[日本語] English
万見
- PDB-7a57: La Crosse Virus Envelope Glycoprotein Gc W1066H Mutant Fusion Dom... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a57
タイトルLa Crosse Virus Envelope Glycoprotein Gc W1066H Mutant Fusion Domains in Postfusion Conformation
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus Entry / Class II Membrane Fusion Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host process / host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
M polyprotein precursor, Orthobunyavirus type / Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus nonstructural protein NSm / Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus glycoprotein G1 / Bunyavirus glycoprotein G1
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種La Crosse virus L78 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.155 Å
データ登録者Hellert, J. / Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.
資金援助2件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115760
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-62-IBEID
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structure, function, and evolution of the Orthobunyavirus membrane fusion glycoprotein.
著者: Hellert, J. / Aebischer, A. / Haouz, A. / Guardado-Calvo, P. / Reiche, S. / Beer, M. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
B: Envelopment polyprotein
C: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5476
ポリマ－152,8353
非ポリマー1,7123
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19700 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area53940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.873, 170.873, 379.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...
21(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...
31(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A929
121(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A931 - 945
131(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A946
141(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A928 - 2444
151(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A928 - 2444
161(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A928 - 2444
171(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A928 - 2444
181(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A928 - 2444
191(chain A and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...A928 - 2444
211(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B929
221(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B931 - 945
231(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B946
241(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B916 - 2444
251(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B916 - 2444
261(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B916 - 2444
271(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B916 - 2444
281(chain B and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...B916 - 2444
311(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C929
321(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C931 - 945
331(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C946
341(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C929 - 2444
351(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C929 - 2444
361(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C929 - 2444
371(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C929 - 2444
381(chain C and (resseq 929 or resseq 931:945 or (resid...C929 - 2444

-
要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 50944.988 Da / 分子数: 3 / 変異: W1066H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) La Crosse virus L78 (ウイルス) / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8JPR1
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 uL of 8.5 mg/mL trimeric LACV Gc(918-1364) W1066H in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.2 uL of reservoir solution containing 0.1 M Bis-Tris propane pH 7 and 1.2 M K/Na tartrate (final pH: 8.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月2日
詳細: Be-lenses transfocator, channel cut cryogenically cooled monochromator, Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.155→48.173 Å / Num. obs: 38252 / % possible obs: 67.1 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 99.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.155→3.485 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.076 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1913 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.47 / Rrim(I) all: 1.177 / % possible all: 13.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A56

7a56


解像度: 3.155→48.057 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 2298 6.01 %
Rwork0.1993 35940 -
obs0.2009 38238 67.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 239.9 Å2 / Biso mean: 109.5936 Å2 / Biso min: 46.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.155→48.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10271 0 114 0 10385
Biso mean--147.5 --
残基数----1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92414422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0238846
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6066X-RAY DIFFRACTION6.269TORSIONAL
12B6066X-RAY DIFFRACTION6.269TORSIONAL
13C6066X-RAY DIFFRACTION6.269TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1551-3.22370.619620.5231291
3.2237-3.29870.3728150.39812688
3.2987-3.38120.3821370.351455517
3.3812-3.47260.3087520.34381825
3.4726-3.57470.3313700.2858110334
3.5747-3.69010.3497940.2791145944
3.6901-3.82190.29691310.2608205862
3.8219-3.97480.24921730.2418269581
3.9748-4.15570.25541990.21310294
4.1557-4.37460.21032130.18893336100
4.3746-4.64850.22762130.16983319100
4.6485-5.0070.18062150.14963362100
5.007-5.51030.18392160.15783376100
5.5103-6.30610.21552180.19013397100
6.3061-7.93920.23462190.22463434100
7.9392-48.0570.22472310.201362999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28952.02341.6292.2491.31181.9199-0.12-0.56440.52040.1142-0.2010.4251-0.4977-0.3080.26830.93360.161200.5141-0.0580.535942.3232-62.47077.1966
27.0188-1.26540.66326.44735.26577.70120.0119-0.6234-0.32680.17020.0212-0.0119-0.02120.6748-0.05950.7672-0.1083-0.08470.5930.05070.422765.6399-70.265115.471
34.3533.92962.56175.57472.83062.4088-0.29070.6033-0.2254-0.32860.4399-0.2584-0.44390.4617-0.15430.8878-0.00920.03850.607-0.07230.3862.0073-65.4746-6.4915
44.6871.4211.75171.12060.73261.9451-0.45171.98910.4021-0.73040.4435-0.068-1.09020.99460.06022.0124-0.657-0.0851.41430.15870.765363.8063-48.7527-25.6384
52.63441.25291.2362.62281.04431.9787-0.51120.37180.7884-0.61140.2170.4133-1.1091-0.02170.20071.22560.0372-0.22420.54080.1240.756443.1398-52.4251-14.5706
61.65371.016-0.02536.33050.09720.6022-0.2084-0.89131.62470.4363-0.08511.1516-1.3841-1.21390.10181.69010.5429-0.10760.9589-0.39861.721728.8428-43.12965.2481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 928:1259) or (resseq 1350:1364))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 1260:1349))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 916:1259) or (resseq 1350:1364))B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 1260:1349))B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and ((resseq 929:1259) or (resseq 1350:1364))C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and ((resseq 1260:1349))C0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る