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万見
- PDB-6zxt: High resolution crystal structure of chloroplastic ribose-5-phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxt
タイトルHigh resolution crystal structure of chloroplastic ribose-5-phosphate isomerase from Chlamydomonas reinhardtii
要素Ribose-5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Ribose-5-phosphate (リボース-5-リン酸) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / enzyme (酵素) / chloroplast (葉緑体) / photosynthese / Chlamydomonas (クラミドモナス)
機能・相同性Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / NagB/RpiA transferase-like / Ribose-5-phosphate isomerase
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Le Moigne, T. / Crozet, P. / Lemaire, S.D. / Henri, J.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Chloroplastic Ribose-5-Phosphate Isomerase from Chlamydomonas reinhardtii -An Enzyme Involved in the Photosynthetic Calvin-Benson Cycle.
著者: Le Moigne, T. / Crozet, P. / Lemaire, S.D. / Henri, J.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-5-phosphate isomerase
B: Ribose-5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,99012
ポリマ－55,1762
非ポリマー81410
水9,206511
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.152, 63.952, 80.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribose-5-phosphate isomerase /


分子量: 27587.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RPI1, CHLRE_03g187450v5, CHLREDRAFT_55838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A8IRQ1, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1141.57
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
293.151蒸発脱水法ammonium sulfate
293.152蒸発脱水法ammonium sulfate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.89 Å / Num. obs: 89012 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0519 / Rpim(I) all: 0.02114 / Rrim(I) all: 0.05611 / Net I/σ(I): 20.58
反射 シェル解像度: 1.404→1.454 Å / Rmerge(I) obs: 1.272 / Num. unique obs: 8611 / CC1/2: 0.382

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MC0

6mc0


解像度: 1.4→44.89 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1764 2000 2.25 %
Rwork0.1577 86983 -
obs0.1581 88983 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.33 Å2 / Biso mean: 26.943 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 47 511 4121
Biso mean--49.89 35.49 -
残基数----474
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.440.38831360.37245886602295
1.44-1.480.34171430.320362066349100
1.48-1.520.28811420.274262076349100
1.52-1.570.26531430.220861976340100
1.57-1.630.21341420.188962106352100
1.63-1.690.1951430.180562166359100
1.69-1.770.19071430.172462176360100
1.77-1.860.23391430.166962366379100
1.86-1.980.17611430.152962336376100
1.98-2.130.15831440.146562436387100
2.13-2.350.16531430.144162246367100
2.35-2.690.18741450.14562626407100
2.69-3.380.17261440.145362736417100
3.38-44.890.13781460.143263736519100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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