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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7abe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-769 | ||||||
要素 | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Phosphodiesterase / cAMP hydrolysis / alternative splicing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of heart rate / adrenergic receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / cAMP-mediated signaling / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, A.K. / Blaazer, A.R. / Zara, L. / de Esch, I.J.P. / Leurs, R. / Brown, D.G. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: hPDE4D2 structure with inhibitor NPD-769 著者: Singh, A.K. / Brown, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7abe.cif.gz | 301.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7abe.ent.gz | 242.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7abe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7abe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7abe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3sl3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41808.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 381-740 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase |
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-非ポリマー , 8種, 833分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-J2E / #6: 化合物 | ChemComp-EPE / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 3350, 30% Ethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日 / 詳細: CRL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→160.08 Å / Num. obs: 155099 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7689 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 1.022 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SL3 解像度: 1.83→84.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.631 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.96 Å2 / Biso mean: 36.868 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→84.16 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.831→1.879 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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