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- PDB-7abw: Crystal structure of siderophore reductase FoxB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7abw
タイトルCrystal structure of siderophore reductase FoxB
要素PepSY domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane protein Reductase Siderophore
機能・相同性PepSY-associated TM protein / PepSY-associated TM region / membrane / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PepSY domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Josts, I. / Tidow, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural insights into a novel family of integral membrane siderophore reductases.
著者: Josts, I. / Veith, K. / Normant, V. / Schalk, I.J. / Tidow, H.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PepSY domain-containing protein
B: PepSY domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,69815
ポリマ－86,2252
非ポリマー5,47313
水00
1
A: PepSY domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8408
ポリマ－43,1121
非ポリマー2,7277
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PepSY domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8597
ポリマ－43,1121
非ポリマー2,7466
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.065, 114.321, 64.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PepSY domain-containing protein / Peptidase


分子量: 43112.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ALP65_03579, CAZ10_13355, DY930_33720, ECC04_000260, F7O90_26595, IPC36_29360, IPC669_34100, NCTC12951_00372, NCTC13621_01916, PaeAG1_03004, RW109_RW109_03547
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C7CRS7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG600 100 mm Bicine pH9 100 mM ZnSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→47.4 Å / Num. obs: 15384 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 3.35→3.717 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 759 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.99 / Rrim(I) all: 1.48 / % possible all: 73.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.35→46.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.812 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.754 / SU B: 53.98 / SU ML: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.78 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2988 767 5 %RANDOM
Rwork0.2646 ---
obs0.2663 14617 59.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.11 Å2 / Biso mean: 40.871 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.83 Å2-0 Å20 Å2
2--2.78 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.35→46.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5774 0 273 0 6047
Biso mean--29.5 --
残基数----725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0170.0175731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0011.6958553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8111.62313149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5225721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36119.91332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72615872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7951552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2440.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.021575
LS精密化 シェル解像度: 3.354→3.441 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 4 -
Rwork0.291 83 -
all-87 -
obs--4.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22860.53590.77091.02230.30850.80480.0219-0.09130.1969-0.0379-0.0022-0.0758-0.1890.0289-0.01970.22060.00530.03530.016-0.01830.0443.887924.10832.0802
23.47140.0015-0.63280.4150.18251.22710.059-0.39740.06050.00470.00760.03970.0342-0.0164-0.06660.2405-0.08990.03390.10510.03120.089161.863624.737726.7178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 505
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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