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- PDB-7a9z: Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a9z | ||||||
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Title | Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands | ||||||
![]() | Cellular retinoic acid-binding protein 1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Retinoic Acid / Retinoid / CRABP | ||||||
Function / homology | ![]() retinoic acid catabolic process / RA biosynthesis pathway / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / signal transduction / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands. Authors: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 119.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 647.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 649.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7a9yC ![]() 7aa0C ![]() 7aa1C ![]() 1cbrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 136 / Label seq-ID: 3 - 136
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 15575.536 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L29C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-R62 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG mixture |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 22, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.41→110.46 Å / Num. obs: 19102 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 19.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.392 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.41→2.5 Å / Redundancy: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 6.347 / Num. unique obs: 33328 / CC1/2: 0.398 / Rpim(I) all: 2.287 / Rrim(I) all: 6.751 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1CBR Resolution: 2.41→110.457 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 10.06 / SU ML: 0.202 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.214 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41→110.457 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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