PDB-5lxd: Crystal structure of DYRK2 in complex with EHT 1610 (compound 2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lxd

タイトル

Crystal structure of DYRK2 in complex with EHT 1610 (compound 2)

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / kinase / inhibitor / unusual binding mode / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / smoothened signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / positive regulation of glycogen biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / manganese ion binding / protein tyrosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Besson, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: An Unusual Binding Model of the Methyl 9-Anilinothiazolo[5,4-f] quinazoline-2-carbimidates (EHT 1610 and EHT 5372) Confers High Selectivity for Dual-Specificity Tyrosine Phosphorylation-Regulated Kinases.
著者: Chaikuad, A. / Diharce, J. / Schroder, M. / Foucourt, A. / Leblond, B. / Casagrande, A.S. / Desire, L. / Bonnet, P. / Knapp, S. / Besson, T.

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lxd.cif.gz	335 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lxd.ent.gz	274.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lxc-2 6lk4-d 7llf-2 4lgr-d 4hra-d 4u0l-2 5lxc-1 7lbs-2 7jrn-2 3egg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

ヘテロ分子

95.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.240, 130.000, 136.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	PHE	PHE	A	A	81 - 110	10 - 39
2	1	1	MET	MET	PHE	PHE	B	B	81 - 110	10 - 39
1	2	1	LEU	LEU	HIS	HIS	A	A	111 - 144	40 - 73
2	2	1	LEU	LEU	HIS	HIS	B	B	111 - 144	40 - 73
1	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	145 - 390	74 - 319
2	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	145 - 390	74 - 319
1	1	3	TYR	TYR	SER	SER	A	A	391 - 420	320 - 349
2	1	3	TYR	TYR	SER	SER	B	B	391 - 420	320 - 349
1	1	4	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	421 - 465	350 - 394
2	1	4	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	421 - 465	350 - 394

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.999863, 0.001153, 0.016514), (0.001202, -0.999995, -0.002972), (0.016511, 0.002992, -0.999859)	-0.78145, -5.30909, 67.851501
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(0.999996, 0.00286, 0.000148), (0.00286, -0.999994, -0.002175), (0.000141, 0.002175, -0.999998)	0.05665, -5.44937, 68.87262
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(0.999981, 0.005646, 0.002275), (0.005664, -0.999951, -0.00814), (0.002229, 0.008153, -0.999964)	0.01857, -5.52643, 68.653282
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(0.99999, -0.002367, -0.003707), (-0.002367, -0.999997, -9.0E-6), (-0.003707, 1.7E-5, -0.999993)	0.05027, -5.12866, 69.094093

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2 分子量: 46969.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92630, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-7A7 / methyl 9-[(2-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)amino]-[1,3]thiazolo[5,4-f]quinazoline-2-carboximidate 分子量: 383.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄FN₅O₂S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M Li2SO4 and 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→47.04 Å / Num. obs: 35477 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 44.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→47.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 23.618 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25303	1773	5 %	RANDOM
R_work	0.1971	-	-	-
obs	0.19982	33703	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.64 Å²	-0 Å²	0.51 Å²
2-	-	-4.99 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.63 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.381 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.58→47.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6223	0	94	193	6510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.979	8759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.678	3.002	14333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.2	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.608	23.377	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.184	15	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.344	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.832	3.401	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.832	3.4	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.987	5.099	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.987	5.099	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.029	3.677	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.026	3.677	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.322	5.402	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.375	27.582	7512
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.375	27.587	7513
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	594	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
1	373	TIGHT THERMAL	2.14	0.5
1	594	MEDIUM THERMAL	2.37	2
2	2601	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
2	1457	TIGHT THERMAL	1.97	0.5
2	2601	MEDIUM THERMAL	2.42	2
3	263	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
3	173	TIGHT THERMAL	1.47	0.5
3	263	MEDIUM THERMAL	1.45	2
4	464	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
4	265	TIGHT THERMAL	1.19	0.5
4	464	MEDIUM THERMAL	1.76	2

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	112	-
R_work	0.324	2518	-
obs	-	-	99.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5902	1.2582	2.5545	0.9999	0.5628	1.9611	-0.0525	0.4035	-0.0559	-0.3424	0.0787	0.3885	0.0805	-0.0784	-0.0262	0.2717	0.0338	-0.094	0.2462	-0.033	0.3634	58.2737	13.4945	16.3099
2	4.213	-0.7513	0.1081	6.0962	-0.7963	2.908	-0.1809	-0.5701	-0.2066	0.7109	0.0594	-0.0315	0.0957	-0.0498	0.1215	0.1409	0.0241	-0.0088	0.1224	-0.0158	0.0594	77.5741	12.2884	43.0839
3	4.3928	-0.0265	-1.9111	2.6993	-0.154	1.6108	0.2125	-0.4089	0.4801	0.7543	-0.0347	0.8101	-0.197	-0.1107	-0.1778	0.3562	-0.0525	0.1781	0.1795	-0.0639	0.3395	58.2196	-18.8993	52.4376
4	4.5099	1.3401	-0.8977	6.216	-1.0853	3.0664	-0.1672	0.6054	0.2165	-0.6989	0.0916	-0.2921	-0.0731	-0.1827	0.0756	0.1248	0.0068	0.0139	0.126	-0.0089	0.0756	77.5653	-17.5646	25.7298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	80 - 304
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	305 - 465
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	80 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	305 - 465

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関連情報:EMDBヘッダ

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