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万見
- PDB-3rk0: X-ray crystal Structure of the putative N-type ATP pyrophosphatas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rk0
タイトルX-ray crystal Structure of the putative N-type ATP pyrophosphatase (PF0828) in complex with AMP from Pyrococcus furiosus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR23
要素N-type ATP pyrophosphatase superfamily
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / alpha-beta protein that binds ATP / possibly n-type ATP pyrophosphatase / AMP and ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


diphthine-ammonia ligase activity / protein histidyl modification to diphthamide / ATP binding
類似検索 - 分子機能
putative n-type atp pyrophosphatase, domain 2 / putative n-type atp pyrophosphatase, domain 2 / Diphthamide synthase domain / Uncharacterised protein MJ0570 / Uncharacterised protein MJ0570, ATP-binding / Diphthine--ammonia ligase/Uncharacterised protein MJ0570 / Diphthamide synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Alpha-Beta Complex ...putative n-type atp pyrophosphatase, domain 2 / putative n-type atp pyrophosphatase, domain 2 / Diphthamide synthase domain / Uncharacterised protein MJ0570 / Uncharacterised protein MJ0570, ATP-binding / Diphthine--ammonia ligase/Uncharacterised protein MJ0570 / Diphthamide synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / N-type ATP pyrophosphatase superfamily
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Forouhar, F. / Saadat, N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Shastry, R. / Everett, J.K. ...Forouhar, F. / Saadat, N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: A large conformational change in the putative ATP pyrophosphatase PF0828 induced by ATP binding.
著者: Forouhar, F. / Saadat, N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Lee, I. / Janjua, H. / Xiao, R. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L.
履歴
登録2011年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2011年6月1日ID: 3H7E
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-type ATP pyrophosphatase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4552
ポリマ－27,1071
非ポリマー3471
水99155
1
A: N-type ATP pyrophosphatase superfamily
ヘテロ分子

A: N-type ATP pyrophosphatase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9094
ポリマ－54,2152
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.201, 85.201, 74.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 N-type ATP pyrophosphatase superfamily


分子量: 27107.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF0828 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8U2K6
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: micro batch under oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02% NaN3, and 10mM dephospho-coenzyme A. Reservoir solution: 20% (w/v) PEG3350 and 200mM magnesium formate., micro ...詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02% NaN3, and 10mM dephospho-coenzyme A. Reservoir solution: 20% (w/v) PEG3350 and 200mM magnesium formate., micro batch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 20451 / Num. obs: 20390 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 46.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 2031 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
COMO位相決定
CNS1.2 & XtalView精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RJZ

3rjz


解像度: 2.4→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 382365.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1789 9.6 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.232 20396 --
obs0.229 18724 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.2879 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.47 Å20 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----4.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 23 55 1766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 155 9.7 %
Rwork0.257 1446 -
obs-1446 78.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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