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万見
- PDB-7ahh: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahh
タイトルOpuA inhibited inward-facing, SBD docked
要素
  • ABC transporter permease subunit
  • ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
キーワードMEMBRANE PROTEIN / osmoregulation / ABC-transporter / glycine betaine uptake system / cyclic-di-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type quaternary amine transporter / amine transmembrane transporter activity / ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / peptide transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport ...ABC-type quaternary amine transporter / amine transmembrane transporter activity / ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / peptide transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glycine betaine transport ATP-binding subunit / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / CBS domain superfamily / CBS domain ...: / Glycine betaine transport ATP-binding subunit / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / TRIMETHYL GLYCINE / Quaternary amine transport ATP-binding protein / ABC transporter permease/substrate binding protein / Glycine betaine transport ATP-binding protein OpuAA
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sikkema, H.R. / Rheinberger, J. / Paulino, C. / Poolman, B.
資金援助 オランダ, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)670578 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.016 オランダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Gating by ionic strength and safety check by cyclic-di-AMP in the ABC transporter OpuA.
著者: Hendrik R Sikkema / Marco van den Noort / Jan Rheinberger / Marijn de Boer / Sabrina T Krepel / Gea K Schuurman-Wolters / Cristina Paulino / Bert Poolman /
要旨: (Micro)organisms are exposed to fluctuating environmental conditions, and adaptation to stress is essential for survival. Increased osmolality (hypertonicity) causes outflow of water and loss of ...(Micro)organisms are exposed to fluctuating environmental conditions, and adaptation to stress is essential for survival. Increased osmolality (hypertonicity) causes outflow of water and loss of turgor and is dangerous if the cell is not capable of rapidly restoring its volume. The osmoregulatory adenosine triphosphate-binding cassette transporter OpuA restores the cell volume by accumulating large amounts of compatible solute. OpuA is gated by ionic strength and inhibited by the second messenger cyclic-di-AMP, a molecule recently shown to affect many cellular processes. Despite the master regulatory role of cyclic-di-AMP, structural and functional insights into how the second messenger regulates (transport) proteins on the molecular level are lacking. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of OpuA and in vitro activity assays that show how the osmoregulator OpuA is activated by high ionic strength and how cyclic-di-AMP acts as a backstop to prevent unbridled uptake of compatible solutes.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11786
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter permease subunit
B: ABC transporter permease subunit
C: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
D: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,2328
ポリマ－218,4434
非ポリマー1,7894
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14910 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area67090 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter permease subunit / ABC-type proline/glycine betaine transport system permease component / Glycine betaine ABC ...ABC-type proline/glycine betaine transport system permease component / Glycine betaine ABC transport system permease and betaine-binding protein


分子量: 63437.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: FEZ45_03205, FIB48_03540, GJI88_00475, GJI90_00975, LL275_1486, N42_0725
発現宿主: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A0V8ETW8
#2: タンパク質 ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component / Betaine/proline/choline family ABC transporter ATP-binding protein / Glycine betaine ABC transport ...Betaine/proline/choline family ABC transporter ATP-binding protein / Glycine betaine ABC transport system ATP-binding protein OpuAA / Glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 45783.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: FEZ45_03200, GJI88_00480, GJI90_00980, KF282_2364, LL275_1487, M20_1239, N42_0726
発現宿主: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A0R2NIU5, UniProt: Q9KIF7*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイニウム


分子量: 118.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: OpuA inhibited inward-facing, SBD docked / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
由来(組換発現)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2300 mMpotassium chlorideKCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: at 5 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 49407 X / 倍率（補正後）: 49407 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 7788
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1344075
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110161 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00712327
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96616711
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.4261641
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0712000
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052086

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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