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万見
- PDB-7aab: Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aab
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with inhibitor EB-47
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 1
キーワードTRANSFERASE / PARP inhibitor / PARylation / substrate mimetic / inhibitor / NADH analog / EB47
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / mitochondrial DNA metabolic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / mitochondrial DNA metabolic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / carbohydrate biosynthetic process / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of adipose tissue development / DNA ADP-ribosylation / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / replication fork reversal / positive regulation of necroptotic process / response to aldosterone / signal transduction involved in regulation of gene expression / transcription regulator activator activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / mitochondrial DNA repair / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial depolarization / protein autoprocessing / cellular response to zinc ion / decidualization / nuclear replication fork / R-SMAD binding / macrophage differentiation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nucleosome binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / site of DNA damage / protein localization to chromatin / nucleotidyltransferase activity / positive regulation of adipose tissue development / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of innate immune response / telomere maintenance / nuclear estrogen receptor binding / protein modification process / response to gamma radiation / mitochondrion organization / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein-DNA complex / positive regulation of protein localization to nucleus / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / enzyme activator activity / cellular response to amyloid-beta / NAD binding / histone deacetylase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / cellular response to insulin stimulus / cellular response to UV / nuclear envelope / double-strand break repair / regulation of protein localization / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / response to ethanol / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / chromosome, telomeric region / nuclear body / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily ...Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UHB / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schimpl, M. / Ogden, T.E.H. / Yang, J.-C. / Easton, L.E. / Underwood, E. / Rawlins, P.B. / Johannes, J.W. / Embrey, K.J. / Neuhaus, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105178934 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Dynamics of the HD regulatory subdomain of PARP-1; substrate access and allostery in PARP activation and inhibition.
著者: Ogden, T.E.H. / Yang, J.C. / Schimpl, M. / Easton, L.E. / Underwood, E. / Rawlins, P.B. / McCauley, M.M. / Langelier, M.F. / Pascal, J.M. / Embrey, K.J. / Neuhaus, D.
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0858
ポリマ－78,6262
非ポリマー1,4596
水37821
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0434
ポリマ－39,3131
非ポリマー7303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0434
ポリマ－39,3131
非ポリマー7303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.899, 134.899, 111.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / DNA ADP-ribosyltransferase PARP1 ...PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / DNA ADP-ribosyltransferase PARP1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1 / Protein poly-ADP-ribosyltransferase PARP1


分子量: 39312.934 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (662-1101) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP1, ADPRT, PPOL / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UHB / 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide


分子量: 537.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C24H27N9O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.4 M ammonium sulfate, 25 % PEG3350, 0.1 M PCTP pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→116.83 Å / Num. obs: 130609 / % possible obs: 61.3 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 75.44 Å2 / CC1/2: 0.055 / Rmerge(I) obs: 2.499 / Rpim(I) all: 1.077 / Rrim(I) all: 2.754 / Net I/σ(I): 1.3 / Num. measured all: 1009989 / Scaling rejects: 1937
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible allRmerge(I) obsCC1/2
1.43-1.51.4463732.44646.18115
4.51-116.8310.168910.0420.1321000.1260.996

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 2.8→116.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.359
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 962 4.9 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 19625 69.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 149.22 Å2 / Biso mean: 66.52 Å2 / Biso min: 4.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7361 Å20 Å20 Å2
2---3.7361 Å20 Å2
3---7.4721 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→116.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5388 0 98 21 5507
Biso mean--58.01 26.16 -
残基数----700
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1955SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes989HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5597HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion740SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5928SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5597HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7595HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.99
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 20 4.89 %
Rwork0.262 389 -
all0.2618 409 -
obs--10.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9490.6597-0.69952.1315-0.63370.91940.03020.27170.2698-0.11170.07050.3056-0.0399-0.119-0.1008-0.161-0.0282-0.0846-0.15970.0516-0.0884-35.291227.2822-13.3905
23.05230.982-0.58833.0437-0.11350.86030.0972-0.1380.32750.23590.0037-0.0326-0.0804-0.0017-0.101-0.19-0.0134-0.0098-0.1174-0.1003-0.1519-3.068344.563413.427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A662 - 1011
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B662 - 1011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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