PDB-7a9z: Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a9z

タイトル

Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Retinoic Acid / Retinoid / CRABP

機能・相同性

機能・相同性情報

retinoic acid catabolic process / RA biosynthesis pathway / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / signal transduction / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands.
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a9z.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a9z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a9z_validation.pdf.gz	647.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a9z_full_validation.pdf.gz	649.4 KB	表示
XML形式データ	7a9z_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	7a9z_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9yC 7aa0C 7aa1C 1cbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ych-2 6mov-2 4yfq-2 6mqi-2 6moq-2 6mr0-2 4yfp-2 1cbi-d 5d61-d 4yda-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.545, 127.545, 52.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 136 / Label seq-ID: 3 - 136

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 1 / Cellular retinoic acid-binding protein I / CRABP-I 分子量: 15575.536 Da / 分子数: 2 / 変異: L29C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP1, RBP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29762
#2: 化合物	ChemComp-R62 / 4-[2-(5,5,8,8-tetramethyl-6,7-dihydroquinoxalin-2-yl)ethynyl]benzoic acid 分子量: 334.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG mixture

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→110.46 Å / Num. obs: 19102 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.123 / R_rim(I) all: 0.392 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 16.8 % / R_merge(I) obs: 6.347 / Num. unique obs: 33328 / CC_1/2: 0.398 / R_pim(I) all: 2.287 / R_rim(I) all: 6.751

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS	0.7.4	data processing
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CBR

1cbr

解像度: 2.41→110.457 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.06 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	848	4.445 %
R_work	0.2047	18230	-
all	0.207	-	-
obs	-	19078	99.806 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.143 Å²	0.572 Å²	0 Å²
2-	-	1.143 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.709 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→110.457 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2141	0	25	39	2205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.655	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.28	1.586	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.06	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.452	22.381	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.666	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.601	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.378	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.764	5.407	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.747	5.402	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.332	8.101	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.338	8.105	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.158	5.927	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.159	5.919	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.255	8.639	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.258	8.635	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.718	101.659	8643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.723	101.692	8629
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.154	0.05	3746

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15407	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15407	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.41-2.473	0.347	65	0.374	1319	0.373	1406	0.56	0.559	98.4353	0.377
2.473-2.541	0.358	72	0.334	1281	0.335	1353	0.633	0.666	100	0.334
2.541-2.614	0.39	62	0.317	1270	0.32	1332	0.694	0.725	100	0.315
2.614-2.695	0.351	71	0.314	1218	0.316	1289	0.727	0.767	100	0.301
2.695-2.783	0.315	38	0.297	1195	0.298	1234	0.775	0.809	99.919	0.284
2.783-2.881	0.351	40	0.28	1181	0.282	1222	0.805	0.844	99.9182	0.269
2.881-2.989	0.354	68	0.254	1100	0.26	1168	0.804	0.857	100	0.235
2.989-3.111	0.376	29	0.247	1096	0.25	1125	0.844	0.872	100	0.229
3.111-3.249	0.262	54	0.22	1037	0.222	1091	0.897	0.909	100	0.199
3.249-3.408	0.314	36	0.212	969	0.215	1005	0.865	0.918	100	0.194
3.408-3.592	0.311	53	0.195	939	0.201	992	0.906	0.933	100	0.18
3.592-3.81	0.216	38	0.173	904	0.174	942	0.923	0.943	100	0.161
3.81-4.072	0.218	43	0.166	843	0.169	886	0.947	0.952	100	0.152
4.072-4.398	0.118	37	0.128	781	0.128	818	0.98	0.978	100	0.124
4.398-4.817	0.135	35	0.11	723	0.111	758	0.981	0.983	100	0.113
4.817-5.385	0.119	31	0.134	650	0.133	681	0.983	0.979	100	0.135
5.385-6.215	0.166	20	0.148	600	0.149	620	0.969	0.974	100	0.148
6.215-7.606	0.211	25	0.181	506	0.182	531	0.936	0.949	100	0.185
7.606-10.731	0.319	15	0.189	399	0.194	415	0.927	0.954	99.759	0.204
10.731-110.457	0.346	16	0.283	218	0.287	244	0.899	0.941	95.9016	0.422

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関連情報:EMDBヘッダ

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