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- PDB-7agp: Structure of the AcylTransferase domain of Mycocerosic Acid Synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7agp
タイトルStructure of the AcylTransferase domain of Mycocerosic Acid Synthase from Mycobacterium tuberculosis
要素Mycocerosic acid synthase
キーワードTRANSFERASE / Mycocerosic Acid Synthase / AcylTransferase domain / polyketide synthase / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocerosate synthase / mycocerosate synthase activity / ligase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : ...: / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mycocerosic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brison, Y. / Nahoum, V. / Mourey, L. / Maveyraud, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-09-BLAN-0298-01 フランス
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Extender Unit Specificity of Mycobacterial Polyketide Synthases.
著者: Grabowska, A.D. / Brison, Y. / Maveyraud, L. / Gavalda, S. / Faille, A. / Nahoum, V. / Bon, C. / Guilhot, C. / Pedelacq, J.D. / Chalut, C. / Mourey, L.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycocerosic acid synthase
B: Mycocerosic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0654
ポリマ－92,9412
非ポリマー1242
水4,288238
1
A: Mycocerosic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5322
ポリマ－46,4701
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mycocerosic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5322
ポリマ－46,4701
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.028, 157.14, 114.255
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Mycocerosic acid synthase


分子量: 46470.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (strain ATCC BAA-935 / AF2122/97) (結核菌)
株: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / 遺伝子: mas, BQ2027_MB2965C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02251, mycocerosate synthase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.1 M sodium succinate 0.1 M sodium acetate buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.3 Å / Num. obs: 51153 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.54 % / Biso Wilson estimate: 74.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 15.77
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.845 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 8121 / CC1/2: 0.658 / Rrim(I) all: 0.998 / Rsym value: 0.845 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
REFMAC5.8.0258精密化
PHASER位相決定
XDSJan 31, 2020データスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TZW

3tzw


解像度: 2.4→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.189
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 2534 -RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1976 51153 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.1241 Å20 Å20 Å2
2--6.9346 Å20 Å2
3---7.1895 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6291 0 8 238 6537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.068864HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2132SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1123HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6478HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion873SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5163SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.89
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.42 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3815 50 -
Rwork0.3748 --
obs0.3751 1024 93.05 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0787-1.48420.13382.3515-1.23371.31030.02360.14860.0260.1486-0.0444-0.08160.026-0.08160.02080.05940.0226-0.06310.02970.0290.043830.3616-29.2197-6.7949
21.5901-0.5343-0.2142.32710.1231.6034-0.00740.5384-0.10070.5384-0.1837-0.1718-0.1007-0.17180.19110.1698-0.0151-0.0417-0.1184-0.0318-0.1167-29.42316.458412.4533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|444 - A|872 }A444 - 872
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|444 - B|872 }B444 - 872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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