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- PDB-7a9v: Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9v
タイトルCrystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-635
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE / Phosphodiesterase / cAMP hydrolysis / alternative splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / heterocyclic compound binding / beta-2 adrenergic receptor binding ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / heterocyclic compound binding / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / adrenergic receptor signaling pathway / cAMP catabolic process / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / : / positive regulation of heart rate / cAMP binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / cellular response to cAMP / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / calcium channel regulator activity / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / scaffold protein binding / nuclear membrane / G alpha (s) signalling events / transmembrane transporter binding / cilium / apical plasma membrane / centrosome / enzyme binding / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-R5Z / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Singh, A.K. / Blaazer, A.R. / Zara, L. / de Esch, I.J.P. / Leurs, R. / Brown, D.G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)602666European Union
引用ジャーナル: To be published
タイトル: hPDE4D2 structure with inhibitor NPD-635
著者: Singh, A.K. / Brown, D.G.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,87153
ポリマ－167,2334
非ポリマー4,63849
水9,656536
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,69513
ポリマ－41,8081
非ポリマー88712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,70510
ポリマ－41,8081
非ポリマー8979
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,00512
ポリマ－41,8081
非ポリマー1,19711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,46618
ポリマ－41,8081
非ポリマー1,65817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.199, 111.155, 159.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILEAA89 - 41015 - 336
21GLUGLUILEILEBB89 - 41015 - 336
12GLUGLUILEILEAA87 - 41013 - 336
22GLUGLUILEILECC87 - 41013 - 336
13GLNGLNILEILEAA88 - 41014 - 336
23GLNGLNILEILEDD88 - 41014 - 336
14GLUGLUILEILEBB89 - 41015 - 336
24GLUGLUILEILECC89 - 41015 - 336
15GLUGLUPROPROBB89 - 41115 - 337
25GLUGLUPROPRODD89 - 41115 - 337
16GLNGLNILEILECC88 - 41014 - 336
26GLNGLNILEILEDD88 - 41014 - 336

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 41808.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 381-740 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 7種, 585分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-R5Z / 1-cycloheptyl-3-[4-methoxy-3-(2-phenylethoxy)phenyl]-4,4-dimethyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-5-one / 2-cycloheptyl-5-[4-methoxy-3-[(~{E})-2-phenylethenoxy]phenyl]-4,4-dimethyl-pyrazolidin-3-one


分子量: 434.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日 / 詳細: CRL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→111.15 Å / Num. obs: 94130 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.16→2.17 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 944 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.356 / Rrim(I) all: 0.941 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SL3

3sl3


解像度: 2.17→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.758 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 4782 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 89256 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 161.2 Å2 / Biso mean: 46.425 Å2 / Biso min: 16.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.17 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10542 0 295 536 11373
Biso mean--77.12 48.79 -
残基数----1303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.64514907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3481.57923662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28551299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74523.677601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.403151916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3361552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022139
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A110470.07
12B110470.07
21A110820.07
22C110820.07
31A110820.07
32D110820.07
41B110300.06
42C110300.06
51B111330.06
52D111330.06
61C111320.06
62D111320.06
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.225 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 310 -
Rwork0.285 6592 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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