PDB-7aa1: Structural comparison of cellular retinoic acid binding proteins ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aa1

タイトル

Structural comparison of cellular retinoic acid binding proteins I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CRABP / Retinoid / Retinoic Acid / DC645

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands.
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月1日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aa1.cif.gz	71.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aa1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aa1_validation.pdf.gz	631.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aa1_full_validation.pdf.gz	631.6 KB	表示
XML形式データ	7aa1_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	7aa1_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aa1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9yC 7a9zC 7aa0C 5obgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2frs-2 6nnx-d 7aa0-1 1cbs-d 6mqz-d 4ykm-1 6nny-d 7jvy-2 1cbq-d 3f6s-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.560, 78.560, 78.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-331- HOH
2	1	AAA-389- HOH

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II 分子量: 15713.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-R62 / 4-[2-(5,5,8,8-tetramethyl-6,7-dihydroquinoxalin-2-yl)ethynyl]benzoic acid 分子量: 334.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG based vapor diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.71→45.398 Å / Num. obs: 17775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.05-45.36	14.3	0.036	2123	0.999	0.013	0.038
1.71-1.74	18.3	2.227	17213	0.548	0.76	2.356

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
REFMAC	5.8.0266	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
XDS		data processing
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OBG

5obg

解像度: 1.71→45.398 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.377 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	889	5.008 %
R_work	0.1802	16864	-
all	0.181	-	-
obs	-	17753	99.955 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.398 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1091	0	25	89	1205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.657	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.583	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.502	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.326	23.214	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.769	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.3	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.338	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.231	3.566	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.079	3.558	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.048	5.335	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.063	5.34	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.475	4.077	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.473	4.078	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.876	5.889	852
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.872	5.887	853
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.715	40.808	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.712	40.793	1208

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.755	0.316	62	0.268	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.755-1.803	0.261	69	0.276	1176	X-RAY DIFFRACTION	100
1.803-1.855	0.313	72	0.244	1172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.855-1.912	0.216	68	0.213	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.975	0.222	61	0.206	1088	X-RAY DIFFRACTION	99.913
1.975-2.044	0.245	71	0.195	1043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.044-2.121	0.268	48	0.209	1038	X-RAY DIFFRACTION	99.908
2.121-2.208	0.182	48	0.176	987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.208-2.306	0.152	42	0.175	961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.306-2.418	0.211	57	0.183	915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.549	0.186	36	0.182	868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.703	0.213	40	0.183	858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.889	0.201	36	0.205	763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.889-3.121	0.221	44	0.179	721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.121-3.418	0.192	33	0.187	679	X-RAY DIFFRACTION	99.5804
3.418-3.82	0.17	33	0.171	607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.41	0.223	28	0.154	541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-5.397	0.18	19	0.153	469	X-RAY DIFFRACTION	99.7955
5.397-7.614	0.217	16	0.181	373	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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