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- PDB-6yxi: Structure of Notum in complex with a 1-(3-Chlorophenyl)-2,5-dimet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxi
タイトルStructure of Notum in complex with a 1-(3-Chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrole-3-carboxylic acid inhibitor
要素Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / Wnt pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / bone development / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PZ8 / Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Vecchia, L. / Jones, E.Y. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Zhao, Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M000141/1 英国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Screening of a Custom-Designed Acid Fragment Library Identifies 1-Phenylpyrroles and 1-Phenylpyrrolidines as Inhibitors of Notum Carboxylesterase Activity.
著者: Mahy, W. / Patel, M. / Steadman, D. / Woodward, H.L. / Atkinson, B.N. / Svensson, F. / Willis, N.J. / Flint, A. / Papatheodorou, D. / Zhao, Y. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Frew, ...著者: Mahy, W. / Patel, M. / Steadman, D. / Woodward, H.L. / Atkinson, B.N. / Svensson, F. / Willis, N.J. / Flint, A. / Papatheodorou, D. / Zhao, Y. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Hillier, J. / Frew, S. / Monaghan, A. / Costa, A. / Bictash, M. / Walter, M.W. / Jones, E.Y. / Fish, P.V.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,91313
ポリマ－43,5671
非ポリマー1,34612
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area16270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.520, 72.160, 77.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM


分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 変異: C330S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-PZ8 / 1-(3-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-pyrrole-3-carboxylic acid


分子量: 249.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12ClNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.4 M ammonium sulphate, 0.1 M citric acid, pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→59.52 Å / Num. obs: 75943 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 19.85 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / Num. unique obs: 3714 / CC1/2: 0.555

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3699精密化
PHENIXdev_3699精密化
xia2data processing
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UZ1

4uz1


解像度: 1.34→52.95 Å / SU ML: 0.1519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.3836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1855 3828 5.05 %
Rwork0.1587 72038 -
obs0.1601 75866 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→52.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 78 198 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78574187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0799436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.81021132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.360.33071390.27662603X-RAY DIFFRACTION99.35
1.36-1.370.30621320.25812625X-RAY DIFFRACTION99.46
1.37-1.390.31381380.23152642X-RAY DIFFRACTION99.96
1.39-1.410.31721490.21722643X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.430.24911490.20542604X-RAY DIFFRACTION99.96
1.43-1.460.24461440.18032644X-RAY DIFFRACTION99.93
1.46-1.480.22351380.17042654X-RAY DIFFRACTION99.96
1.48-1.510.21241400.15422653X-RAY DIFFRACTION99.89
1.51-1.530.19181340.14652657X-RAY DIFFRACTION99.86
1.53-1.560.20121440.13842641X-RAY DIFFRACTION99.86
1.56-1.60.19431240.13772642X-RAY DIFFRACTION99.96
1.6-1.630.20891370.12822623X-RAY DIFFRACTION99.82
1.63-1.670.17831390.12722662X-RAY DIFFRACTION99.82
1.67-1.710.17581290.13272654X-RAY DIFFRACTION99.86
1.71-1.760.17461360.12362676X-RAY DIFFRACTION99.82
1.76-1.810.17421460.1292671X-RAY DIFFRACTION99.93
1.81-1.870.19241420.132638X-RAY DIFFRACTION99.89
1.87-1.930.16151340.13532679X-RAY DIFFRACTION99.82
1.93-2.010.15751270.13642676X-RAY DIFFRACTION99.86
2.01-2.10.16361750.14112642X-RAY DIFFRACTION99.86
2.1-2.210.15791530.13522670X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.350.1861340.14722686X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.530.17031530.1522700X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.790.18761520.16882687X-RAY DIFFRACTION99.93
2.79-3.190.20531390.17152721X-RAY DIFFRACTION100
3.19-4.020.19551440.15892766X-RAY DIFFRACTION100
4.02-52.950.16771570.17882879X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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