-0.108433555422	0.660217196619	43.7565460386	52.8093874131	87.0310174383
13	3.12954814346	-1.70293160057	-0.0921770356	1.08343087871	-0.367701912018	2.05528408463	-0.287098333887	0.697531095908	0.0460208808973	-0.195977377622	0.0169608302752	0.168821928811	0.111656922038	-0.421767193354	0.377101599515	0.636543034685	-0.0205787483656	0.0285576153775	0.634958881945	-0.0453379480304	0.471060390667	4.94237952621	55.4891695572	83.4694719206
14	5.66863890332	-1.78894169826	-2.40916194417	7.11241468433	-4.27978042366	7.09828634267	-0.139615026258	1.04685215088	-0.428434833497	1.07076905767	-0.059753158373	0.0677395239159	0.236952277376	-0.234171994756	0.448920452805	0.744361551899	0.071879486296	-0.0227765124393	0.654014397197	-0.0676634787439	0.541718459259	5.14659022986	54.7268417416	82.0678444751
15	5.78853021944	-2.98933748797	0.0725112007427	2.25471192235	2.14848235428	6.66516008354	0.0725814497225	-1.31566143122	3.22573424484	0.928053548717	0.260134986037	-2.17058415425	-0.0989611363587	0.112924447155	-0.0510333879348	0.804489328787	0.361751285293	0.00989804232191	1.44278679447	-0.146637912802	1.45733997081	41.9062575176	66.1154216226	35.5573712956
16	4.92570070757	-0.165481599096	-0.333870331462	6.34892032784	2.28208422342	6.94021930388	0.086632989717	1.28416096898	0.455138218779	-0.261132601068	-0.53457294983	0.479747740949	0.438810686264	-0.440972016131	0.511533942949	0.876279012115	0.215261022708	0.126235031863	1.03079867737	0.109256150084	0.569883197267	30.9497172354	53.3931401204	55.9740414139
17	9.07525880954	-2.89507571968	-2.0794118749	2.27697609703	0.107664417671	3.3686353689	-0.476641343264	0.438976766804	-0.0205859014533	0.12283590655	0.0315967047964	-0.2690806351	0.640630439078	0.407703276717	0.44475724126	0.725479906965	0.00790038081396	0.00388348291809	0.729281045201	-0.00970515006908	0.42453409895	21.1705568869	58.3913667013	60.9016432098
18	6.80306443599	-1.41906107331	-0.270153382914	4.46543313811	-5.79515955197	8.2798783366	-0.657302880988	0.21489382178	0.0464898720976	-0.649246456408	0.458323848887	-0.294497057482	0.274936543556	-0.663246342721	0.163430355614	0.528163051142	-0.137762386885	0.0257755274214	0.684717017347	-0.107439088683	0.505804666131	5.97873184157	66.010424127	68.3458508005
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20	9.51335350332	4.28770375498	-8.11326535025	8.34672070209	-1.19284706172	7.89629289391	-0.165581476502	0.933925385975	-0.637147953611	-0.28694378286	-0.0981853638937	-0.906878574869	0.686802879907	-0.580134166012	0.279467909367	0.679908898982	0.086329843472	-0.138958437387	0.685342306099	0.210227916751	0.515470949051	6.05158202601	65.8922373476	60.0382698968

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid 80 through 101 )	D	D	80 - 101	43 - 64
2	2	chain 'D' and (resid 102 through 116 )	D	D	102 - 116	65 - 79
3	3	chain 'D' and (resid 117 through 121 )	D	D	117 - 121	80 - 84
4	4	chain 'D' and (resid 122 through 126 )	D	D	122 - 126	85 - 89
5	5	chain 'D' and (resid 127 through 136 )	D	D	127 - 136	90 - 99
6	6	chain 'D' and (resid 137 through 144 )	D	D	137 - 144	100 - 107
7	7	chain 'A' and (resid 39 through 103 )	A	A	39 - 103	1 - 65
8	8	chain 'A' and (resid 104 through 145 )	A	A	104 - 145	66 - 107
9	9	chain 'B' and (resid 32 through 39 )	B	B	32 - 39	1 - 8
10	10	chain 'B' and (resid 40 through 64 )	B	B	40 - 64	9 - 33
11	11	chain 'B' and (resid 65 through 78 )	B	B	65 - 78	34 - 47
12	12	chain 'B' and (resid 79 through 101 )	B	B	79 - 101	48 - 72
13	13	chain 'B' and (resid 102 through 126 )	B	B	102 - 126	73 - 97
14	14	chain 'B' and (resid 127 through 144 )	B	B	127 - 144	98 - 115
15	15	chain 'C' and (resid 32 through 39 )	C	C	32 - 39	1 - 8
16	16	chain 'C' and (resid 40 through 79 )	C	C	40 - 79	9 - 48
17	17	chain 'C' and (resid 80 through 126 )	C	C	80 - 126	49 - 95
18	18	chain 'C' and (resid 127 through 144 )	C	C	127 - 144	96 - 113
19	19	chain 'D' and (resid 38 through 58 )	D	D	38 - 58	1 - 21
20	20	chain 'D' and (resid 59 through 79 )	D	D	59 - 79	22 - 42

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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