PDB-6zu2: CML1 crystal structure in complex with H-type 1 trisaccharide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zu2

タイトル

CML1 crystal structure in complex with H-type 1 trisaccharide

要素

Mucin-binding lectin 1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / fucose binding / hexamer

機能・相同性

carbohydrate binding / H type 1 antigen, beta anomer / Mucin-binding lectin 1

機能・相同性情報

生物種

Coprinopsis cinerea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Varrot, A. / Bleuler-Martinez, S.

資金援助

フランス,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Structure-function relationship of a novel fucoside-binding fruiting body lectin from Coprinopsis cinerea exhibiting nematotoxic activity.
著者: Bleuler-Martinez, S. / Varrot, A. / Olieric, V. / Schubert, M. / Vogt, E. / Fetz, C. / Wohlschlager, T. / Plaza, D.F. / Walti, M. / Duport, Y. / Capitani, G. / Aebi, M. / Kunzler, M.

履歴

登録	2020年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2022年6月22日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zu2.cif.gz	190.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zu2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zu2_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zu2_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	6zu2_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	6zu2_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zrwSC 6zv5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ixv-d 3mfw-1 6zrw-d 4fck-2 1pq3-2 1wva-1 4ixu-d 4crd-1 6q92-2 4ie2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Mucin-binding lectin 1

BBB: Mucin-binding lectin 1

CCC: Mucin-binding lectin 1

DDD: Mucin-binding lectin 1

EEE: Mucin-binding lectin 1

FFF: Mucin-binding lectin 1

ヘテロ分子

86.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, VERIFIED BY multi-angle light scattering (MALS), analytical ultracentrifugation (AUC) and sedimentation velocity and small angle X-ray scattering (SAXS)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.040, 74.040, 119.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質

Mucin-binding lectin 1

分子量: 13614.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: cml1 / プラスミド: pET22b-CML1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3VS76

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 1 antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 894 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.23 % / 解説: PARALLEPIPED
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.5 M AmSO4, 100 mM trisodium citrate pH 5.6. Transfer in 2.5 M LI2SO4 for flash freezing in liquid nitrogen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→37.02 Å / Num. obs: 106704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.568 / Num. unique obs: 5214 / CC_1/2: 0.899 / R_pim(I) all: 0.198 / R_rim(I) all: 0.602 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZRW

6zrw

解像度: 1.55→37.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.285 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	5401	5.064 %
R_work	0.1505	101249	-
all	0.152	-	-
obs	-	106650	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.149 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.149 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5775	0	301	894	6970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	6341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.686	8725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.556	1.612	12949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.033	5	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.346	21.273	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.182	15	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.641	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	6949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.866	2.048	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.852	2.048	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.45	3.077	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.452	3.077	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.98	2.401	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.84	2.328	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.222	3.51	4855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.08	3.402	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.979	26.109	7105
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.754	25.417	6937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.305	432	0.266	7373	X-RAY DIFFRACTION	99.8465
1.59-1.634	0.262	394	0.233	7265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.634-1.681	0.253	438	0.213	7074	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.733	0.251	382	0.192	6904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.733-1.789	0.209	320	0.172	6674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.852	0.217	352	0.172	6517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.852-1.922	0.214	282	0.161	6194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.922-2	0.204	282	0.162	6135	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.088	0.174	372	0.151	5633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.088-2.19	0.179	302	0.147	5535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.308	0.17	298	0.146	5197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.308-2.447	0.168	228	0.143	4963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.447-2.616	0.177	221	0.146	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.616-2.824	0.166	230	0.148	4318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.824-3.092	0.188	170	0.151	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.092-3.454	0.183	175	0.144	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.454-3.982	0.149	164	0.128	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
3.982-4.863	0.147	167	0.114	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.863-6.819	0.167	114	0.143	2094	X-RAY DIFFRACTION	99.9547
6.819-37.02	0.164	78	0.162	1157	X-RAY DIFFRACTION	99.5165

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関連情報:EMDBヘッダ

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