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万見
- PDB-6zyv: Structure of a Plasmodium PIR protein ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyv
タイトルStructure of a Plasmodium PIR protein ectodomain
要素CIR protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Plasmodium PIR protein Infected red blood cell
機能・相同性Variant antigen yir/bir/cir / Plasmodium variant antigen protein Cir/Yir/Bir / membrane / CIR protein
機能・相同性情報
生物種Plasmodium chabaudi chabaudi (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Harrison, T.E. / Higgins, M.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of the Plasmodium -interspersed repeat proteins of the malaria parasite.
著者: Harrison, T.E. / Reid, A.J. / Cunningham, D. / Langhorne, J. / Higgins, M.K.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CIR protein
B: CIR protein
C: CIR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7163
ポリマ－104,7163
非ポリマー00
水2,378132
1
A: CIR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9051
ポリマ－34,9051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CIR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9051
ポリマ－34,9051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CIR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9051
ポリマ－34,9051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.170, 63.608, 199.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CIR protein


分子量: 34905.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium chabaudi chabaudi (真核生物)
遺伝子: PCHAS_1200500, PCHCB_000509600 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A077TLQ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5 45% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 2100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97166 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97166 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.84 Å / Num. obs: 42523 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3621 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.632

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→49.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.253 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.189
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 2184 5.23 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.2129 41768 98.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 178.33 Å2 / Biso mean: 70.24 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.6018 Å20 Å20 Å2
2--11.1057 Å20 Å2
3----1.5039 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5587 0 0 132 5719
Biso mean---66.31 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2001SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes985HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5700HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion759SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4521SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5700HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7711HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.11
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.17 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 40 4.78 %
Rwork0.2324 796 -
all-836 -
obs--95.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59370.06120.35211.35280.60630.94560.05430.1157-0.0135-0.0211-0.02020.04720.04570.1667-0.0341-0.10780.00340.0028-0.14870.0031-0.063419.889-1.239174.0952
20.9715-0.1488-0.23081.4806-0.39080.5951-0.0304-0.0312-0.13390.08530.02480.0052-0.0832-0.13970.0055-0.10030.02410.0322-0.12930.0149-0.09541.992224.3068183.6548
32.4954-1.2282-2.08981.58932.66683.1578-0.07180.10710.02690.21060.2328-0.12750.03190.0798-0.1611-0.13150.0129-0.0277-0.0353-0.0495-0.233216.216410.3844139.9681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A5 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C7 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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