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Yorodumi- PDB-7a56: Schmallenberg Virus Envelope Glycoprotein Gc Fusion Domains in Po... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a56 | |||||||||
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Title | Schmallenberg Virus Envelope Glycoprotein Gc Fusion Domains in Postfusion Conformation | |||||||||
Components | Envelopment polyprotein | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Virus Entry / Class II Membrane Fusion Protein | |||||||||
Function / homology | Function and homology information modulation by virus of host process / host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bovine Schmallenberg virus BH80/Germany/2011 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Hellert, J. / Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A. | |||||||||
Funding support | 2items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2023 Title: Structure, function, and evolution of the Orthobunyavirus membrane fusion glycoprotein. Authors: Hellert, J. / Aebischer, A. / Haouz, A. / Guardado-Calvo, P. / Reiche, S. / Beer, M. / Rey, F.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a56.cif.gz | 190.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a56.ent.gz | 148.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a56.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7a56_validation.pdf.gz | 318.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7a56_full_validation.pdf.gz | 320.4 KB | Display | |
Data in XML | 7a56_validation.xml.gz | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7a56_validation.cif.gz | 33.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a56 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 48299.977 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bovine Schmallenberg virus BH80/Germany/2011 Gene: GP / Plasmid: pMT / Cell line (production host): Schneider 2 / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: H2AM12 |
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-Non-polymers , 5 types, 433 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-K / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 0.5 uL of 4.5 mg/mL trimeric SBV Gc fusion domain fragment in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.5 uL of reservoir solution containing 20% w/v PEG 1K, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2 and 0.2 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8729 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2016 / Details: Silicon toroidal mirror coated with Rhodium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon (1 1 1) channel-cut / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8729 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→43.4069 Å / Num. obs: 44636 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.232 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 9.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→43.4069 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.55 Å2 / Biso mean: 40.6672 Å2 / Biso min: 17.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→43.4069 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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