PDB-2nwv: Crystal structure of XisI protein-like (YP_323822.1) from Anabaen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nwv

タイトル

Crystal structure of XisI protein-like (YP_323822.1) from Anabaena Variabilis ATCC 29413 at 1.85 A resolution

要素

XisI protein-like

キーワード

Structural Genomics/Unknown Function / YP_323822.1 / XisI protein-like / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Structural Genomics-Unknown Function COMPLEX

機能・相同性

XisI-like / XisI protein / XisI-like superfamily / XisI protein / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / XisI protein-like protein

機能・相同性情報

生物種

Anabaena variabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Site-specific recombination of nitrogen-fixation genes in cyanobacteria by XisF-XisH-XisI complex: Structures and models.
著者: Hwang, W.C. / Golden, J.W. / Pascual, J. / Xu, D. / Cheltsov, A. / Godzik, A.

履歴

登録	2006年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.4	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.5	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.6	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.7	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.8	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nwv.cif.gz	39.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nwv.ent.gz	26.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2inbC 2nlvC 2nvmC 2okfC 3d7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zyv-1 6kly-d 5glc-d 6bke-d 3b65-d 3pri-1 4fev-5 4lvm-2 6i99-2 3a1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367681

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XisI protein-like

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XisI protein-like

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.522, 62.522, 137.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	XisI protein-like 分子量: 13592.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anabaena variabilis (バクテリア) 遺伝子: YP_323822.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3M7V9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7 詳細: 0.2M NaCl, 30.0% PEG-3000, 0.1M TRIS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9792, 0.9795, 1.0000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月13日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.9795	1
3	1	1

反射

解像度: 1.85→29.025 Å / Num. obs: 14324 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.129 / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.016 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.85-1.9	8.8	0.5	8996	1026	0.01628	99.8
1.9-1.95	8.7	0.6	8720	1001	0.01231	99.9
1.95-2.01	8.7	0.9	8398	965	0.876	99.9
2.01-2.07	8.7	1.1	8307	954	0.672	99.9
2.07-2.14	8.7	1.5	7902	913	0.517	100
2.14-2.21	8.7	2	7757	895	0.386	100
2.21-2.29	8.6	2.4	7463	866	0.318	100
2.29-2.39	8.6	2.7	7086	828	0.286	100
2.39-2.49	8.6	3.1	6902	807	0.244	100
2.49-2.62	8.4	3.6	6598	783	0.211	100
2.62-2.76	8.4	4.9	6164	731	0.155	100
2.76-2.93	8.4	6.2	5847	698	0.121	100
2.93-3.13	8.3	7.6	5574	673	0.098	100
3.13-3.38	8.2	10.5	5023	615	0.069	100
3.38-3.7	8.1	11.3	4754	587	0.061	100
3.7-4.14	7.8	12.9	4152	533	0.05	100
4.14-4.78	7.3	13.8	3467	478	0.044	100
4.78-5.85	7.5	14.2	3117	413	0.044	100
5.85-8.27	7.5	14.7	2580	343	0.044	100
8.27-29.03	6.4	13.2	1368	215	0.039	98

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.025 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.788 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	718	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.193	14279	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.411 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	922	0	0	76	998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.937	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.001	3	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.051	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.037	23.8	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.245	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.939	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.119	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.286	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.546	3	635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.599	3	229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.582	5	945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.931	8	440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.958	11	380

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	50	-
R_work	0.287	973	-
obs	-	1023	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.4618 Å / Origin y: 17.0405 Å / Origin z: -4.1336 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0277 Å²	0.0148 Å²	0.0015 Å²	-	-0.0391 Å²	-0.0151 Å²	-	-	-0.0307 Å²
L	0.7855 °²	0.1159 °²	0.3207 °²	-	0.7617 °²	-0.3568 °²	-	-	2.1897 °²
S	-0.0282 Å °	-0.0518 Å °	0.0687 Å °	0.1022 Å °	-0.0344 Å °	-0.0192 Å °	-0.1819 Å °	-0.234 Å °	0.0625 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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