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Yorodumi- PDB-3u7v: The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u7v | ||||||
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Title | The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15. | ||||||
Components | Beta-galactosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TIM barrel / Glyco_hydro_42 / Carbohydrate transport and metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caulobacter crescentus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15. Authors: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u7v.cif.gz | 213.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u7v.ent.gz | 175.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u7v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3u7v_validation.pdf.gz | 438.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3u7v_full_validation.pdf.gz | 439.9 KB | Display | |
Data in XML | 3u7v_validation.xml.gz | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3u7v_validation.cif.gz | 35.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | likely the tetramer formed in the crystal x,y,z , y,-x,z , -y,x,z , -x,-y,z |
-Components
#1: Protein | Mass: 61114.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caulobacter crescentus (bacteria) / Strain: NA1000 / Gene: CCNA_00830, LacA / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) magic References: UniProt: B8H1H2, UniProt: A0A0H3C5N2*PLUS, beta-galactosidase | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.17 Amonium sulfate, 0.085 sodium citrate: HCl pH 5.6, 25.5% PEG 4K, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97912 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97912 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 21.84 / Number: 422096 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.21 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 54354 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 54354 / Num. obs: 54354 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.205 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.259 / FOM acentric: 0.274 / FOM centric: 0 / Reflection: 39779 / Reflection acentric: 37631 / Reflection centric: 2148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.3 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 37631 / Reflection centric: 2148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 54349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→36.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2147 / WRfactor Rwork: 0.1823 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9067 / SU B: 4.319 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1226 / SU Rfree: 0.1158 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.116 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.46 Å2 / Biso mean: 18.6393 Å2 / Biso min: 10.53 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→36.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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