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- PDB-4pbc: X-ray crystal structure of a putative D-amino acid aminotransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pbc
タイトルX-ray crystal structure of a putative D-amino acid aminotransferase from Burkholderia cenocepacia
要素D-amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Transferase D-amino acid Burkholderia cenocepacia / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / transaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / D-amino acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of a putative D-amino acid aminotransferase from Burkholderia cenocepacia
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2014年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino acid aminotransferase
B: D-amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5684
ポリマ－70,3782
非ポリマー1902
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.080, 102.970, 152.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 D-amino acid aminotransferase


分子量: 35188.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL0705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E9Q5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 400 nl protein solution + 400 nl precipitant solution. Precipitant was JCSG+ well H3 - 0.1 M BIS-TRIS pH 5.50, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月6日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 63970 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.21 % / Biso Wilson estimate: 25.73 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 20.09 / Num. measured all: 333234
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.850.8850.4713.3924355476146550.52397.8
1.85-1.90.9260.3454.724008465245500.38397.8
1.9-1.950.9640.2566.1423032449443960.28597.8
1.95-2.010.9770.1957.822609440343180.21798.1
2.01-2.080.9830.1549.8922054426641860.17198.1
2.08-2.150.9910.11912.1521221412040480.13298.3
2.15-2.230.9920.114.320426397539150.11198.5
2.23-2.320.9950.08516.1219781385037880.09498.4
2.32-2.430.9960.07218.4818996369036350.0898.5
2.43-2.550.9970.06121.7318116351634700.06898.7
2.55-2.680.9980.05324.3817237336233180.05998.7
2.68-2.850.9980.04628.1516439319931620.05198.8
2.85-3.040.9980.0431.6815423301529700.04598.5
3.04-3.290.9990.03536.7214394281727820.03998.8
3.29-3.60.9990.03140.3713156259125530.03498.5
3.6-4.020.9990.0343.311982237723210.03397.6
4.02-4.650.9990.02845.6310699210020570.03198
4.65-5.690.9990.02845.418934180717470.03196.7
5.69-8.050.9990.02945.196930142513580.03295.3
8.050.9990.02744.2434428477410.0387.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9pre_1665)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→48.771 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 3101 4.85 %Random
Rwork0.1673 60830 --
obs0.1693 63931 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.63 Å2 / Biso mean: 34.231 Å2 / Biso min: 15.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4327 0 10 409 4746
Biso mean--42.25 42.7 -
残基数----575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0194441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6616060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1971597
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82810.26261360.21832718285498
1.8281-1.8580.25091330.19842720285398
1.858-1.89010.21781260.18232730285698
1.8901-1.92450.22011350.17872743287898
1.9245-1.96150.24061420.16952700284298
1.9615-2.00150.21711620.16932754291698
2.0015-2.0450.21551490.16652684283398
2.045-2.09260.20061360.15222767290398
2.0926-2.14490.21561550.1532717287298
2.1449-2.20290.18231210.15722785290698
2.2029-2.26780.19081290.14932731286098
2.2678-2.3410.21141410.16312786292798
2.341-2.42460.221390.1672768290799
2.4246-2.52170.23161310.1722772290399
2.5217-2.63640.2211580.1742747290599
2.6364-2.77540.25381400.17792805294599
2.7754-2.94930.2431250.18342832295799
2.9493-3.1770.21161490.17632771292099
3.177-3.49660.23441410.17452818295999
3.4966-4.00240.18561490.16182842299198
4.0024-5.04180.1771490.13982801295097
5.0418-48.78880.17531550.17842839299493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3603-0.0265-0.57872.05220.25713.00820.14070.19290.0361-0.2261-0.0566-0.0159-0.3409-0.3002-0.09340.17760.05710.00890.20150.03660.195328.52370.092526.9439
20.5366-0.41720.29572.4033-0.34631.72440.2417-0.0217-0.0486-0.0104-0.0531-0.0645-0.36010.1825-0.08830.13310.0204-0.0330.2077-0.03090.181637.431667.141525.3475
33.9257-3.3988-3.81312.9433.3123.7744-0.4258-0.1706-0.22090.42810.22860.12140.7620.59620.19490.28880.0794-0.05860.31750.00410.282742.21353.194938.9678
40.85850.2225-0.13091.7325-0.21682.9567-0.06920.0491-0.08750.08350.1528-0.05760.05850.067-0.0940.151-0.02010.00720.189-0.00820.193722.962847.450960.5758
50.83710.2158-0.66881.3372-0.51892.37420.1417-0.05010.10690.2409-0.0127-0.0054-0.34420.0751-0.12380.2203-0.004-0.00510.1662-0.00350.211331.667267.541853.197
61.0455-0.249-0.07581.75210.0433.88510.05430.0183-0.1001-0.17010.0754-0.0920.44790.0625-0.1020.17780.02170.00910.207-0.00730.209143.883850.697720.0684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 129 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 154 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 155 through 176 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 177 through 314 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 14 through 176 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 177 through 314 )B0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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