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- PDB-6zyq: Structure of NDM-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine D-syn-1b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyq
タイトルStructure of NDM-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine D-syn-1b
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QST / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI100560 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases.
著者: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G.
履歴
登録2020年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,56410
ポリマ－51,5522
非ポリマー1,0138
水5,296294
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3786
ポリマ－25,7761
非ポリマー6025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1864
ポリマ－25,7761
非ポリマー4103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.180, 73.840, 77.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 43 through 116 or resid 118 through 270))
21(chain B and (resid 43 through 116 or resid 118 through 270))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPALAALA(chain A and (resid 43 through 116 or resid 118 through 270))AA43 - 11617 - 90
12VALVALARGARG(chain A and (resid 43 through 116 or resid 118 through 270))AA118 - 27092 - 244
21ASPASPALAALA(chain B and (resid 43 through 116 or resid 118 through 270))BB43 - 11617 - 90
22VALVALARGARG(chain B and (resid 43 through 116 or resid 118 through 270))BB118 - 27092 - 244

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25775.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-QST / (2~{S},4~{S})-2-ethoxycarbonyl-5,5-dimethyl-2-(sulfanylmethyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid


分子量: 279.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17NO4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.8, 32% PEG 3350, 0.15M NH4SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.72 Å / Num. obs: 44786 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3076 / CC1/2: 0.473 / Rpim(I) all: 0.596

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RMF

6rmf


解像度: 1.7→38.72 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 2151 4.81 %
Rwork0.1775 42570 -
obs0.1785 44721 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.7 Å2 / Biso mean: 32.8182 Å2 / Biso min: 14.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3485 0 64 294 3843
Biso mean--40.37 40.33 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9884946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8771256
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2052X-RAY DIFFRACTION7.744TORSIONAL
12B2052X-RAY DIFFRACTION7.744TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.73950.35221360.3064259593
1.7395-1.7830.28961350.2748281799
1.783-1.83130.2861230.24382829100
1.8313-1.88510.25351440.20772834100
1.8851-1.9460.21611510.19222812100
1.946-2.01550.21831400.18172804100
2.0155-2.09620.1981480.17662837100
2.0962-2.19160.19771290.16922830100
2.1916-2.30720.20281420.16862832100
2.3072-2.45170.22981080.16832890100
2.4517-2.64090.17181810.1662808100
2.6409-2.90660.18291300.16992888100
2.9066-3.3270.16911950.16792820100
3.327-4.19090.20021570.15622908100
4.1909-38.720.18581320.18283066100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59520.53630.2021.1093-0.01650.0339-0.0419-0.49560.00560.3610.1266-0.7402-0.0780.7098-0.09670.74280.0247-0.08070.8181-0.00730.726225.8578-11.728526.1738
23.2894-1.0251-1.51093.89651.50854.82950.0089-0.0079-0.05550.22750.0379-0.21880.34130.2639-0.05020.2308-0.00960.00810.20140.05280.186515.3155-13.692621.1358
34.7559-0.7859-0.79782.3456-0.10423.21880.1434-0.08120.25450.0292-0.0825-0.4891-0.0550.649-0.0630.18570.00030.00440.28080.00060.254224.8099-7.389418.0699
40.7990.1084-0.33921.95560.19190.9534-0.02720.02290.0124-0.12980.040.0054-0.01990.0206-0.01150.1487-0.0142-0.00160.18910.01070.147813.30680.912613.1563
51.2749-0.74690.26642.0537-2.24763.2136-0.09960.14940.1535-0.0314-0.1148-0.3990.08540.44460.23670.2929-0.0387-0.01570.3720.01750.260328.032910.830523.8532
60.7984-0.18710.05712.2522-0.16481.9739-0.0061-0.0807-0.04890.28360.0373-0.017-0.09450.1468-0.04370.20180-0.00620.21640.00270.140118.60198.331129.2822
70.5701-0.563-1.46062.99892.03455.38240.38730.19520.2704-0.46360.0931-0.2124-0.30810.3004-0.39270.3938-0.03520.06280.2374-0.02630.329618.462748.5231.8775
82.73290.2171-0.51593.05520.54532.5977-0.0153-0.24330.02810.13820.0283-0.5112-0.08370.54280.01660.3141-0.01820.06210.2968-0.0230.48124.843142.4559.4632
91.282-0.1056-0.13392.555-0.0771.60860.05180.20390.1549-0.1971-0.06140.2829-0.18690.04790.00920.2277-0.0007-0.03460.1776-0.01430.302312.157942.7276.6392
101.13340.2217-0.41532.83550.06370.76920.09150.08580.0415-0.0548-0.06060.2061-0.020.0164-0.03970.23240.01210.02880.171-0.00190.213613.280728.28458.1764
111.32990.9926-0.08492.8767-1.17612.22050.3275-0.2681-0.1510.5713-0.3621-0.7186-0.23050.29780.03650.3819-0.10150.01020.413-0.07250.498831.978726.33866.9558
121.84850.4453-0.36912.36260.27451.48520.03230.0329-0.0751-0.23640.019-0.157-0.04870.2353-0.03110.2889-0.0460.06010.2889-0.00940.318727.840927.0612-1.9201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 43 )A31 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 57 )A44 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 70 )A58 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 212 )A71 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 228 )A213 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 229 through 270 )A229 - 270
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 57 )B43 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 58 through 70 )B58 - 70
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 71 through 118 )B71 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 119 through 209 )B119 - 209
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 210 through 228 )B210 - 228
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 229 through 270 )B229 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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