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- PDB-7a9x: Structure of yeast Rmd9p in complex with 16nt target RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9x
タイトルStructure of yeast Rmd9p in complex with 16nt target RNA
要素
  • Protein RMD9, mitochondrial
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*UP*UP*CP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Mitochondria / Translation / Transcription / Degradation / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial mRNA processing / regulation of mitochondrial transcription / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of mRNA stability / aerobic respiration / mRNA 3'-UTR binding / translational initiation / mitochondrial inner membrane / mRNA binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-binding protein RMD9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Hillen, H.S. / Markov, D.A. / Ireneusz, W.D. / Hofmann, K.B. / Cowan, A.T. / Jones, J.L. / Temiakov, D. / Cramer, P. / Anikin, M.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP1935 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Grant 693023 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The pentatricopeptide repeat protein Rmd9 recognizes the dodecameric element in the 3'-UTRs of yeast mitochondrial mRNAs.
著者: Hillen, H.S. / Markov, D.A. / Wojtas, I.D. / Hofmann, K.B. / Lidschreiber, M. / Cowan, A.T. / Jones, J.L. / Temiakov, D. / Cramer, P. / Anikin, M.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein RMD9, mitochondrial
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*UP*UP*CP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4633
ポリマ－75,4272
非ポリマー351
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.250, 106.250, 128.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein RMD9, mitochondrial / Required for meiotic nuclear division protein 9


分子量: 70368.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: RMD9, YGL107C, G3075 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P53140
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*UP*UP*CP*UP*U)-3')


分子量: 5059.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Na-Cacodylate, NaCl, LiSO4, CaAcetate, MgCl2, PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.02 Å / Num. obs: 59634 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 74.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.11
反射 シェル解像度: 2.45→2.5 Å / 冗長度: 10.25 % / Rmerge(I) obs: 2.809 / Num. unique obs: 4420 / CC1/2: 0.378 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.9モデル構築
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A9W

7a9w


解像度: 2.45→46.01 Å / SU ML: 0.3717 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 26.8459 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 2986 5.01 %Random selection
Rwork0.1987 56633 --
obs0.2004 59619 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4198 272 1 79 4550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42926283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.16512718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.490.38021360.35532697X-RAY DIFFRACTION99.79
2.49-2.530.37481440.33752714X-RAY DIFFRACTION99.9
2.53-2.580.341320.3212671X-RAY DIFFRACTION99.86
2.58-2.630.32281460.29662650X-RAY DIFFRACTION99.93
2.63-2.680.32011450.28882744X-RAY DIFFRACTION99.9
2.68-2.740.28371430.26252698X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.80.27431390.26472694X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.870.23821440.26472724X-RAY DIFFRACTION99.97
2.87-2.950.30171490.24142690X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.040.28531400.25482707X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.140.24511440.23362667X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.250.29831390.232698X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.380.26451410.22252665X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.530.22911390.20552732X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.720.23291500.20872693X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.950.2441390.18382723X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.260.20661420.17372690X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.690.18411420.16482689X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.360.20961430.16912705X-RAY DIFFRACTION100
5.36-6.750.24331410.20312686X-RAY DIFFRACTION100
6.75-46.010.20651480.16332696X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39810319511-1.71889745299-0.9001263533532.767368368710.8957156630433.222703220230.3783411078190.1378540797270.641482635182-0.343887059396-0.142972814467-0.113640646995-0.4311796564490.09687575984480.0003351970194020.766023172902-0.05275254859350.09443133750090.629996178522-0.02919048584930.880864686921-22.36190273783.495032796911.9158621876
22.41886120249-1.798883784260.589223237213.34556693219-0.9730626352491.47376885573-0.152591343686-0.527637888248-0.1719470699120.2961096814570.2708699869320.2977187688610.195846833806-0.3298804995670.0004149408525880.75904412538-0.06387580244570.03969368392520.8259326709830.0124321534380.694133342105-21.134890731662.758875090631.7273955571
34.567538367660.2596024726950.4141949967651.36157395031-1.091771649793.450349300770.003173896075520.733960738984-0.162180816024-0.327499224663-0.306916143289-0.3994769714040.9339082624661.23744437495-0.002250723826370.9274086769610.2963042249520.1066060901031.13082603050.1059546237050.807876279359.2349829059154.544943372817.3173224375
40.447012616674-0.555697119861-0.03525209017860.677312988690.02682296020162.12888351999-0.1717975328320.4077013544480.6232345460640.144170215878-0.115048696512-0.184999218143-0.02401953600030.1543900395588.88491617057E-50.739853654357-0.0698989006773-0.003852881983170.7036131372060.06745708189660.894334361655-14.811498272670.266643960916.9885637351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 80 through 300 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 301 through 439 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 440 through 639 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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