PDB-7ai2: Crystal structure of Se-Met labelled MCE domain of Mce4A from Myc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ai2

タイトル

Crystal structure of Se-Met labelled MCE domain of Mce4A from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

要素

Mce-family protein Mce4A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / susbtrate binding protein / MCE / Mce4A

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / symbiont entry into host / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.61 Å

データ登録者

Asthana, P. / Venkatesan, R.

資金援助

フィンランド, 6件

組織	認可番号	国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission	713606	フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation		フィンランド
Sigrid Juselius Foundation		フィンランド
European Union (EU)	653706	フィンランド
Academy of Finland	319194	フィンランド
European Commission	730872	フィンランド

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the substrate-binding proteins Mce1A and Mce4A from Mycobacterium tuberculosis .
著者: Asthana, P. / Singh, D. / Pedersen, J.S. / Hynonen, M.J. / Sulu, R. / Murthy, A.V. / Laitaoja, M. / Janis, J. / Riley, L.W. / Venkatesan, R.

履歴

登録	2020年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ai2.cif.gz	223.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ai2.ent.gz	152.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ai2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7ai2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7ai2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ai3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ai3-1 6axv-d 3l81-d 6sqp-d 1gn1-2 3phx-2 6f2z-1 3c2s-d 7ai2-2 5gkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mce-family protein Mce4A

B: Mce-family protein Mce4A

C: Mce-family protein Mce4A

D: Mce-family protein Mce4A

61.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mce-family protein Mce4A

B: Mce-family protein Mce4A

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, mass spectrometry, Native mass spectrometry, SAXS
30.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mce-family protein Mce4A

D: Mce-family protein Mce4A

ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.022, 134.022, 105.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Mce-family protein Mce4A 分子量: 15336.584 Da / 分子数: 4 / 変異: SeMet labelling / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: mce4A, Rv3499c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6YC99
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MES, 700 mM ammonium sulfate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→48.04 Å / Num. obs: 12505 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.41 % / B_iso Wilson estimate: 132.91 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 3.6→3.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2961 / CC_1/2: 0.23 / R_pim(I) all: 1.45 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.61→43.87 Å / SU ML: 0.461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 32.8121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2466	654	5.24 %
R_work	0.2165	11822	-
obs	0.2183	12476	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 158.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.61→43.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3271	0	0	0	3271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5408	4520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7915	462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.61-3.89	0.3627	123	0.3043	2341	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.89-4.28	0.3308	122	0.2696	2355	X-RAY DIFFRACTION	100
4.28-4.9	0.2658	126	0.2156	2370	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.9-6.17	0.2486	132	0.2235	2363	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.17-43.87	0.2045	151	0.1802	2393	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.022817197	5.43931302484	5.77052634451	3.96527447083	4.35138942608	5.01682893762	-0.708747784318	0.295207207419	0.55428688447	-2.31192665575	0.377133505297	0.740222506515	-1.01771998739	0.09737563292	0.655714442068	1.46069697946	0.136848291127	-0.301134579141	0.899385850305	0.0482482926652	0.863763910922	50.9720838277	-17.6077819632	-20.3101562598
2	6.10299368653	2.94233037633	2.06624473187	5.44236930865	-4.18129660506	6.71220154049	-0.22579341893	1.59968056043	1.15438921911	-0.564142065712	-1.0926861089	-1.0993914228	0.203857220304	0.159638962024	1.3258752961	1.27916918209	-0.00796104188341	-0.230666173821	1.15140631167	-0.116860305798	0.639847204812	51.284795662	-20.597636645	-22.2065703492
3	2.12527220216	-0.611467008798	0.821778426952	3.35297711445	2.4004772028	2.47685838551	1.64648739754	-0.45676898111	0.0289632523611	1.79228956152	-0.91964259523	2.19106422903	-1.57827292102	-0.0487423696446	1.19441707197	3.61871442195	-1.18057735482	0.388508062225	0.614922831356	-0.531121598914	1.24327459899	46.8493720303	-33.6245954116	-24.4249230117
4	4.24257329297	1.45736649378	1.92431800636	5.66084848926	1.42802195761	0.933447759104	0.736633810369	0.3103294959	0.696060950304	4.40207379862	-0.690394031721	-0.533380427874	1.83881374177	0.92886133075	-0.0867522680567	1.68029284572	-0.0328841648113	-0.0248054937263	1.23368654235	0.322252534414	0.826422154985	56.6130109459	-21.2250798198	-11.9801617806
5	4.47851070016	5.7418972004	-0.0114096995589	9.31264690486	-1.95114188298	5.30349658442	1.03911042805	-0.659779342766	-0.30230272303	-0.138626758639	-1.54123741935	-0.609421480187	-0.191023885438	1.15281291579	0.547638928059	1.41203286633	-0.0410148415795	0.0897214087574	0.984336738456	0.215939244502	1.07730063124	70.3611440928	11.2991310505	-13.2435664337
6	2.00211914901	2.16824552435	-8.63394175137	3.80636341151	-4.34375065306	8.85258647582	-0.786058303182	-0.23071099774	6.4100387403	2.80506006853	2.25265066291	0.539702705645	-2.23721362325	-1.63432006226	-0.743472517153	2.57944471428	0.566044879242	-0.166504561608	1.05497177851	0.107438161771	1.2572028587	57.8249752321	2.78476975717	-4.53309574618
7	1.95466478727	1.87348359124	2.03322847059	8.83246210858	4.35541006051	1.98369631148	-5.38767493588	2.74000908538	1.66247387105	-4.02233659068	1.26653240878	1.07117674476	0.17308663956	-0.650447001739	-2.56758364185	1.48023583702	-0.266951993424	0.125175853403	1.03612544678	0.0712709955906	1.10800048061	69.2018143096	12.578452488	-30.8842842089
8	3.86646289132	4.59558911901	3.75725826396	5.41756190731	4.48555124453	3.73789441711	-0.874451339229	0.611972147333	-2.15288586012	-0.800212271288	2.11783357211	1.47523036084	-3.55681503598	-0.286676664974	-0.99564230238	1.10904800828	0.194081532761	0.090391444874	0.772159572234	0.304653419405	1.1392193835	63.0933275785	-2.65268889494	-15.3287218866
9	5.1102021527	-2.85836722098	-1.23143746511	8.68450843793	4.04867754537	8.07320170007	-0.93979831771	-0.987875994309	-0.528709333166	-1.48279013265	0.736988709937	0.552377411089	0.445359931242	0.109527701946	0.238899951752	1.58102752723	0.0993665211351	0.117930203448	1.02350318376	0.16780637145	0.947857501117	61.8665580681	8.32364104355	-19.0811670347
10	6.82126500849	4.96696958625	-3.17957234394	8.72260509899	2.38022899409	5.99916415818	-0.549565092824	0.0291275593183	-0.799901053231	-0.953692150211	-1.0041425124	-4.7067134494	0.124111376335	1.21956773106	1.35125336176	1.38542612308	0.152270539658	0.251777899663	0.968698443772	0.0739192939082	1.31848237292	70.3376574908	1.62857973731	-20.8377002851
11	5.13181571991	0.117062278703	-0.0559975502447	4.63566557526	-2.47873855505	2.85971143706	0.0526856275425	-0.542405312844	0.676317846836	-0.600059588814	-0.773630240251	-0.692312289377	0.243031502211	0.63614946	0.590266408228	1.35612310179	-0.227774270204	0.128743054956	1.14857551916	0.10081203395	0.645953284989	65.8046509178	11.1086603577	-14.0020322858
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13	5.69728353847	2.25045032622	2.42269139543	9.22949890374	4.33730185587	2.39076580368	-0.180318342051	-0.26116246774	-1.41922350425	-2.29756787307	0.556375294482	2.7528370364	2.17890019165	-1.59846753281	-1.31277223043	3.46608206684	-2.31499675623	0.849365273086	-0.074926860511	-0.804652639807	2.52558190833	45.2171392843	-38.3134458862	-12.3350932295
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 39 through 58 )	A	A	39 - 58	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 59 through 87 )	A	A	59 - 87	21 - 49
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4	4	chain 'A' and (resid 98 through 107 )	A	A	98 - 107	60 - 69
5	5	chain 'A' and (resid 108 through 136 )	A	A	108 - 136	70 - 98
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7	7	chain 'B' and (resid 32 through 46 )	B	B	32 - 46	1 - 15
8	8	chain 'B' and (resid 47 through 58 )	B	B	47 - 58	16 - 27
9	9	chain 'B' and (resid 59 through 75 )	B	B	59 - 75	28 - 44
10	10	chain 'B' and (resid 76 through 87 )	B	B	76 - 87	45 - 56
11	11	chain 'B' and (resid 88 through 107 )	B	B	88 - 107	57 - 76
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13	13	chain 'B' and (resid 118 through 122 )	B	B	118 - 122	87 - 91
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15	15	chain 'B' and (resid 137 through 144 )	B	B	137 - 144	106 - 113
16	16	chain 'C' and (resid 32 through 39 )	C	C	32 - 39	1 - 8
17	17	chain 'C' and (resid 40 through 64 )	C	C	40 - 64	9 - 33
18	18	chain 'C' and (resid 65 through 87 )	C	C	65 - 87	34 - 56
19	19	chain 'C' and (resid 88 through 107 )	C	C	88 - 107	57 - 76
20	20	chain 'C' and (resid 108 through 136 )	C	C	108 - 136	77 - 105
21	21	chain 'C' and (resid 137 through 144 )	C	C	137 - 144	106 - 113
22	22	chain 'D' and (resid 38 through 46 )	D	D	38 - 46	1 - 9
23	23	chain 'D' and (resid 47 through 67 )	D	D	47 - 67	10 - 30
24	24	chain 'D' and (resid 68 through 92 )	D	D	68 - 92	31 - 55
25	25	chain 'D' and (resid 93 through 107 )	D	D	93 - 107	56 - 70
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27	27	chain 'D' and (resid 118 through 122 )	D	D	118 - 122	81 - 85
28	28	chain 'D' and (resid 123 through 136 )	D	D	123 - 136	86 - 99
29	29	chain 'D' and (resid 137 through 144 )	D	D	137 - 144	100 - 107

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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