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- PDB-7agy: Structure of the N-domain of the K+/H+ antiporter subunit KhtT at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7agy
タイトルStructure of the N-domain of the K+/H+ antiporter subunit KhtT at pH 8.5
要素K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Regulatory protein of K+/H+ antiporter
機能・相同性Potassium/proton antiporter subunit KhtT / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / plasma membrane / K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCI-01-0145-FEDER-029863(PTDC/BIA-BQM/29863/2017) ポルトガル
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: c-di-AMP, a likely master regulator of bacterial K + homeostasis machinery, activates a K + exporter.
著者: Cereija, T.B. / Guerra, J.P.L. / Jorge, J.M.P. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT
B: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0142
ポリマ－16,0142
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.197, 63.594, 64.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT


分子量: 8006.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: khtT, yhaT, BSU09860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07535
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5 200 mM KNa tartrate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978566 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978566 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→45.31 Å / Num. obs: 22120 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 1.048 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1075 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.295 / Rrim(I) all: 1.089

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AGV

7agv


解像度: 1.54→32.284 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1028 4.67 %
Rwork0.2247 20997 -
obs0.2252 22025 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.62 Å2 / Biso mean: 48.7163 Å2 / Biso min: 25.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→32.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 0 0 75 1189
Biso mean---50.41 -
残基数----140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9831596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.436472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.54-1.62120.321410.28312943100
1.6212-1.72280.32861550.27182935100
1.7228-1.85580.29961590.25482961100
1.8558-2.04250.25821210.24512985100
2.0425-2.3380.26551430.23643018100
2.338-2.94530.26721470.26083039100
2.9453-32.2840.20541620.1999311699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5472-2.31081.77212.96-0.90949.6564-0.05690.29680.0524-0.9010.17950.32680.10590.1891-0.08820.3702-0.0238-0.05560.2767-0.00920.2822-6.9035-7.16624.5466
28.63290.83680.39883.4366-1.06758.7356-0.23350.45880.9011-0.39820.0866-0.4253-1.25710.48450.19870.4136-0.1011-0.03490.36210.01580.2877-2.79920.13098.0288
34.2892.52393.02358.66843.10098.03790.5853-0.4513-0.38350.7996-0.14630.00690.65220.3361-0.47330.2806-0.0359-0.00020.2509-0.0090.2483-2.585-6.966914.5604
45.0884-4.82073.91355.4082-2.36625.3232-0.4686-0.78342.5358-1.8512-0.4385-4.1119-1.00823.38970.95970.7851-0.12570.22350.785-0.17261.19579.9410.13035.2801
54.98863.9169-6.18724.531-3.06739.1807-0.67510.0833-0.51910.05930.6409-0.76461.06330.1387-0.04720.31110.0513-0.02350.3345-0.06740.39281.1636-4.477718.0152
68.9531-1.5198-0.67242.7647-2.70858.7411-0.377-0.9218-0.04050.66020.70040.6660.3463-1.1031-0.35970.2583-0.07670.09270.4102-0.01930.3155-12.0041-0.177721.343
72.92272.22940.88633.1015-2.99029.32060.0126-0.17920.18350.67190.07530.039-0.52590.3208-0.13040.40860.00530.05870.2959-0.01530.2532-5.86129.676128.4179
83.8305-1.04111.83092.5592-1.81084.87730.0539-0.0042-0.44220.2690.12480.21140.59070.6297-0.0760.37040.09660.00030.3915-0.03150.2456-2.76973.630123.9117
98.33141.9636-2.43379.73424.26667.1157-0.21360.17050.2810.33350.329-0.9031-0.36590.3862-0.14890.2703-0.00380.03440.187-0.09090.20581.82977.868618.9291
103.36841.4163-1.5434.8834-5.28248.2848-0.36650.3732-0.0903-2.1070.64880.95010.4784-0.8-0.27930.35510.0415-0.10060.4-0.05810.3975-11.95393.030211.5762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 18 )A0 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 30 )A19 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 40 )A31 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 41 through 47 )A41 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 48 through 55 )A48 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 56 through 68 )A56 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -2 through 18 )B-2 - 18
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 19 through 30 )B19 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 31 through 55 )B31 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 56 through 68 )B56 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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