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- PDB-7a6o: Crystal Structure of the Complex of the Recombinant Von Willebran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a6o
タイトルCrystal Structure of the Complex of the Recombinant Von Willebrand Factor AIM-A1 domain and VHH81 at 2.1 Angstrom resolution
要素
  • VHH81 Nanobody fragment
  • von Willebrand factor
キーワードBLOOD CLOTTING / Thrombosis Von Willebrand Factor A1 Aim-A1 Blood Clotting Complex VWF
機能・相同性
機能・相同性情報


Weibel-Palade body / cell-substrate adhesion / collagen binding / platelet activation / : / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.117 Å
データ登録者Brown, A.K. / Emsley, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationFS/18/70/33893 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Activation of von Willebrand factor via mechanical unfolding of its discontinuous autoinhibitory module.
著者: Arce, N.A. / Cao, W. / Brown, A.K. / Legan, E.R. / Wilson, M.S. / Xu, E.R. / Berndt, M.C. / Emsley, J. / Zhang, X.F. / Li, R.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine / reflns / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.ls_d_res_high / _reflns.d_resolution_high / _reflns_shell.d_res_high
改定 2.02021年7月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_poly ...atom_site / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_hist / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _entity_poly.pdbx_strand_id ..._atom_site.auth_asym_id / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _refine_hist.d_res_high / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Willebrand factor
B: VHH81 Nanobody fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4003
ポリマ－37,3042
非ポリマー961
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.234, 65.234, 233.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1696-

HOH

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要素

#1: タンパク質 von Willebrand factor


分子量: 23447.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F / 参照: UniProt: L8E853
#2: 抗体 VHH81 Nanobody fragment


分子量: 13856.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: VHH / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 3.2 M ammonium sulphate, 0.08 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.117→62.9 Å / Num. obs: 19344 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.117→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2527 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 69.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUQ

1auq


解像度: 2.117→62.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 921 4.761 %
Rwork0.1947 18423 -
all0.198 --
obs-19344 92.4 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 51.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.155 Å20 Å20 Å2
2---0.155 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.117→62.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 5 160 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132683
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0172540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.6453626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3391.5755873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.555333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.91320.333150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.49915473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8671528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.220.22427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.21251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.5690.23
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1540.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3870.29
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2780.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2655.1611332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2655.1571331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9377.7241662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9357.7281663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2445.6621351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2115.6521347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9148.2791963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.888.2641958
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it24.82260.262883
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other24.86460.0482862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.117-2.1720.64810.44930X-RAY DIFFRACTION1.4372
2.172-2.2310.537120.376224X-RAY DIFFRACTION11.4065
2.231-2.2960.308220.299397X-RAY DIFFRACTION20.449
2.296-2.3670.423280.306522X-RAY DIFFRACTION27.6104
2.367-2.4440.296230.274640X-RAY DIFFRACTION34.4774
2.444-2.530.296350.249811X-RAY DIFFRACTION44.9522
2.53-2.6260.337480.271062X-RAY DIFFRACTION61.2245
2.626-2.7330.327560.2691441X-RAY DIFFRACTION85.6407
2.733-2.8540.348780.2491561X-RAY DIFFRACTION97.6758
2.854-2.9940.308770.251527X-RAY DIFFRACTION99.3804
2.994-3.1560.287810.241427X-RAY DIFFRACTION99.2105
3.156-3.3470.265740.2331380X-RAY DIFFRACTION99.1138
3.347-3.5780.306660.2231306X-RAY DIFFRACTION98.9185
3.578-3.8650.298630.2061217X-RAY DIFFRACTION98.5373
3.865-4.2330.23650.1691099X-RAY DIFFRACTION98.0623
4.233-4.7330.178460.1271045X-RAY DIFFRACTION99.1818
4.733-5.4650.167510.13918X-RAY DIFFRACTION99.1812
5.465-6.6920.208480.159793X-RAY DIFFRACTION99.2916
6.692-9.460.256310.161634X-RAY DIFFRACTION98.3728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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