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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7aba | ||||||
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Title | The structure of the Bottromycin biosynthetic protein SalCYP | ||||||
![]() | (SalCYP) x 2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adam, S. / Koehnke, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization of the Stereoselective P450 Enzyme BotCYP Enables the In Vitro Biosynthesis of the Bottromycin Core Scaffold. Authors: Adam, S. / Franz, L. / Milhim, M. / Bernhardt, R. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 567.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 403.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44896.992 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 44896.992 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.54 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG3350, Calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.85→48.825 Å / Num. obs: 74132 / % possible obs: 99.61 % / Redundancy: 28.7 % / Biso Wilson estimate: 13.9747877323 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 18.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.699 / Num. unique obs: 7163 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.7389141152 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85002316788→48.8245361591 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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