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万見
- PDB-7a9y: Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9y
タイトルStructural comparison of cellular retinoic acid binding protein I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands
要素Cellular retinoic acid-binding protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Retinoic Acid / Retinoid / CRABP
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid catabolic process / RA biosynthesis pathway / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / signal transduction / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cellular retinoic acid-binding protein 1 / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / N-TRIDECANOIC ACID / Cellular retinoic acid-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands.
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1
AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6865
ポリマ－31,1512
非ポリマー5353
水2,774154
1
AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1
ヘテロ分子

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6865
ポリマ－31,1512
非ポリマー5353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
2
BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1
ヘテロ分子

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6865
ポリマ－31,1512
非ポリマー5353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.890, 109.980, 170.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-366-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11BBB
21AAA

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 136 / Label seq-ID: 2 - 136

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BBBA
22AAAB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 1 / Cellular retinoic acid-binding protein I / CRABP-I


分子量: 15575.536 Da / 分子数: 2 / 変異: L29C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP1, RBP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P29762
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TDA / N-TRIDECANOIC ACID / トリデカン酸


分子量: 214.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG mixture

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→36.05 Å / Num. obs: 43110 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Num. unique obs: 4050 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.559 / Rrim(I) all: 0.559

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
REFMAC5.8.0266精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CBR

1cbr


解像度: 1.64→36.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.249 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 2049 4.753 %
Rwork0.1914 41059 -
all0.193 --
obs-43108 99.861 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.028 Å20 Å2-0 Å2
2--0.248 Å20 Å2
3----0.277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→36.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 37 154 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.663088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4331.5864997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.955281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.65721.704135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00115401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9561521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0950.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0820.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2850.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.6290.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.443.3171109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4393.3171108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6614.9671389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.664.9671390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0983.9541180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0963.9561181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7795.6881697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7775.691698
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.07338.3392379
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.06737.9122344
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1150.054049
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114980.05008
12AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114980.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.729-1.7790.3181600.3092855X-RAY DIFFRACTION99.7354
1.779-1.8340.3161570.2862745X-RAY DIFFRACTION99.828
1.834-1.8940.3051260.2522660X-RAY DIFFRACTION99.8566
1.894-1.960.241210.2182606X-RAY DIFFRACTION99.8535
1.96-2.0340.2461330.2152509X-RAY DIFFRACTION100
2.034-2.1170.2441070.2152415X-RAY DIFFRACTION100
2.117-2.2110.2411090.22329X-RAY DIFFRACTION100
2.211-2.3190.2371120.1872239X-RAY DIFFRACTION99.915
2.319-2.4440.2291050.1882124X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.5930.223910.1852009X-RAY DIFFRACTION100
2.593-2.7710.2311040.1841881X-RAY DIFFRACTION99.9496
2.771-2.9930.191700.1631785X-RAY DIFFRACTION99.9461
2.993-3.2790.177860.1711637X-RAY DIFFRACTION99.8841
3.279-3.6650.172830.1551482X-RAY DIFFRACTION99.6181
3.665-4.2310.197710.1651319X-RAY DIFFRACTION99.8563
4.231-5.1790.187610.1531127X-RAY DIFFRACTION99.4142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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