[日本語] English
万見
- PDB-7a60: Crystal structure of VIM-2 with hydrolyzed faropenem (ring-open form) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a60
タイトルCrystal structure of VIM-2 with hydrolyzed faropenem (ring-open form)
要素Beta-lactamase VIM-2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / metallo-beta-lactamase / antibiotic / faropenem / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-QZH / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI100560 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Faropenem reacts with serine and metallo-beta-lactamases to give multiple products.
著者: Lucic, A. / Hinchliffe, P. / Malla, T.R. / Tooke, C.L. / Brem, J. / Calvopina, K. / Lohans, C.T. / Rabe, P. / McDonough, M.A. / Armistead, T. / Orville, A.M. / Spencer, J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase VIM-2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,57014
ポリマ－51,3872
非ポリマー1,18312
水6,918384
1
A: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2857
ポリマ－25,6931
非ポリマー5926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2857
ポリマ－25,6931
非ポリマー5926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.179, 79.380, 67.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-546-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-QZH / (5~{Z})-2-[1,3-bis(oxidanyl)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-5-(4-oxidanylbutylidene)-2~{H}-1,3-thiazole-4-carboxylic acid


分子量: 303.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28% PEG3350, 0.1M Mg(HCO2)2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.88 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→51.34 Å / Num. obs: 68197 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3241 / CC1/2: 0.469 / Rpim(I) all: 0.699

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bz3

4bz3


解像度: 1.47→51.34 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1887 3296 4.84 %
Rwork0.1626 64800 -
obs0.1638 68096 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.7 Å2 / Biso mean: 27.7928 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→51.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 88 384 3958
Biso mean--31.29 36.13 -
残基数----462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.47-1.490.32261520.29272527267994
1.49-1.510.28961190.27212659277897
1.51-1.540.29351410.28242656279796
1.54-1.560.27611600.24572631279197
1.56-1.590.27161490.24212669281897
1.59-1.620.25381490.22162654280397
1.62-1.650.26531620.2172640280297
1.65-1.680.24831520.20562673282597
1.68-1.720.19361680.19672627279598
1.72-1.760.23481020.18262735283798
1.76-1.80.21511810.17592651283298
1.8-1.850.22661270.1652717284498
1.85-1.910.19541180.17112704282298
1.91-1.970.20441180.17692705282398
1.97-2.040.17921210.15022747286898
2.04-2.120.17511230.14842715283899
2.12-2.220.18191050.13842742284798
2.22-2.330.168990.15112787288699
2.33-2.480.1735980.14482760285899
2.48-2.670.18781160.14812757287399
2.67-2.940.17271730.14852734290799
2.94-3.360.18361510.148227422893100
3.37-4.240.14331470.134827622909100
4.24-51.340.17991650.166128062971100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59450.144-1.47313.61791.6185.9015-0.1825-1.1381-1.02491.04410.80760.69910.63830.2064-0.48660.43260.0774-0.13880.44720.20420.5214-13.9580.70567.758
26.14710.7402-4.42245.1409-1.15046.80240.2678-0.2363-0.41580.0975-0.1261-0.16960.34040.0171-0.03680.2071-0.0263-0.10730.13180.02150.1912-13.13974.77662.0113
32.2487-1.0765-0.83572.2516-0.34695.02250.1234-0.17130.0376-0.0462-0.0212-0.21510.05580.0254-0.05650.1159-0.0164-0.04960.0954-0.00580.1755-11.870210.61857.8586
43.82790.26811.50252.06360.62163.24820.0659-0.23440.02640.1709-0.0494-0.1442-0.0709-0.1070.01020.1423-0.0158-0.01320.0843-0.0160.1352-16.823717.278758.1784
51.3024-0.97510.33665.80624.53094.6714-0.0926-0.03140.0279-0.5809-0.0360.0786-0.3112-0.16010.12770.2171-0.0028-0.03110.15650.00960.1515-22.26318.787246.7585
62.54390.3330.28863.2491-0.01241.94740.05630.137-0.1398-0.2993-0.0458-0.11140.03310.0211-0.01310.13680.00940.00120.0873-0.02360.1114-18.85043.189946.9088
72.63042.62590.56326.01221.0161.35240.043-0.0404-0.09050.05-0.15010.22250.1423-0.14130.13740.16570.0046-0.05880.15990.01250.1487-26.3944-2.075349.1506
83.1961-1.7167-1.9373.53321.83484.1470.1543-0.44310.5705-0.21170.4978-1.307-0.56311.2912-0.52470.2794-0.1047-0.03910.4413-0.16440.5425-24.1767-4.06379.5419
93.73021.3311-1.12224.1859-1.43625.45280.0629-0.21950.13820.2184-0.0308-0.1444-0.02010.36740.00240.09730.0233-0.05040.1397-0.00280.1396-31.4889-12.339181.6774
103.57290.0111.79495.82471.12446.92770.24640.09810.05380.38170.0002-0.76680.07940.7853-0.10120.16430.0297-0.07190.26850.02970.3116-23.0313-16.685283.3829
113.4493-0.11961.1863.0329-0.54363.12290.02470.1033-0.2212-0.0933-0.0008-0.19060.3670.2021-0.04180.16230.05960.0070.11290.00220.1444-35.811-22.993974.2918
121.4333-0.07820.47592.6169-0.56422.1286-0.0222-0.04670.07270.03860.0160.1514-0.0557-0.06720.00230.08540.0101-0.00660.1137-0.00320.1315-45.174-11.180575.6779
132.3431-1.56150.19975.4779-2.68743.970.07140.22290.151-0.17960.00570.1655-0.1547-0.1886-0.18810.09-0.0238-0.04470.13280.01750.1961-44.0426-2.576668.9923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 44 )A32 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 64 )A45 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 88 )A65 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 145 )A89 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 146 through 163 )A146 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 164 through 245 )A164 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 246 through 263 )A246 - 263
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 32 through 44 )B32 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 45 through 88 )B45 - 88
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 89 through 102 )B89 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 103 through 146 )B103 - 146
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 147 through 245 )B147 - 245
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 246 through 263 )B246 - 263

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る