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- PDB-6zxs: Cold grown Pea Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxs
タイトルCold grown Pea Photosystem I
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 5
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • Lhca1
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaG
  • PsaL domain-containing protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic ...Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Chem-ZEX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Caspy, I. / Borovikova-Sheinker, A. / Subramanyam, R. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, インド, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)2716/17 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of cold grown pea Photosystem I
著者: Nelson, N. / Caspy, I. / Subramanyam, R.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PsaD
E: PsaE
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: PsaG
H: Photosystem I reaction center subunit VI
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: PsaL domain-containing protein
1: Lhca1
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)547,513256
ポリマ－357,57416
非ポリマー189,940240
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.197, 201.786, 213.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82571.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: A0A0F6NFW5, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82381.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: A0A0F6NGI2, photosystem I

-
タンパク質 , 7種, 7分子 CDEGL12

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8860.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: P10793, photosystem I
#4: タンパク質 PsaD


分子量: 16041.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS
#5: タンパク質 PsaE


分子量: 7479.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS
#7: タンパク質 PsaG


分子量: 10678.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS
#12: タンパク質 PsaL domain-containing protein


分子量: 16564.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: E1C9L1
#13: タンパク質 Lhca1


分子量: 21335.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22845.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: Q41038

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 5分子 FHIJK

#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 17137.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: A0A0M3KL12
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI


分子量: 9491.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: A0A0M3KL10
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3296.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: P17227
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4767.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: D5MAL3
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK


分子量: 7988.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: E1C9L3

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 34

#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 24139.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: Q32904
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 21994.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / Variant: CBS / 参照: UniProt: Q9SQL2

-
糖 , 2種, 14分子

#23: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#26: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 13種, 226分子

#17: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#19: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#20: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#21: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#22: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#25: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#27: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#28: 化合物 ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#29: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#30: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#31: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: di-potassium phosphate, Tris, PEG400, glycerol, L-glutathione, octyl glucose neopentyl glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 162077 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 96.13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.326 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 7998 / CC1/2: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L8R

5l8r


解像度: 3→49.63 Å / SU ML: 0.4895 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.3856
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 3139 2.09 %
Rwork0.2394 147400 -
obs0.24 150539 91.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 123.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25318 0 12105 0 37423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004839531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.753855784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08144952
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00747246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.968616161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.050.5123500.46982582X-RAY DIFFRACTION35.63
3.05-3.10.4485470.42463865X-RAY DIFFRACTION52.79
3.1-3.150.4211180.425065X-RAY DIFFRACTION70.11
3.15-3.210.42471300.41016452X-RAY DIFFRACTION89.33
3.21-3.270.41361180.39637002X-RAY DIFFRACTION96.14
3.27-3.340.38471680.36677120X-RAY DIFFRACTION98.31
3.34-3.410.35411580.35377149X-RAY DIFFRACTION98.9
3.41-3.490.37481880.33187160X-RAY DIFFRACTION98.9
3.49-3.570.35861670.30397167X-RAY DIFFRACTION99.26
3.57-3.670.32971680.28347178X-RAY DIFFRACTION98.84
3.67-3.780.32531630.26537174X-RAY DIFFRACTION98.97
3.78-3.90.28731650.2537193X-RAY DIFFRACTION98.96
3.9-4.040.29161350.23557199X-RAY DIFFRACTION98.46
4.04-4.20.24981090.21536650X-RAY DIFFRACTION90.83
4.2-4.390.23481490.19127207X-RAY DIFFRACTION98.8
4.39-4.630.21161670.18397265X-RAY DIFFRACTION99.48
4.63-4.910.20581830.18077248X-RAY DIFFRACTION99.6
4.91-5.290.24561680.18197316X-RAY DIFFRACTION99.53
5.29-5.830.22951550.19657325X-RAY DIFFRACTION99.48
5.83-6.670.23111670.19947333X-RAY DIFFRACTION99.39
6.67-8.390.24591280.20957109X-RAY DIFFRACTION94.86
8.39-49.630.23851380.23957641X-RAY DIFFRACTION98.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.8200063301 Å / Origin y: 7.42920184276 Å / Origin z: -42.0413916319 Å
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S-0.0172306987474 Å °-0.0569301665063 Å °0.0665382662114 Å °-0.0365106538684 Å °0.0538269665558 Å °0.0963349401729 Å °-0.0406717202413 Å °0.00534215178536 Å °2.86020397659E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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