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Yorodumi- PDB-7agv: High-resolution structure of the K+/H+ antiporter subunit KhtT in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7agv | ||||||
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Title | High-resolution structure of the K+/H+ antiporter subunit KhtT in complex with c-di-AMP | ||||||
Components | K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Regulatory protein of K+/H+ antiporter / c-di-AMP binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Guerra, J.P. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021 Title: c-di-AMP, a likely master regulator of bacterial K + homeostasis machinery, activates a K + exporter. Authors: Cereija, T.B. / Guerra, J.P.L. / Jorge, J.M.P. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7agv.cif.gz | 559.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7agv.ent.gz | 480.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7agv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18939.465 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Strain: 168 / Gene: khtT, yhaT, BSU09860 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O07535 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-2BA / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Sodium acetate pH 4.6 260 mM Calcium chloride 15% (v/v) 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 21, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→127.6 Å / Num. obs: 124845 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6197 / CC1/2: 0.514 / Rpim(I) all: 0.595 / Rrim(I) all: 1.045 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: SAD structure from data collected at SOLEIL-PROXIMA1. Resolution: 1.85→81.462 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 168.26 Å2 / Biso mean: 65.5735 Å2 / Biso min: 20.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→81.462 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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