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- PDB-7a56: Schmallenberg Virus Envelope Glycoprotein Gc Fusion Domains in Po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a56
タイトルSchmallenberg Virus Envelope Glycoprotein Gc Fusion Domains in Postfusion Conformation
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus Entry / Class II Membrane Fusion Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host process / host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus nonstructural protein NSm / Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus glycoprotein G1 / Bunyavirus glycoprotein G1
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine Schmallenberg virus BH80/Germany/2011 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hellert, J. / Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.
資金援助2件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115760
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-62-IBEID
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structure, function, and evolution of the Orthobunyavirus membrane fusion glycoprotein.
著者: Hellert, J. / Aebischer, A. / Haouz, A. / Guardado-Calvo, P. / Reiche, S. / Beer, M. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,92915
ポリマ－48,3001
非ポリマー62914
水7,548419
1
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,78645
ポリマ－144,9003
非ポリマー1,88642
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area17730 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area52330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.790, 86.790, 358.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1406-

CL

21A-1407-

PO4

31A-1407-

PO4

41A-1408-

PO4

51A-1408-

PO4

61A-1790-

HOH

71A-1821-

HOH

81A-1912-

HOH

91A-1919-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 48299.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine Schmallenberg virus BH80/Germany/2011 (ウイルス)
遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: H2AM12

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非ポリマー , 5種, 433分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.5 uL of 4.5 mg/mL trimeric SBV Gc fusion domain fragment in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.5 uL of reservoir solution containing 20% w/v PEG 1K, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2 and 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月29日 / 詳細: Silicon toroidal mirror coated with Rhodium
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.4069 Å / Num. obs: 44636 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.232 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.96.5031.0941.832250.8261.18898.8
1.9-1.956.5150.8682.2331560.8810.94399
1.95-2.016.4950.6772.7830800.9370.73598.9
2.01-2.076.4420.5083.5730150.9480.55299.1
2.07-2.146.3660.4034.228860.9730.43999.1
2.14-2.216.2680.3474.8128410.970.37999.2
2.21-2.296.1580.2765.7427290.980.30199.3
2.29-2.395.7220.2316.3626370.9790.25499.4
2.39-2.496.1670.27.5225120.9880.21999.5
2.49-2.626.120.178.7624310.9890.18699.5
2.62-2.765.9540.13110.4422990.9940.14499.4
2.76-2.936.5180.11312.9722180.9950.12399.6
2.93-3.136.4020.09215.6820620.9960.199.6
3.13-3.386.3550.07718.9919260.9960.08499.2
3.38-3.76.2550.06821.4317890.9960.07499.8
3.7-4.145.9340.06222.9516290.9960.06999.7
4.14-4.785.6010.05724.1514400.9960.06399.4
4.78-5.855.5860.05924.4112300.9960.06599.2
5.85-8.276.3810.06225.819710.9950.06898.9
8.27-43.40695.7140.06226.655600.9960.06794.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→43.4069 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 1998 4.48 %
Rwork0.1699 42581 -
obs0.1717 44579 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.55 Å2 / Biso mean: 40.6672 Å2 / Biso min: 17.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→43.4069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3228 0 26 419 3673
Biso mean--62.72 45.94 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3624494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1942032
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.89620.32221380.2782295699
1.8962-1.94750.24851400.2518297799
1.9475-2.00480.2381410.2183300399
2.0048-2.06950.26781410.1965299799
2.0695-2.14350.25021410.1937299499
2.1435-2.22930.22841430.1832303099
2.2293-2.33070.2091410.1783300599
2.3307-2.45360.23261410.1845303499
2.4536-2.60730.24071430.1844303599
2.6073-2.80860.21271420.1795305899
2.8086-3.09120.22421450.17353065100
3.0912-3.53830.21691440.1573306999
3.5383-4.45720.15641470.14033132100
4.4572-43.40690.18581510.1527322698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2187-0.0007-0.28160.12530.23583.45260.04820.0150.0258-0.01780.01720.0171-0.4028-0.359-0.07140.18820.06880.00590.22430.01310.191932.2094-16.542126.6613
22.53270.3371.49023.33410.43152.3994-0.04860.723-0.4274-0.4759-0.09320.45190.2965-0.76360.1170.31-0.1184-0.06020.5854-0.06920.353818.8524-34.562132.333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 885:1220))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 1221:1306))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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