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- PDB-3ib3: Crystal Structure of SACOL2612 - CocE/NonD family hydrolase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ib3
タイトルCrystal Structure of SACOL2612 - CocE/NonD family hydrolase from Staphylococcus aureus
要素CocE/NonD family hydrolase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase activity
類似検索 - 分子機能
alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) - #20 / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like ...alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) - #20 / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PALMITIC ACID / Hydrolase, CocE/NonD family / Hydrolase, CocE/NonD family
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Osinski, T. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Shumilin, I.A. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. ...Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Osinski, T. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Shumilin, I.A. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of SACOL2612 - CocE/NonD family hydrolase from Staphylococcus aureus
著者: Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Osinski, T. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Shumilin, I.A. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for ...著者: Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Osinski, T. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Shumilin, I.A. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CocE/NonD family hydrolase
B: CocE/NonD family hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3248
ポリマ－129,8672
非ポリマー4576
水13,079726
1
A: CocE/NonD family hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2614
ポリマ－64,9331
非ポリマー3273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CocE/NonD family hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0634
ポリマ－64,9331
非ポリマー1303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.221, 160.583, 216.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CocE/NonD family hydrolase


分子量: 64933.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL2612 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5HCV6, UniProt: A0A0H2WZL3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: suberic acid, sebacic acid, hexadecanedioic acid, dodecanedioic acid 12mM each, PEG3350 20%, Hepes 0.1M pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 72687 / Num. obs: 72687 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3155 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3III

3iii


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 9.977 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24951 3653 5 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
all0.19351 68929 --
obs0.19351 68929 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---3.74 Å20 Å2
3---3.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8937 0 10 726 9673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0229236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.93112544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.227315198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16251107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13424.958472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2151545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2441537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.55514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1221.52231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20728931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30633722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2264.53613
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 255 -
Rwork0.253 4830 -
obs--95.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92480.03190.07690.45570.26820.47250.00120.0692-0.004-0.02290.0040.0274-0.00830.07-0.00520.04120.0403-0.00210.0957-0.00410.0247-30.7369.911-32.952
20.5123-0.2030.31280.91720.01830.64370.00560.02940.0787-0.0611-0.0715-0.0619-0.07250.0490.06590.0470.02-0.01550.0898-0.02530.0675-42.54746.899-21.96
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 559
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 559

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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