PDB-7agv: High-resolution structure of the K+/H+ antiporter subunit KhtT in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7agv

タイトル

High-resolution structure of the K+/H+ antiporter subunit KhtT in complex with c-di-AMP

要素

K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Regulatory protein of K+/H+ antiporter / c-di-AMP binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Guerra, J.P. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: c-di-AMP, a likely master regulator of bacterial K + homeostasis machinery, activates a K + exporter.
著者: Cereija, T.B. / Guerra, J.P.L. / Jorge, J.M.P. / Morais-Cabral, J.H.

履歴

登録	2020年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7agv.cif.gz	564 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7agv.ent.gz	470.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7agv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7agv_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7agv_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7agv_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	7agv_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7agwC 7agyC 7ahmC 7ahtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l0s-d 5oe6-2 7c0f-2 6kp1-2 7c0k-2 4fm8-d 3tei-d 4nqy-2 1oq9-d 4gpu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4)

登録構造単位

A: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

B: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

C: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

D: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

E: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

F: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

G: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

H: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

155 kDa, 8 ポリマー
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1

A: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

B: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

D: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

F: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

H: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.945, 127.598, 81.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT 分子量: 18939.465 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: khtT, yhaT, BSU09860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07535
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP 分子量: 658.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.6 260 mM Calcium chloride 15% (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→127.6 Å / Num. obs: 124845 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6197 / CC_1/2: 0.514 / R_pim(I) all: 0.595 / R_rim(I) all: 1.045 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: SAD structure from data collected at SOLEIL-PROXIMA1.

解像度: 1.85→81.462 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	6261	5.02 %
R_work	0.2042	118451	-
obs	0.2062	124712	98.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.26 Å² / B_iso mean: 65.5735 Å² / B_iso min: 20.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→81.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10285	0	182	480	10947
B_iso mean	-	-	50.46	54.46	-
残基数	-	-	-	-	1288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.187	14833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.532	4271

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.368	219	0.3196	3954	99
1.871-1.893	0.3104	222	0.2955	3952	99
1.893-1.9161	0.2996	213	0.2792	3988	99
1.9161-1.9404	0.3016	192	0.2665	3915	99
1.9404-1.9659	0.2914	226	0.251	4000	99
1.9659-1.9929	0.2757	230	0.2494	3923	99
1.9929-2.0213	0.2827	207	0.2552	3995	99
2.0213-2.0515	0.2896	194	0.2517	3974	99
2.0515-2.0836	0.2841	221	0.2452	3950	99
2.0836-2.1177	0.3031	208	0.2453	3923	99
2.1177-2.1542	0.279	190	0.235	4033	99
2.1542-2.1934	0.2962	200	0.24	3968	99
2.1934-2.2356	0.2813	185	0.2335	3978	99
2.2356-2.2812	0.2786	219	0.2224	3983	99
2.2812-2.3308	0.2866	193	0.2286	3960	99
2.3308-2.3851	0.2699	201	0.2273	3925	98
2.3851-2.4447	0.2563	205	0.211	3989	99
2.4447-2.5108	0.2684	220	0.2216	3925	98
2.5108-2.5847	0.2683	199	0.222	3945	98
2.5847-2.6681	0.2714	199	0.2132	3966	99
2.6681-2.7635	0.2466	238	0.2121	3933	99
2.7635-2.8742	0.2564	226	0.2191	3927	98
2.8742-3.005	0.2785	199	0.2227	3943	98
3.005-3.1634	0.2477	208	0.2108	3954	98
3.1634-3.3616	0.2676	217	0.212	3914	98
3.3616-3.6212	0.2229	204	0.1925	3911	98
3.6212-3.9856	0.2101	199	0.1782	3943	97
3.9856-4.5622	0.1854	232	0.1606	3890	97
4.5622-5.7477	0.2215	185	0.1758	3936	97
5.7477-81.462	0.235	210	0.2113	3854	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9294	2.4972	0.4814	7.604	3.3178	8.3372	0.0397	-0.1925	-0.0887	-0.0151	0.1631	-0.7177	-0.1683	0.1987	-0.116	0.1307	-0.0139	0.0088	0.1937	0.0211	0.2941	67.6148	73.7795	0.5867
2	3.3337	-0.2016	-0.4846	5.3299	-2.5004	7.066	0.0888	0.0762	-0.1305	-0.0643	-0.0255	0.1609	-0.1337	-0.0476	0.0876	0.1403	-0.0206	-0.005	0.2283	-0.0368	0.2607	58.198	77.9552	-3.9736
3	0.7852	-0.358	-0.3061	3.0285	-3.4645	6.8447	0.6149	1.0823	1.0494	-0.1685	-1.2876	-0.8755	-0.6407	0.5949	0.3313	0.6331	-0.0298	0.1369	0.8519	0.1008	0.5157	73.6509	87.032	-15.9222
4	6.351	1.9746	-1.5814	9.48	0.3883	6.5392	0.4483	-0.162	0.5961	-0.8394	-0.2921	0.0927	-1.5648	-0.1819	-0.2965	1.0123	0.2019	0.1685	0.8259	0.0515	0.4866	69.8457	90.685	-30.9084
5	7.5831	1.1174	-0.3207	7.5232	0.4978	8.452	-0.1515	0.3733	-0.3934	-0.7265	0.2183	1.536	0.3904	-0.9686	-0.0459	0.2908	0.0111	-0.1233	0.3694	0.0164	0.5299	49.0873	86.1499	-8.1721
6	7.1804	-0.1557	-3.5546	7.5642	-0.7378	8.9167	-0.143	-0.248	0.37	0.9367	0.6214	1.2924	-0.0363	-0.6478	-0.4203	0.3664	0.144	0.0353	0.3292	0.0739	0.4301	52.6448	86.4265	0.7086
7	6.0944	0.2678	0.7728	7.1879	1.0983	3.2229	-0.0849	0.5123	-0.2814	-0.6179	0.161	-0.2388	0.2963	0.3068	-0.1455	0.2854	0.0138	0.0527	0.2817	-0.038	0.1654	65.6137	74.7321	-10.5974
8	7.3408	-2.4833	-8.0284	7.2333	2.3599	8.6686	0.275	1.188	-1.3073	-1.0909	-1.1914	0.4407	0.5353	-0.6231	0.9272	0.9081	0.222	-0.0988	0.8317	-0.1759	0.5126	65.7066	66.3114	-26.8411
9	7.2099	0.2232	-4.0254	8.723	-2.137	7.1522	-0.5085	0.2138	-0.3584	-0.6229	-0.0465	-0.6121	1.1261	-0.2018	0.4697	0.8796	0.1405	0.1019	0.7925	-0.0053	0.3832	70.2622	68.4304	-29.8262
10	7.8039	-0.1606	-0.121	2.2538	0.0907	6.716	0.1152	0.5157	0.2824	-0.61	-0.0285	0.3638	-0.3721	-0.0796	-0.0137	0.2173	0.0005	-0.025	0.1914	-0.0531	0.3237	42.5336	44.4802	-1.4569
11	6.4317	2.2822	-1.754	8.9745	0.7948	5.9177	-0.0531	0.8184	-0.1674	-1.2368	0.4323	-0.5082	0.1234	0.1041	-0.177	0.243	0.004	0.0397	0.264	-0.0587	0.4193	51.8853	42.7575	-4.1441
12	4.3195	1.0567	1.0766	6.1944	1.3367	3.7729	0.1639	-0.4732	-0.0761	0.3874	-0.0143	-0.1403	-0.0582	0.1799	-0.1562	0.2793	-0.0815	-0.0671	0.2392	0.028	0.2574	52.7572	52.6514	13.765
13	8.7151	-0.9274	0.2933	5.9785	2.5396	9.099	0.3835	-0.7882	0.206	0.3826	-0.7116	0.7473	-0.6317	-1.1948	0.3792	0.4278	-0.0559	0.1052	0.3901	-0.055	0.3641	39.4641	58.4203	17.744
14	1.058	0.2794	-0.5805	1.5551	0.0431	5.147	0.3051	-0.6878	0.5682	1.7983	-0.1452	0.0069	-0.9914	-0.6912	0.3844	1.7783	-0.5174	0.4318	0.8379	-0.3488	-0.0678	38.0949	61.2894	35.4297
15	1.1682	-2.6018	-0.9422	5.8305	2.3383	7.1486	0.0903	-0.7173	0.2412	1.0737	-0.1707	-1.5433	-0.5746	1.0531	-0.1548	0.9851	-0.3605	-0.1335	0.8607	-0.014	0.6125	49.2699	57.9662	31.1581
16	9.2721	-2.7266	-2.1958	9.3188	-1.1597	6.6566	1.5011	0.7364	1.3332	1.7547	0.2625	1.9058	-2.4695	-1.5175	-0.6834	1.0999	0.1283	0.4719	0.8541	0.0149	0.7589	34.4667	62.4473	25.3183
17	4.6401	-0.363	-0.4716	5.5245	-1.8145	5.5596	0.2398	0.0945	-0.5769	0.0754	-0.1404	-1.9541	0.7651	0.7914	-0.0624	0.3562	0.0383	-0.1654	0.32	0.0083	0.6851	62.3027	53.8413	7.8233
18	6.0532	0.1448	0.142	6.7337	-0.064	7.9558	0.0106	0.6539	-0.166	-0.7801	0.0772	-1.0875	0.1129	0.7521	-0.0924	0.2553	-0.0382	0.0317	0.3406	-0.0063	0.4783	58.606	54.8258	-1.1186
19	3.7525	0.7414	-1.54	8.4922	-0.8831	5.7842	-0.1663	-0.0122	0.1849	0.143	0.2365	-0.4569	0.0689	-0.3661	-0.0184	0.2191	-0.0146	-0.0323	0.2515	-0.0122	0.2532	44.7247	52.584	7.0919
20	6.6064	-4.0605	3.443	5.0098	-4.8208	4.708	0.2203	-1.0269	-0.5968	1.3411	0.0535	0.7242	0.3648	-0.4106	-0.0589	0.4485	-0.0762	-0.0003	0.3557	0.0483	0.428	44.0106	36.6223	12.9714
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22	5.1434	-1.3102	-2.7534	4.9696	-2.3607	3.3449	0.2717	-0.7165	-0.4816	0.8999	-0.6533	0.817	0.7169	-0.6448	0.2389	0.9674	-0.2858	0.1188	0.6388	-0.044	0.4342	34.7656	38.2202	28.3794
23	7.3936	-0.9559	-1.9265	2.5026	-0.2172	8.0973	0.251	-0.1934	-0.0515	0.6639	-0.3724	2.2547	-0.0972	-1.0796	0.0462	0.8234	-0.3309	0.1499	0.7715	-0.1469	0.5985	30.5623	39.2532	26.5202
24	7.3954	-3.9474	-0.3614	7.2231	-4.2878	3.9248	-0.0964	-1.1719	-1.1214	1.9804	-0.2202	-0.4658	1.8643	1.0905	0.4312	1.3377	-0.1214	-0.0237	0.8858	0.1615	0.5378	45.3116	35.1594	30.9876
25	3.7819	1.2396	1.1334	2.7554	0.5726	9.3478	0.011	0.1615	0.0548	-0.6725	-0.1871	0.1876	0.6113	-0.3496	0.1854	0.2915	-0.0259	-0.0174	0.2125	-0.0157	0.3977	6.4276	74.2257	0.41
26	7.1066	0.172	0.8002	2.2691	-0.7442	3.157	-0.1823	0.4425	1.1123	-0.5331	0.3944	0.0475	-0.0745	0.2637	0.313	0.2953	-0.0327	0.0375	0.2215	0.1701	0.5701	11.4776	80.4963	-1.9989
27	5.2265	3.3066	-3.9054	4.7945	-0.5648	4.2519	-0.3272	0.5109	-0.3673	-0.9466	0.388	-0.0444	0.6707	0.0911	-0.026	0.3601	-0.018	0.0463	0.4264	0.046	0.5004	17.9813	75.4048	-2.6715
28	2.0856	0.5427	-0.8357	3.1658	-0.475	4.1859	0.3566	-0.545	0.4199	1.1119	-0.3995	0.2917	-0.7209	0.0219	-0.0633	0.6035	-0.2028	0.0253	0.4759	-0.0658	0.3482	10.5523	90.5608	20.9762
29	2.5394	-1.4344	-1.4164	6.8354	0.1834	5.4462	0.4316	-0.5264	0.2442	1.681	-0.3309	-0.4369	-1.5169	0.9017	-0.1	1.2238	-0.45	0.0688	0.9778	-0.0247	0.4768	8.6578	89.5549	32.797
30	8.9558	-0.7552	1.1671	6.8604	-0.1348	7.7094	1.3992	0.1426	1.278	1.6591	-0.0155	1.6832	-1.905	-1.3593	-0.3389	1.1731	0.0202	0.441	0.8021	0.0686	0.7396	-0.9788	94.1873	26.275
31	4.9066	2.7752	0.0882	1.7724	0.1108	6.4149	-0.0208	-0.1503	-0.3276	0.7189	-0.1813	-2.0054	0.5398	1.2023	0.0853	0.3281	-0.0029	-0.1688	0.4677	0.1522	0.6476	27.0112	87.0862	9.1488
32	4.0195	0.9593	-1.5218	4.8678	1.5029	9.1455	0.0177	0.092	-0.0379	-0.5865	0.0144	-1.0708	0.0176	0.7079	-0.0944	0.2452	-0.0671	0.045	0.2829	0.0919	0.5046	23.4816	88.3796	0.459
33	5.2725	0.6738	-0.3755	6.5229	-0.4329	3.4661	-0.0384	-0.5615	-0.4778	0.43	0.0718	0.1709	0.2928	0.0824	-0.0622	0.2223	-0.0607	0.0202	0.305	0.0658	0.2892	10.0045	76.7952	10.9231
34	2.4372	-1.1602	-3.2464	6.0546	-0.6938	4.9954	0.2312	-0.7989	-0.4964	1.0085	-0.4149	0.4782	0.3185	0.0865	0.2148	0.6515	-0.1735	-0.0084	0.6643	0.0953	0.427	4.0721	70.6949	27.3942
35	1.9921	-4.1779	-0.7242	3.3308	2.6377	3.0893	-0.1565	-1.0323	-2.397	1.0746	-0.5355	-0.0629	0.8206	0.4891	-0.1172	1.2443	0.1548	-0.1514	1.1698	0.4856	0.5817	11.5818	64.9063	35.015
36	6.2938	-0.9611	0.69	7.1541	-1.0621	5.728	-0.0236	-0.1789	-0.4413	0.1058	0.0488	-0.2054	-0.2812	-0.2627	0.0055	0.1763	0.0056	-0.0029	0.2038	-0.0612	0.319	23.5508	46.0928	-1.9381
37	6.1668	1.9318	-1.1613	7.7878	3.1976	8.2979	0.6286	-0.1418	0.6077	-0.6005	-0.1709	-0.0604	-1.223	-0.0867	-0.3668	0.9149	0.09	0.2263	0.8152	0.0813	0.5456	33.1417	58.0107	-27.8755
38	4.6251	-2.9959	-0.4642	8.1807	1.9328	4.8963	-0.1494	0.3525	-0.449	-0.4491	-0.0732	1.2365	-0.2564	-0.6036	0.249	0.2847	-0.0072	-0.0753	0.3744	-0.0175	0.4143	17.583	50.5038	-9.6115
39	8.5007	0.3957	-5.4523	9.3947	-0.7606	8.8829	-0.696	-0.1522	-0.8939	-0.5004	0.0797	-0.5566	0.9671	-0.332	0.5474	0.8844	0.0097	0.115	0.7989	-0.0482	0.5552	32.1285	35.6447	-31.4059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 30 )	A	-1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 77 )	A	31 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 92 )	A	78 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 158 )	A	93 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 30 )	B	-1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 55 )	B	31 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 56 through 77 )	B	56 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 78 through 103 )	B	78 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 104 through 159 )	B	104 - 159
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -1 through 30 )	C	-1 - 30
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 31 through 55 )	C	31 - 55
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 56 through 77 )	C	56 - 77
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 78 through 92 )	C	78 - 92
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 93 through 115 )	C	93 - 115
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 116 through 141 )	C	116 - 141
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 142 through 158 )	C	142 - 158
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 0 through 30 )	D	0 - 30
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 31 through 55 )	D	31 - 55
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 56 through 66 )	D	56 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 67 through 77 )	D	67 - 77
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 78 through 92 )	D	78 - 92
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 93 through 129 )	D	93 - 129
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 130 through 141 )	D	130 - 141
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 142 through 159 )	D	142 - 159
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid -1 through 18 )	E	-1 - 18
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 19 through 30 )	E	19 - 30
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 31 through 55 )	E	31 - 55
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 56 through 103 )	E	56 - 103
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 104 through 141 )	E	104 - 141
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 142 through 159 )	E	142 - 159
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 0 through 30 )	F	0 - 30
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 31 through 55 )	F	31 - 55
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 56 through 77 )	F	56 - 77
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 78 through 148 )	F	78 - 148
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 149 through 162 )	F	149 - 162
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid -1 through 77 )	G	-1 - 77
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 78 through 158 )	G	78 - 158
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 0 through 92 )	H	0 - 92
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 93 through 161 )	H	93 - 161

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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