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万見
- PDB-6zvl: ARUK3000263 complex with Notum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zvl
タイトルARUK3000263 complex with Notum
要素Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
キーワードSIGNALING PROTEIN / Notum / inhibitor / Wnt
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / bone development / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QR2 / Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Zhao, Y. / Ruza, R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M000141/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: 5-Phenyl-1,3,4-oxadiazol-2(3 H )-ones Are Potent Inhibitors of Notum Carboxylesterase Activity Identified by the Optimization of a Crystallographic Fragment Screening Hit.
著者: Mahy, W. / Willis, N.J. / Zhao, Y. / Woodward, H.L. / Svensson, F. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Kjaer, S. / Frew, S. / Monaghan, A. / Bictash, M. / Salinas, P.C. ...著者: Mahy, W. / Willis, N.J. / Zhao, Y. / Woodward, H.L. / Svensson, F. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Kjaer, S. / Frew, S. / Monaghan, A. / Bictash, M. / Salinas, P.C. / Whiting, P. / Vincent, J.P. / Jones, E.Y. / Fish, P.V.
履歴
登録2020年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,65610
ポリマ－43,5671
非ポリマー1,0889
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.805, 71.791, 78.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM


分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 128分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-QR2 / 5-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3~{H}-1,3,4-oxadiazol-2-one


分子量: 264.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H4ClF3N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.2
詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→59.8 Å / Num. obs: 83089 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3974 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TR5

6tr5


解像度: 1.3→52.83 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 3945 4.82 %
Rwork0.2007 77825 -
obs0.2018 81770 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.79 Å2 / Biso mean: 24.8594 Å2 / Biso min: 9.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→52.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 95 120 3005
Biso mean--45 30.78 -
残基数----348
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.320.39171230.38782496261990
1.32-1.330.42991450.38362675282096
1.33-1.350.421450.35532668281395
1.35-1.370.381640.36062672283696
1.37-1.390.40651250.34132698282397
1.39-1.410.38911410.33832714285597
1.41-1.430.35671420.31752727286997
1.43-1.450.33641510.29022728287998
1.45-1.480.29951510.27972714286598
1.48-1.510.30311280.26622766289498
1.51-1.540.28171240.24952796292098
1.54-1.570.29621470.232743289099
1.57-1.60.21621300.23192749287998
1.6-1.640.25251510.22182785293699
1.64-1.680.21741260.21612786291299
1.68-1.720.2411520.20462793294599
1.72-1.780.23811740.197527542928100
1.78-1.830.22421270.19112821294899
1.83-1.90.22121280.18592825295399
1.9-1.970.20811350.177228092944100
1.97-2.060.19441370.169628562993100
2.06-2.170.18121420.169328422984100
2.17-2.310.2091580.171628132971100
2.31-2.490.19531300.173528692999100
2.49-2.740.19811370.182628622999100
2.74-3.130.1771440.181628903034100
3.13-3.950.1921590.182429023061100
3.95-52.830.20751290.189430723201100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1274-0.1419-0.46911.1616-0.53513.0162-0.0108-0.00290.1194-0.02530.00190.0257-0.1954-0.0531-0.00920.12960.0049-0.01530.0851-0.02350.140222.201881.728379.0635
21.68930.1388-0.02842.12760.39530.55680.03390.10180.0424-0.114-0.0289-0.1934-0.08610.0351-0.0690.08110.0090.00860.1027-0.00030.108232.594570.460979.1641
35.3254-2.68531.66114.1559-2.65353.433-0.05460.11920.30120.0371-0.0875-0.364-0.19240.22880.13160.1148-0.01790.02570.1491-0.01350.157741.869369.773676.6535
41.23670.1565-0.28931.44970.77891.5824-0.04280.0346-0.10530.0381-0.0060.07310.0782-0.08950.05590.09170.00120.00260.09970.00570.1121.851857.509183.9456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 86 through 232 )A86 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 233 through 297 )A233 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 298 through 320 )A298 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 321 through 452 )A321 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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