PDB-6zzc: MB_CRS6-1 bound to CrSAS-6_6HR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zzc

タイトル

MB_CRS6-1 bound to CrSAS-6_6HR

要素

Centriole protein
MB_CrS6-1

キーワード

PROTEIN BINDING / Centriole / Cartwheel / Ring-polymer / Monobody

機能・相同性

: / Sas-6-like, oligomerization domain / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / cytoskeleton / identical protein binding / cytoplasm / Centriole protein

機能・相同性情報

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.93 Å

データ登録者

Hatzopoulos, G.N. / Kukenshoner, T. / Banterle, N. / Favez, T. / Fluckiger, I. / Hantschel, O. / Gonczy, P.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Tuning SAS-6 architecture with monobodies impairs distinct steps of centriole assembly.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Kukenshoner, T. / Banterle, N. / Favez, T. / Fluckiger, I. / Hamel, V. / Andany, S. / Fantner, G.E. / Hantschel, O. / Gonczy, P.

履歴

登録	2020年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zzc.cif.gz	449.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zzc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zz8C 6zzdC 6zzgC 3q0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nmu-2 3nmu-1 10609 5mm2-d 1za7-d 3653 3651 7096 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Centriole protein

B000: Centriole protein

C: Centriole protein

D: MB_CrS6-1

D0A0: MB_CrS6-1

F: MB_CrS6-1

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Centriole protein

B000: Centriole protein

D: MB_CrS6-1

D0A0: MB_CrS6-1

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
71.3 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Centriole protein

F: MB_CrS6-1

ヘテロ分子

C: Centriole protein

F: MB_CrS6-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.421, 123.171, 73.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.903, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-423- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
1	2
2	2
3	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and resid 15 through 204)	A	15 - 204
2	2	1	(chain 'B' and resid 15 through 204)	B	15 - 204
3	3	1	(chain 'C' and resid 15 through 204)	C	15 - 204
1	4	2	chain 'D'	D	2 - 91
2	5	2	chain 'E'	E	2 - 91
3	6	2	chain 'F'	F	2 - 91

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Centriole protein 分子量: 25683.066 Da / 分子数: 3 / 変異: F145E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CrSAS-6, CHLRE_12g516950v5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A9CQL4
#2: タンパク質	MB_CrS6-1 分子量: 9955.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG 4000, 0.8M sodium formate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.93→47.08 Å / Num. obs: 53262 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 99.15 Å² / R_rim(I) all: 0.0107 / Net I/σ(I): 9.15
反射シェル	解像度: 2.93→3.11 Å / Num. unique obs: 8421 / CC_1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3q0x

3q0x

解像度: 2.93→47.07 Å / SU ML: 0.6212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 37.6674
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2901	2652	4.99 %
R_work	0.2444	50485	-
obs	0.2468	53137	97.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.93→47.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6937	0	37	59	7033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	7118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9017	9652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9956	4280

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.93-2.99	0.4536	135	0.4761	2515	X-RAY DIFFRACTION	90.94
2.99-3.04	0.5551	134	0.4645	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.08
3.04-3.11	0.4608	140	0.4355	2637	X-RAY DIFFRACTION	97.3
3.11-3.17	0.413	145	0.3556	2747	X-RAY DIFFRACTION	97.97
3.17-3.25	0.3405	136	0.3446	2629	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.25-3.33	0.375	141	0.3225	2700	X-RAY DIFFRACTION	98.34
3.33-3.42	0.3467	139	0.3259	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.86
3.42-3.52	0.4063	137	0.317	2666	X-RAY DIFFRACTION	96.32
3.52-3.63	0.372	143	0.313	2665	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.63-3.76	0.3438	138	0.2936	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.23
3.76-3.91	0.3035	137	0.2856	2646	X-RAY DIFFRACTION	97.24
3.91-4.09	0.2752	145	0.2443	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.7
4.09-4.31	0.2445	139	0.2096	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.27
4.31-4.58	0.2179	135	0.1991	2650	X-RAY DIFFRACTION	96.94
4.58-4.93	0.2792	141	0.1919	2709	X-RAY DIFFRACTION	98.17
4.93-5.42	0.2576	138	0.2017	2637	X-RAY DIFFRACTION	97.47
5.42-6.21	0.3167	141	0.241	2702	X-RAY DIFFRACTION	98.24
6.21-7.82	0.2822	142	0.2469	2621	X-RAY DIFFRACTION	97.19
7.82-47.07	0.2274	146	0.1825	2671	X-RAY DIFFRACTION	97.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.11899853121	-0.756658013163	0.532354846513	4.71809907656	-2.83675238432	5.02075485136	0.619886922428	0.784882326803	-0.483351149973	-0.84740918194	-0.269070049754	-0.0534594955296	1.23843095796	0.281069536247	-0.284866904519	1.37375062041	0.322328074949	-0.220589373567	0.96011048668	0.00811031883326	0.588903407017	17.796111089	-100.999258207	45.4746641819
2	2.55594481987	1.41190980037	-1.93600387351	8.11484755923	0.247823688952	2.66373913613	0.0482049044671	0.630795036269	0.271392998277	-1.18573795222	-0.696705935566	0.444106340392	-1.40031113355	0.197815014974	0.97578712901	1.15822672831	0.470082955945	-0.17540128728	1.01879893787	0.169330915041	0.779376199236	19.2133091341	-86.1959374574	43.7941731028
3	0.928662164482	-1.03307389214	1.56985659352	2.59986832458	-0.577713419999	5.4469651036	0.630330571003	0.17228014454	-0.026708049937	-0.253258695709	-0.21005329851	0.265491155895	0.803659931215	0.0868582454374	-0.51528855051	0.644361524221	-0.141047135842	0.126047575918	0.775864567174	0.129857052349	0.45065055259	26.7475028402	-98.2668633538	67.4733628923
4	8.68388359128	0.0437837925476	-4.61700869329	7.95339454841	1.23066669057	6.01245917852	-0.611990592782	0.0147802378536	-0.0317588245831	-0.184304468875	0.82854617797	0.54736622188	0.301505872875	0.452110209151	-0.311756673749	1.07012953394	0.088580149668	-0.00738907721866	0.790966461626	0.312057510429	0.902801080334	17.2660427729	-129.452639143	62.5612838703
5	7.62710863599	-2.40435963197	-5.68333823935	1.94950330875	3.19394199925	5.74716914002	0.274949118797	-0.758106481437	1.55582188221	-0.468328287065	0.101875205628	0.18392543042	0.340423590059	-0.630198055849	-0.211052336525	1.20751156669	0.174914899291	-0.274686650454	1.04705335683	-0.0547277301984	0.939130470004	2.79086091387	-125.3805456	69.3923960892
6	3.09889280017	-2.6541737848	0.771958545446	4.33209307967	-3.09886062692	3.53452114153	1.57514821583	0.0460355772206	-0.0688426583808	-3.64384389653	-0.156632297758	-1.5777462032	0.396220923674	0.253578216635	-1.50839686754	2.00894636974	0.219330541886	-0.138861239753	0.843723561178	-0.135855991467	1.07358312898	21.1263327621	-123.070322723	55.442489245
7	6.69518828266	-0.473300665814	1.14735622092	2.85100229389	3.69014372204	5.99952301591	0.965546219334	-0.994002208994	-1.40877804788	0.185480525706	-0.529902793748	0.974866161688	0.545336111856	-0.882286771512	-0.817113083219	1.35501261665	-0.110226281357	-0.149905751955	0.901077117094	0.244791721716	1.17704431117	8.21449773134	-137.56971593	69.5509063188
8	7.49233265449	-0.22716714112	-8.48944598097	1.6876074737	0.0411567480431	9.62769145658	-0.395829828853	0.389250870004	-1.82426106242	-0.608351595583	0.156040980253	0.227156306926	1.48857273813	-0.156237296081	-0.902440970376	1.82852605453	1.09596182228	-0.705642445952	2.79033787042	0.575706646085	1.39863419677	29.8082661703	-145.042131014	67.9019762535
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39	7.7449466223	-3.25706821801	-9.93328470652	5.15682379009	5.68774522897	2.00446792202	2.20450095169	-0.133267033229	1.26749348545	-0.558029732308	-0.132234897192	0.086701798814	-1.96006732005	2.5953685892	-0.918097506621	0.959363392093	0.126773070995	0.0190388906736	1.05756312371	0.195363623059	0.406259394113	2.15587008869	-62.8841648703	12.950524506
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 221 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 15 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 54 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 69 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 115 through 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 124 through 133 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 134 through 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 160 through 218 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 12 through 53 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 54 through 90 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 91 through 98 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 99 through 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 160 through 204 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 3 through 14 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 15 through 30 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 31 through 46 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 47 through 84 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 85 through 91 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 3 through 12 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 13 through 22 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 23 through 38 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 39 through 47 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 48 through 52 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 53 through 67 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 68 through 76 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 77 through 84 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 85 through 91 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 2 through 13 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 14 through 21 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 22 through 30 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 31 through 38 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 39 through 47 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 48 through 52 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 53 through 60 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 61 through 76 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 77 through 84 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 85 through 91 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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