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万見
- PDB-7acb: Covalent/noncovalent tetramer of Capra hircus Cathelicidin-1 in D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7acb
タイトルCovalent/noncovalent tetramer of Capra hircus Cathelicidin-1 in DPC (dodecylphosphocholine) micelles
要素Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / PROTEIN
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Myshkin, M.Y. / Mironov, P. / Shenkarev, Z.O.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Dodecapeptide Cathelicidins of Cetartiodactyla: Structure, Mechanism of Antimicrobial Action, and Synergistic Interaction With Other Cathelicidins
著者: Bolosov, I.A. / Panteleev, P.V. / Sychev, S.V. / Sukhanov, S.V. / Mironov, P.A. / Myshkin, M.Y. / Shenkarev, Z.O. / Ovchinnikova, T.V.
履歴
登録2020年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)
B: Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)
C: Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)
D: Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0364
ポリマ－6,0364
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Structure of ChDode dimer in DPC micelles was calculated based on the H-bonds and long range NOE contacts.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3340 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area4760 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)


分子量: 1508.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic32D 1H-1H NOESY
122isotropic32D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle10.96 mM 15 Capra hircus Cathelicidin-1, 1.6 % [U-99% 2H] DPC, 95% H2O/5% D2OChDode 15N DPC95% H2O/5% D2O
micelle20.336 mM Capra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine), 1.6 % [U-99% 2H] DPC, 95% H2O/5% D2OChDode DPC95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.96 mMCapra hircus Cathelicidin-1151
1.6 %DPC[U-99% 2H]1
0.336 mMCapra hircus Cathelicidin-1 (dodecylphosphocholine)natural abundance2
1.6 %DPC[U-99% 2H]2
試料状態イオン強度: 0.01 mM / Label: ChDode DPC / pH: 4 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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