PDB-7a0u: LIGAND FREE TYPE II E. COLI ASPARAGINASE T12S/T89S DOUBLE MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a0u

タイトル

LIGAND FREE TYPE II E. COLI ASPARAGINASE T12S/T89S DOUBLE MUTANT

要素

L-asparaginase 2

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / LIGAND-FREE / ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA / 3.5.1.1 / ASPARAGINASE / AMIDOHYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26048715056 Å

データ登録者

Maggi, M. / Scotti, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: LIGAND FREE TYPE II E. COLI ASPARAGINASE T12S/T89S DOUBLE MUTANT
著者: Maggi, M. / Scotti, C.

履歴

登録	2020年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a0u.cif.gz	937.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a0u.ent.gz	660.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7a0u_validation.pdf.gz	326.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a0u_full_validation.pdf.gz	332.9 KB	表示
XML形式データ	7a0u_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	7a0u_validation.cif.gz	71.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1nnsS 3ecaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nx9-1 6yzi-2 6pab-1 6nx9-2 1jja-1 6rue-d 6nxa-1 7a0u-2 6pab-2 6pa9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2

D: L-asparaginase 2

142 kDa, 4 ポリマー
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1

A: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2

A: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
142 kDa, 4 ポリマー
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2

B: L-asparaginase 2

D: L-asparaginase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.850, 61.860, 142.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.935, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-524- HOH
2	1	A-577- HOH
3	1	B-529- HOH
4	1	C-497- HOH
5	1	D-504- HOH

#1: タンパク質	L-asparaginase 2 / L-asparaginase II / L-ASNase II / L-asparagine amidohydrolase II 分子量: 35558.824 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / プラスミド: PET101/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): DELTA ansA and ansB / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化	温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, PH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.899998 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.899998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→125.83 Å / Num. obs: 53012 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.861 % / B_iso Wilson estimate: 26.1577580225 Å² / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 5.64 / Num. measured all: 151671 / Scaling rejects: 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.26-2.32	2.906	0.415	2.35	11559	4020	3977	0.686	0.508	98.9
2.32-2.38	2.876	0.353	2.8	11081	3903	3853	0.709	0.433	98.7
2.38-2.45	2.843	0.315	3.07	10586	3800	3724	0.788	0.387	98
2.45-2.53	2.698	0.297	3.17	9697	3703	3594	0.8	0.367	97.1
2.53-2.61	2.889	0.264	3.7	10217	3600	3536	0.848	0.323	98.2
2.61-2.7	2.937	0.248	4.06	10121	3496	3446	0.874	0.303	98.6
2.7-2.8	2.927	0.215	4.65	9668	3356	3303	0.904	0.263	98.4
2.8-2.92	2.882	0.192	5.22	9150	3241	3175	0.92	0.235	98
2.92-3.05	2.782	0.168	5.66	8340	3077	2998	0.942	0.207	97.4
3.05-3.2	2.798	0.148	6.38	8021	2961	2867	0.957	0.182	96.8
3.2-3.37	2.929	0.135	7.16	8177	2851	2792	0.964	0.165	97.9
3.37-3.57	2.928	0.128	7.55	7596	2660	2594	0.967	0.157	97.5
3.57-3.82	2.809	0.119	7.81	6074	2553	2162	0.969	0.147	84.7
3.82-4.13	2.698	0.104	8.37	5914	2341	2192	0.977	0.129	93.6
4.13-4.52	2.972	0.096	9.72	6229	2162	2096	0.977	0.118	96.9
4.52-5.05	2.941	0.092	9.98	5618	1975	1910	0.981	0.112	96.7
5.05-5.84	2.814	0.096	9.07	4674	1752	1661	0.977	0.118	94.8
5.84-7.15	2.858	0.091	9.56	4024	1475	1408	0.977	0.112	95.5
7.15-10.11	2.906	0.076	10.93	3231	1174	1112	0.987	0.093	94.7
10.11-125.83	2.768	0.076	11.11	1694	670	612	0.989	0.095	91.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.43 Å	125.83 Å
Translation	3.43 Å	125.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ECA, 1NNS

3eca

1nns

解像度: 2.26048715056→125.82516793 Å / SU ML: 0.283222669525 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34654533639 / 位相誤差: 23.7196940376
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239891031969	2659	5.01792791093 %
R_work	0.171340308687	50331	-
obs	0.17478859218	52990	96.9004297339 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.0203616284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26048715056→125.82516793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9367	0	0	680	10047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0126943150789	9516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14547842139	12966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0605229197282	1553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00696697716428	1695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2731222613	5734

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2605-2.3016	0.288186884814	150	0.252816425325	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.9532449407
2.3016-2.3459	0.324086130491	124	0.223869322256	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.8696573649
2.3459-2.3938	0.302176724213	143	0.224022388986	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.5714285714
2.3938-2.4458	0.279648128067	155	0.21018524375	2644	X-RAY DIFFRACTION	98.1072555205
2.4458-2.5027	0.263465368654	140	0.204287647652	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.6858345021
2.5027-2.5653	0.279878900704	149	0.192451464612	2633	X-RAY DIFFRACTION	97.0690858339
2.5653-2.6347	0.288073205646	140	0.186851821868	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.0611961057
2.6347-2.7122	0.27157639942	133	0.191459852892	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.4917572781
2.7122-2.7997	0.256228424581	136	0.183069792417	2674	X-RAY DIFFRACTION	98.5619081024
2.7997-2.8998	0.265010859682	152	0.191301585326	2668	X-RAY DIFFRACTION	98.3263598326
2.8998-3.0159	0.27581135893	150	0.171798750691	2653	X-RAY DIFFRACTION	97.6655052265
3.0159-3.1532	0.257706109894	145	0.174392278499	2632	X-RAY DIFFRACTION	96.1898164184
3.1532-3.3195	0.213939180002	153	0.170745558726	2653	X-RAY DIFFRACTION	98.2837127846
3.3195-3.5274	0.262956135035	132	0.162409431019	2676	X-RAY DIFFRACTION	97.9420997558
3.5274-3.7998	0.206973203008	99	0.160023196244	2389	X-RAY DIFFRACTION	86.2690707351
3.7998-4.1822	0.195508585496	130	0.146085774354	2609	X-RAY DIFFRACTION	94.4482758621
4.1822-4.7874	0.191285414362	162	0.124237518549	2685	X-RAY DIFFRACTION	97.3000683527
4.7874-6.0317	0.225005621178	131	0.146028272334	2634	X-RAY DIFFRACTION	95.3119613926
6.0317-125	0.195699126903	135	0.167038350688	2704	X-RAY DIFFRACTION	94.3816489362

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.45862250676	0.389532969826	0.275537874043	1.84476889809	0.181341436408	3.31404463766	-0.26714893165	0.369654638427	0.167579371833	-0.210507449741	0.221071122637	-0.123747840956	-0.251875455742	0.319870678456	0.0460920794977	0.402191802112	-0.022899031296	0.0365872685782	0.392854435848	-0.0304844711507	0.325580202589	54.3162643212	45.2330705724	33.6217147159
2	1.89389911342	0.279070466634	0.485645844634	0.820408686089	0.210010107502	1.13783070524	-0.0435650795174	0.0616121158187	-0.129182422702	-0.038814609177	0.0374872354422	0.00219505791679	-0.0246178772544	0.0492240051732	5.54456547317E-5	0.286758949797	0.0283658628166	0.0335430602654	0.260772916881	-0.00522567009575	0.194835298707	42.9300821644	41.6537275082	42.3187689326
3	1.00930488165	-0.417771181553	0.183707200543	0.7562717419	0.06978888096	0.406626543192	0.00366394391004	0.079394575769	-0.0764439075558	-0.0539885486516	-0.0330301979946	0.133836337868	0.0665772325013	-0.0486332646287	0.0282654058779	0.271982991436	0.0155997041751	0.00421549402012	0.234850026309	-0.0185463106857	0.184586621875	30.3033321029	46.2401662196	51.2738125308
4	2.99274873004	-0.238458621852	0.966646514171	1.79380034086	-0.387760340274	1.08563188428	0.11150923893	-0.165768821411	-0.0266340888576	0.14036254149	-0.102425267109	0.280171441615	0.119274652119	-0.255980398718	-0.00724766988491	0.30174126234	-0.0396884758065	0.0251801337358	0.305270601861	-0.048384817265	0.243006676793	18.7096098713	43.7108316772	55.539060775
5	1.57716205641	0.026451719177	-1.02091798239	2.77119291827	0.984536230849	1.09669203128	0.0915793334093	0.356850523458	0.196817986651	-0.78411176833	-0.368274040504	-0.138397946114	0.105217741017	0.220237370275	0.255804810856	0.281144449786	-0.0255720548426	-0.0533630609534	0.276707922729	0.0491890667815	0.363797428965	16.8698845122	44.5526013239	-21.6689854893
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17	1.96270377174	-0.270603344722	0.0519575148564	0.797421115836	-0.0682418981615	0.5431090405	0.0295735916658	-0.240812927586	-0.165541027225	0.159047471548	-0.0016811581775	0.0629959658297	0.00773308978912	-0.104473683285	-0.0238939608038	0.247861012344	-0.0276882527304	-0.00960166894629	0.280391721533	0.0209667867579	0.199107589246	3.82667248113	11.0756544112	23.1534840106
18	2.28086480697	-0.21240726476	-0.558188806887	0.759292830785	0.535735204459	1.88547614881	0.0683196224412	-0.0161068413738	-0.110268256903	-0.0243660010793	0.00869215509748	0.0643554465897	-0.0848016989943	0.0415355756606	-0.121343267612	0.206418594481	-0.0190294590998	-0.0142282500225	0.227519186261	0.0264639822279	0.226646818652	-2.31975251283	11.450549332	14.0154002701
19	2.2754654046	0.0215428803198	-1.0341753056	1.77132673757	1.62861749162	4.15031970867	0.126199669636	0.149612518526	0.268863651924	-0.0302916445796	0.0675241505536	0.0984256457244	0.044779405479	0.0885324189766	-0.202847701739	0.249803951748	0.0385841374444	-0.0217312182546	0.219368931717	0.0511956215358	0.252508844828	2.28893500356	21.0865904313	8.07439633626
20	1.58737812628	0.268471364955	-0.0614330481962	0.982264749385	-0.180485532487	0.564638382559	0.0147064584173	-0.0568889241541	-0.0919768182458	0.0204884006306	-0.0377079249728	-0.116187234005	0.0722666264687	-0.0270413584583	0.0167539373579	0.189224762599	0.0164241105105	-0.0152552885127	0.181624931649	-0.00988115858328	0.192764719757	16.9604860431	14.0695732031	9.71885793227
21	2.77228701025	0.604045564796	-0.554700846712	1.86290098007	-0.232357568223	1.09746869778	-0.0440341605463	0.129121304023	-0.195227567241	-0.0200395093431	0.0515792653047	-0.246441569921	0.101709145112	0.116227261709	0.0118459066898	0.208639370799	0.0154915299727	-0.0224075286227	0.215070103417	-0.0227820091696	0.204160064609	24.4637322841	13.1820714939	3.02298881797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 0 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 45 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 157 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 251 through 326 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid -3 through 39 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 40 through 62 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 63 through 91 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 92 through 124 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 125 through 250 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 251 through 285 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 286 through 326 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 39 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 40 through 250 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 251 through 285 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 286 through 326 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 0 through 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 35 through 124 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 125 through 162 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 163 through 179 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 180 through 250 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 251 through 326 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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