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- PDB-6zrw: Crystal structure of the fungal lectin CML1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zrw
タイトルCrystal structure of the fungal lectin CML1
要素Mucin-binding lectin 1
キーワードCARBOHYDRATE / Lectin / fungi / Coprinopsis cinerea
機能・相同性carbohydrate binding / ACETATE ION / : / TRICHLOROPLATINATE / TETRACHLOROPLATINATE(II) / Mucin-binding lectin 1
機能・相同性情報
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Bleuler-Martinez, S. / Olieric, V. / Sharpe, M. / Capitani, G. / Aebi, M. / Kuenzler, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_173097 スイス
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Structure-function relationship of a novel fucoside-binding fruiting body lectin from Coprinopsis cinerea exhibiting nematotoxic activity.
著者: Bleuler-Martinez, S. / Varrot, A. / Olieric, V. / Schubert, M. / Vogt, E. / Fetz, C. / Wohlschlager, T. / Plaza, D.F. / Walti, M. / Duport, Y. / Capitani, G. / Aebi, M. / Kunzler, M.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月1日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucin-binding lectin 1
B: Mucin-binding lectin 1
C: Mucin-binding lectin 1
D: Mucin-binding lectin 1
E: Mucin-binding lectin 1
F: Mucin-binding lectin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,79251
ポリマ－81,6856
非ポリマー5,10745
水15,871881
1
A: Mucin-binding lectin 1
B: Mucin-binding lectin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,82514
ポリマ－27,2282
非ポリマー1,59712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
2
C: Mucin-binding lectin 1
D: Mucin-binding lectin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,24820
ポリマ－27,2282
非ポリマー2,01918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
3
E: Mucin-binding lectin 1
F: Mucin-binding lectin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,72017
ポリマ－27,2282
非ポリマー1,49115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area10370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.497, 73.626, 111.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Mucin-binding lectin 1


分子量: 13614.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: cml1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3VS76

-
非ポリマー , 6種, 926分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-P3C / TRICHLOROPLATINATE


分子量: 301.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl3Pt
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-PC4 / TETRACHLOROPLATINATE(II)


分子量: 336.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl4Pt
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 30% polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0721 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→61.17 Å / Num. obs: 303404 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.43 Å / Num. unique obs: 47202 / CC1/2: 0.634

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→61.17 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 7693 5 %
Rwork0.1458 146158 -
obs0.1473 153851 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 287.12 Å2 / Biso mean: 20.7761 Å2 / Biso min: 9.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→61.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5762 0 190 885 6837
Biso mean--63.98 32.49 -
残基数----756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.360.3382200.31884160438085
1.36-1.380.31322490.26164724497396
1.38-1.40.29312550.25154846510198
1.4-1.420.26712540.23414821507599
1.42-1.430.26892560.22254893514999
1.43-1.450.27362520.21224773502599
1.45-1.470.26132580.19864903516199
1.47-1.50.23972540.19144838509299
1.5-1.520.22442570.17944868512599
1.52-1.540.19552550.16964846510199
1.54-1.570.2182560.16514872512899
1.57-1.60.19972580.15914916517499
1.6-1.630.19622560.14984857511399
1.63-1.660.18532570.147948745131100
1.66-1.70.19272590.145449235182100
1.7-1.740.18612560.146348695125100
1.74-1.780.19042610.14749575218100
1.78-1.830.18992580.137849055163100
1.83-1.890.15162580.136648935151100
1.89-1.950.20382590.155749305189100
1.95-2.020.1782590.131849105169100
2.02-2.10.16572600.124649375197100
2.1-2.190.15192570.126748955152100
2.19-2.310.22590.14554907516699
2.31-2.450.15452610.12549615222100
2.45-2.640.14782590.125249305189100
2.64-2.910.15642600.129949355195100
2.91-3.330.13482610.121349565217100
3.33-4.190.13622610.121349865247100
4.19-61.170.18082680.163950735341100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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