PDB-7a7y: rsGreen0.7-F145Q in the green-on state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a7y

タイトル

rsGreen0.7-F145Q in the green-on state

要素

rsGreen0.7-F145Q

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Reversible photoswitchable fluorescent protein

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / NITRATE ION / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

De Zitter, E. / Dedecker, P. / Van Meervelt, L.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structure-Function Dataset Reveals Environment Effects within a Fluorescent Protein Model System*.
著者: De Zitter, E. / Hugelier, S. / Duwe, S. / Vandenberg, W. / Tebo, A.G. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P.

履歴

登録	2020年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a7y.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a7y.ent.gz	131.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a7y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a7y_validation.pdf.gz	444.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a7y_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	7a7y_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	7a7y_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/7a7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/7a7y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a7kC 7a7lC 7a7mC 7a7nC 7a7oC 7a7pC 7a7qC 7a7rC 7a7sC 7a7tC 7a7uC 7a7vC 7a7wC 7a7xC 7a7zC 7a80C 7a81C 7a82C 7a83C 7a84C 7a85C 7a86C 7a87C 7a88C 7a89C 7a8aC 7a8bC 7a8cC 7a8dC 7a8eC 7a8fC 7a8gC 7a8hC 7a8iC 7a8jC 7a8kC 7a8lC 7a8mC 7a8nC 7a8oC 4xowS 4xov S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oa8-d 3ss0-d 7a88-d 2fwq-d 1qyo-d 5dpg-d 2hcg-d 3ssl-d 6dq1-d 7a7k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: rsGreen0.7-F145Q

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.197, 51.268, 48.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	rsGreen0.7-F145Q 分子量: 30650.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: A0A059PIQ0
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 200 mM KNO3 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.97→46.32 Å / Num. obs: 129948 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 405332 / Scaling rejects: 38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
0.97-0.99	2.1	0.457	8645	4118	0.745	0.373	0.594	1.8	62.3
5.31-46.32	3.5	0.06	3000	863	0.985	0.038	0.071	22.3	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.23	データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.7.16	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XOW

4xow

解像度: 0.97→46.317 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1417	6465	4.98 %
R_work	0.1253	-	-
obs	0.1261	129902	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.16 Å² / B_iso mean: 14.4188 Å² / B_iso min: 2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.97→46.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1892	0	4	506	2402
B_iso mean	-	-	35.82	29.14	-
残基数	-	-	-	-	239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
0.97-0.981	0.2293	124	0.2467	2501	59
0.981-0.9926	0.2128	138	0.2216	3031	71
0.9926-1.0047	0.2381	164	0.2118	3756	88
1.0047-1.0174	0.1976	218	0.1932	4187	99
1.0174-1.0308	0.1826	212	0.1741	4198	99
1.0308-1.0449	0.1938	251	0.1585	4187	99
1.0449-1.0598	0.1593	234	0.1567	4210	100
1.0598-1.0757	0.2194	225	0.187	4196	99
1.0757-1.0925	0.1588	228	0.1386	4205	100
1.0925-1.1104	0.1343	223	0.1224	4208	99
1.1104-1.1295	0.1373	256	0.133	4184	99
1.1295-1.1501	0.1524	225	0.1174	4213	100
1.1501-1.1722	0.1226	236	0.1136	4203	99
1.1722-1.1961	0.1175	206	0.112	4227	100
1.1961-1.2221	0.1572	212	0.1226	4237	99
1.2221-1.2506	0.1319	194	0.124	4242	100
1.2506-1.2818	0.1194	241	0.1126	4225	99
1.2818-1.3165	0.1237	208	0.128	4204	99
1.3165-1.3552	0.1376	239	0.1103	4210	99
1.3552-1.399	0.1265	230	0.1111	4187	99
1.399-1.449	0.1267	226	0.1114	4250	100
1.449-1.507	0.1304	185	0.1101	4274	100
1.507-1.5756	0.1326	215	0.1047	4238	100
1.5756-1.6587	0.1239	216	0.1072	4254	100
1.6587-1.7626	0.1186	211	0.1155	4262	100
1.7626-1.8987	0.1348	221	0.1202	4260	100
1.8987-2.0898	0.1408	228	0.1222	4218	99
2.0898-2.3921	0.1161	247	0.1221	4229	99
2.3921-3.0138	0.1423	226	0.1303	4299	100
3.0138-46.317	0.1627	226	0.1232	4342	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)