PDB-7a9y: Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a9y

タイトル

Structural comparison of cellular retinoic acid binding protein I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Retinoic Acid / Retinoid / CRABP

機能・相同性

機能・相同性情報

RA biosynthesis pathway / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / signal transduction / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands.
著者: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a9y.cif.gz	126.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a9y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a9y_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a9y_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	7a9y_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	7a9y_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9zC 7aa0C 7aa1C 1cbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cbr-d 6mqx-2 7a9z-2 6mop-2 4ygz-2 1oc8-d 4nf1-1 6mqi-2 3ok5-1 3lb2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (3)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)

登録構造単位

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.890, 109.980, 170.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-366- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	BBB
2	1	AAA

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 136 / Label seq-ID: 2 - 136

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	BBB	A
2	2	AAA	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 1 / Cellular retinoic acid-binding protein I / CRABP-I 分子量: 15575.536 Da / 分子数: 2 / 変異: L29C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP1, RBP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P29762
#2: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID 分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TDA / N-TRIDECANOIC ACID 分子量: 214.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG mixture

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→36.05 Å / Num. obs: 43110 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Num. unique obs: 4050 / CC_1/2: 0.48 / R_pim(I) all: 0.559 / R_rim(I) all: 0.559

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
REFMAC	5.8.0266	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		data processing
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CBR

1cbr

解像度: 1.64→36.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.249 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	2049	4.753 %
R_work	0.1914	41059	-
all	0.193	-	-
obs	-	43108	99.861 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.424 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.028 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.248 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→36.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2171	0	37	154	2362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.66	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.433	1.586	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.95	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.657	21.704	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.001	15	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.956	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.629	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.44	3.317	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.439	3.317	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.661	4.967	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.66	4.967	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.098	3.954	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.096	3.956	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.779	5.688	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.777	5.69	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.073	38.339	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.067	37.912	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.115	0.05	4049

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11498	0.05008
1	2	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11498	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.729-1.779	0.318	160	0.309	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.7354
1.779-1.834	0.316	157	0.286	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.828
1.834-1.894	0.305	126	0.252	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.8566
1.894-1.96	0.24	121	0.218	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.8535
1.96-2.034	0.246	133	0.215	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.034-2.117	0.244	107	0.215	2415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.117-2.211	0.241	109	0.2	2329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.319	0.237	112	0.187	2239	X-RAY DIFFRACTION	99.915
2.319-2.444	0.229	105	0.188	2124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.444-2.593	0.223	91	0.185	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.593-2.771	0.231	104	0.184	1881	X-RAY DIFFRACTION	99.9496
2.771-2.993	0.191	70	0.163	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.9461
2.993-3.279	0.177	86	0.171	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.8841
3.279-3.665	0.172	83	0.155	1482	X-RAY DIFFRACTION	99.6181
3.665-4.231	0.197	71	0.165	1319	X-RAY DIFFRACTION	99.8563
4.231-5.179	0.187	61	0.153	1127	X-RAY DIFFRACTION	99.4142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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